转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 108 / 148 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004932 Chr01 NC_080387.1:67379013-67379026promoter 内 1114-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67372644-67376139(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTGCCA
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131321-38131334promoter 内 1096-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGATACACGTGG
SmilChr01G002274 Chr01 NC_080387.1:39515416-39515429promoter 内 1034-1047 bp - 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39518383-39520006(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAGTCAA
SmilChr01G000638 Chr01 NC_080387.1:14358063-14358076promoter 内 1000-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14361064-14363497(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTATCTT
SmilChr01G000998 Chr01 NC_080387.1:21013391-21013404promoter 内 964-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21016428-21018133(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGGATC
SmilChr07G000809 Chr07 NC_080393.1:5710078-5710091promoter 内 946-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5702149-5707036(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCTTTTCACGTGC
SmilChr05G000079 Chr05 NC_080391.1:408054-408067promoter 内 936-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 403881-405002(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGAATTCACGTGC
SmilChr04G000932 Chr04 NC_080390.1:12163903-12163916promoter 内 705-718 bp - 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12158815-12160620(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTGATACACGTGG
SmilChr06G003295 Chr06 NC_080392.1:45486935-45486948promoter 内 678-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45490258-45491220(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGTAAAC
SmilChr02G003036 Chr02 NC_080388.1:51073409-51073422promoter 内 661-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51076749-51078464(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGGATC
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53907184-53907197promoter 内 528-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53910657-53912621(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGATGAACACGTGG
SmilChr01G002135 Chr01 NC_080387.1:37334601-37334614promoter 内 523-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 37338079-37338807(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACATCTCACGTGA
SmilChr08G000195 Chr08 NC_080394.1:1304273-1304286promoter 内 356-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1307918-1311156(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAGAACT
SmilChr04G001282 Chr04 NC_080390.1:20436100-20436113promoter 内 346-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20439755-20440510(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAAATCTCACGTGC
SmilChr07G004001 Chr07 NC_080393.1:51083671-51083684promoter 内 297-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51078017-51079980(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCTGTCCACGTGG
SmilChr01G003124 Chr01 NC_080387.1:50072583-50072596promoter 内 227-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50067561-50068822(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACATCTCACGTGA
SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35987914-35987927promoter 内 119-132 bp + 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35982980-35984045(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTATGGTC
SmilChr01G002737 Chr01 NC_080387.1:45693203-45693216promoter 内 115-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45697089-45697208(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAACTTTA
SmilChr02G000063 Chr02 NC_080388.1:797979-797992promoter 内 3838-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 798142-801843(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTCCCTACACGTGG
SmilChr07G003067 Chr07 NC_080393.1:32192033-32192046promoter 内 3631-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 32190196-32191676(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACTATAT
SmilChr02G003183 Chr02 NC_080388.1:52986472-52986485promoter 内 3628-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 52983766-52986112(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAACGGAC
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49297329-49297342promoter 内 3572-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 49291554-49296913(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGACTTT
SmilChr02G001830 Chr02 NC_080388.1:33316623-33316636promoter 内 3392-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 33311729-33316027(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGTTCTAT
SmilChr07G000050 Chr07 NC_080393.1:213374-213387promoter 内 2649-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 209201-212035(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGGGCAT
SmilChr05G003614 Chr05 NC_080391.1:48252931-48252944promoter 内 2384-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 48241781-48251327(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGATACG
SmilChr07G000051 Chr07 NC_080393.1:213374-213387promoter 内 2079-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 215296-218185(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGCCCTCACGTGA
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26344377-26344390promoter 内 1628-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 26346750-26349169(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAACTGAA
SmilChr08G001034 Chr08 NC_080394.1:7870163-7870176promoter 内 1313-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7872851-7874617(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTCATAACACGTGG
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52986472-52986485promoter 内 837-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 52980938-52983321(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAACGGAC
SmilChr01G004905 Chr01 NC_080387.1:67106324-67106337promoter 内 3972-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67106353-67109520(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAGTAACACGTGG
SmilChr03G003102 Chr03 NC_080389.1:48103790-48103803promoter 内 3965-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48101971-48103767(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTAT
SmilChr05G003129 Chr05 NC_080391.1:39917111-39917124promoter 内 3935-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39917177-39925436(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAACTCAA
SmilChr03G002892 Chr03 NC_080389.1:45610857-45610870promoter 内 3932-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45607948-45610801(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAGCTAT
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74047382-74047395promoter 内 3931-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74044426-74047325(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATAAGTTCACGTGA
SmilChr05G001034 Chr05 NC_080391.1:8474393-8474406promoter 内 3922-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8474472-8474551(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAAATTCACGTGT
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