转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 108 / 135 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002925 Chr01 NC_080387.1:48028254-48028268promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48024998-48028212(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43111507-43111521promoter 内 3933-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G000758 Chr01 NC_080387.1:16649427-16649441promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16649500-16652729(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr03G000189 Chr03 NC_080389.1:2106163-2106177promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2106249-2109378(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3125341-3125355promoter 内 3903-3917 bp - 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3122092-3125257(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G004718 Chr01 NC_080387.1:65389481-65389495promoter 内 3899-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 65386205-65389393(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49188173-49188187promoter 内 3879-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr02G001104 Chr02 NC_080388.1:19860711-19860725promoter 内 3879-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19860833-19863526(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G003760 Chr01 NC_080387.1:55987276-55987290promoter 内 3849-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55984024-55987138(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr01G001420 Chr01 NC_080387.1:27802730-27802744promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27802883-27806003(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr03G002599 Chr03 NC_080389.1:41284323-41284337promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41284485-41287215(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr03G000881 Chr03 NC_080389.1:10008052-10008066promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10003354-10007882(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGAAAGGG
SmilChr01G004282 Chr01 NC_080387.1:61047297-61047311promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61047483-61049109(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATTAAT
SmilChr01G000599 Chr01 NC_080387.1:13045024-13045038promoter 内 3790-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13045235-13048296(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCCCATTATCCTC
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39981716-39981730promoter 内 3775-3789 bp + 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCTATCCTATCCTC
SmilChr01G000769 Chr01 NC_080387.1:16822634-16822648promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16822923-16823270(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACCCCTTATCATC
SmilChr01G005730 Chr01 NC_080387.1:73440176-73440190promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73440485-73444604(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACAAACTTATCCTT
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74262210-74262224promoter 内 3417-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74262794-74267868(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGGCCTTATCTTC
SmilChr02G003056 Chr02 NC_080388.1:51339641-51339655promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51335241-51338950(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAGTATT
SmilChr01G005771 Chr01 NC_080387.1:73793045-73793059promoter 内 3227-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73789264-73792285(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATCCCTTATCTTA
SmilChr03G000952 Chr03 NC_080389.1:10774266-10774280promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10775092-10776276(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGACAAC
SmilChr02G003700 Chr02 NC_080388.1:58463748-58463762promoter 内 3149-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58464600-58468207(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGCTGCT
SmilChr02G004540 Chr02 NC_080388.1:67973202-67973216promoter 内 3140-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67966612-67972355(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACAAACTTATCCTT
SmilChr03G000310 Chr03 NC_080389.1:3543882-3543896promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3539980-3542995(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGGTGAT
SmilChr02G003806 Chr02 NC_080388.1:59681124-59681138promoter 内 3069-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59678296-59680206(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGGATTT
SmilChr01G004060 Chr01 NC_080387.1:59029304-59029318promoter 内 2972-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59027906-59028289(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGCTTAA
SmilChr02G000429 Chr02 NC_080388.1:5492316-5492330promoter 内 2883-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5488388-5491212(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGATAGCTTATCCAT
SmilChr02G004856 Chr02 NC_080388.1:70710595-70710609promoter 内 2739-2753 bp - 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70707559-70709347(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATGCTTATCCCA
SmilChr02G002772 Chr02 NC_080388.1:47791172-47791186promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47788873-47789811(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCACCCTTATCAAT
SmilChr02G004082 Chr02 NC_080388.1:63100622-63100636promoter 内 2622-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63097722-63099257(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGGATC
SmilChr02G002332 Chr02 NC_080388.1:41018830-41018844promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41016474-41017455(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATACTTATCCTT
SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68114117-68114131promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68107762-68112735(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGTCTTTATCCTC
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10980902-10980916promoter 内 2596-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10975909-10979511(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGGATTT
SmilChr02G001584 Chr02 NC_080388.1:29589034-29589048promoter 内 2580-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29587041-29587627(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAACACC
SmilChr01G003895 Chr01 NC_080387.1:57241755-57241769promoter 内 2331-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57238650-57240099(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCAGCTTATCCCT
SmilChr01G002453 Chr01 NC_080387.1:42140728-42140742promoter 内 2328-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42133849-42139069(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGAACACA
SmilChr01G002983 Chr01 NC_080387.1:48758602-48758616promoter 内 2265-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48760338-48763144(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGGATC
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SmilChr02G002838 Chr02 NC_080388.1:48511236-48511250promoter 内 2094-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48513143-48513604(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGAGCTTATCCTT
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SmilChr01G003576 Chr01 NC_080387.1:54350085-54350099promoter 内 1853-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54352233-54354691(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTGTC
SmilChr01G004279 Chr01 NC_080387.1:61014106-61014120promoter 内 1823-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61009073-61011942(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATCCGG
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