转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 108 / 153 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004068 Chr02 NC_080388.1:62963450-62963459promoter 内 1666-1675 bp + 2326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62959272-62961124(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr04G003981 Chr04 NC_080390.1:55254171-55254180promoter 内 1656-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55256516-55259156(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr04G002501 Chr04 NC_080390.1:39960566-39960575promoter 内 1654-1663 bp + 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39962913-39966362(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G003025 Chr01 NC_080387.1:49310594-49310603promoter 内 1445-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49303042-49308047(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G000467 Chr03 NC_080389.1:4980545-4980554promoter 内 1377-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4983169-4986572(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr05G000557 Chr05 NC_080391.1:4192360-4192369promoter 内 1293-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4195068-4196154(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18505166-18505175promoter 内 1268-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr01G000240 Chr01 NC_080387.1:4492172-4492181promoter 内 1185-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4494988-4496928(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr02G003275 Chr02 NC_080388.1:54019748-54019757promoter 内 1124-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54022625-54027014(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:845745-845754promoter 内 1121-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 848625-850513(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32780436-32780445promoter 内 1053-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 32774926-32777497(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr02G001898 Chr02 NC_080388.1:34278201-34278210promoter 内 1048-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 34271505-34275257(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr02G004900 Chr02 NC_080388.1:71009618-71009627promoter 内 946-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71012673-71016859(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr05G001821 Chr05 NC_080391.1:18241471-18241480promoter 内 935-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18228837-18238414(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G003186 Chr01 NC_080387.1:50616689-50616698promoter 内 931-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50611651-50613628(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G002343 Chr03 NC_080389.1:36941815-36941824promoter 内 898-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36936490-36938721(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7868507-7868516promoter 内 869-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7862719-7865384(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr03G001650 Chr03 NC_080389.1:21428333-21428342promoter 内 821-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21431513-21432404(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G001848 Chr01 NC_080387.1:33417034-33417043promoter 内 728-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33420307-33422898(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G001607 Chr03 NC_080389.1:20431816-20431825promoter 内 654-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20435163-20436275(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr04G003648 Chr04 NC_080390.1:52977626-52977635promoter 内 653-662 bp + 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52980974-52982858(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G000860 Chr01 NC_080387.1:18505166-18505175promoter 内 535-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18508632-18509078(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr04G003107 Chr04 NC_080390.1:47635286-47635295promoter 内 528-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47627519-47631822(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr02G004835 Chr02 NC_080388.1:70469094-70469103promoter 内 490-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70472605-70475789(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G004902 Chr01 NC_080387.1:67084825-67084834promoter 内 483-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67088343-67092059(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr04G002936 Chr04 NC_080390.1:45602436-45602445promoter 内 399-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45597702-45598843(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr05G000180 Chr05 NC_080391.1:1436152-1436161promoter 内 377-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1430042-1432537(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44652947-44652956promoter 内 300-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr03G004287 Chr03 NC_080389.1:61283700-61283709promoter 内 300-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61278212-61280008(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr01G000378 Chr01 NC_080387.1:7780038-7780047promoter 内 281-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7783758-7787536(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13323356-13323365promoter 内 170-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr04G000999 Chr04 NC_080390.1:13844525-13844534promoter 内 153-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13848373-13849597(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76030080-76030089promoter 内 107-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 76033974-76039301(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr04G003731 Chr04 NC_080390.1:53622346-53622355promoter 内 58-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53626289-53630182(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TCTCCGACAT
SmilChr03G003671 Chr03 NC_080389.1:55558760-55558769promoter 内 35-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55547875-55554803(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAGA
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36533873-36533882promoter 内 837-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 36537037-36545350(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GGGTCGGAAT
SmilChr02G004629 Chr02 NC_080388.1:68771458-68771467promoter 内 3716-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 68771743-68772625(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAG
SmilChr03G003366 Chr03 NC_080389.1:52007999-52008008promoter 内 2532-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 52005138-52006539(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CACCCGACAA
SmilChr04G001662 Chr04 NC_080390.1:27593469-27593478promoter 内 3877-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 27592220-27593354(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAT
SmilChr02G002913 Chr02 NC_080388.1:49433812-49433821promoter 内 3807-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49428195-49433627(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CACCCGACAA
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SmilChr02G004627 Chr02 NC_080388.1:68767832-68767841promoter 内 3310-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 68763865-68767150(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGGTG
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SmilChr02G004533 Chr02 NC_080388.1:67904356-67904365promoter 内 2791-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 67898323-67903155(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAT
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SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50308374-50308383promoter 内 1660-1669 bp + 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 50305301-50306042(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTTCCGACAT
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SmilChr01G002245 Chr01 NC_080387.1:39017229-39017238promoter 内 1372-1381 bp - 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39013202-39014609(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAG