转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 109 / 126 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001872 Chr07 NC_080393.1:16196150-16196164promoter 内 1501-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16198650-16205594(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G004586 Chr01 NC_080387.1:63886754-63886768promoter 内 1484-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63889271-63890999(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGGCAAACGTGGCA
SmilChr01G005559 Chr01 NC_080387.1:72411520-72411534promoter 内 1466-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72406073-72408999(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGAAAGACGTGGCT
SmilChr07G000071 Chr07 NC_080393.1:336429-336443promoter 内 1450-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 331912-333892(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGATATAC
SmilChr04G004060 Chr04 NC_080390.1:55752177-55752191promoter 内 1341-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55745870-55749531(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72163335-72163349promoter 内 1331-1345 bp - 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGAAAGACGTGGCT
SmilChr05G004154 Chr05 NC_080391.1:55466747-55466761promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55462250-55464047(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr04G000908 Chr04 NC_080390.1:11810885-11810899promoter 内 1191-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11804288-11808089(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr04G003594 Chr04 NC_080390.1:52366325-52366339promoter 内 1155-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52369171-52376162(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGGACACACGTGTCT
SmilChr06G002209 Chr06 NC_080392.1:30766264-30766278promoter 内 1014-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30769251-30781213(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATAACACGTGTCT
SmilChr01G003599 Chr01 NC_080387.1:54548078-54548092promoter 内 913-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54551166-54552791(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr08G001360 Chr08 NC_080394.1:10884042-10884056promoter 内 669-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10878565-10880724(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr07G002923 Chr07 NC_080393.1:29612617-29612631promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29615975-29621030(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr05G003396 Chr05 NC_080391.1:45007577-45007591promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45011074-45012231(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TATGGCCACGTGGAT
SmilChr01G001800 Chr01 NC_080387.1:32919028-32919042promoter 内 439-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32914803-32915480(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G001801 Chr01 NC_080387.1:32919028-32919042promoter 内 430-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32922599-32927332(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr08G000208 Chr08 NC_080394.1:1406378-1406392promoter 内 428-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1409951-1421018(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGAATA
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52731184-52731198promoter 内 394-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTCCACGTGTGCTGT
SmilChr03G000291 Chr03 NC_080389.1:3333409-3333423promoter 内 314-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3328708-3329736(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr05G001991 Chr05 NC_080391.1:20606976-20606990promoter 内 304-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20610673-20613085(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr02G003774 Chr02 NC_080388.1:59439801-59439815promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59434046-59436114(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTAAGAT
SmilChr05G001398 Chr05 NC_080391.1:12565674-12565688promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12569385-12576372(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60413786-60413800promoter 内 284-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60417503-60433614(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr07G003610 Chr07 NC_080393.1:42337254-42337268promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42340993-42347296(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCTTTGTC
SmilChr02G003833 Chr02 NC_080388.1:59979627-59979641promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59974151-59975828(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr06G001873 Chr06 NC_080392.1:22244612-22244626promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22238063-22240797(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGGTGGTC
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6586591-6586605promoter 内 133-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAAGTTGACGTGGCT
SmilChr08G002433 Chr08 NC_080394.1:23137012-23137026promoter 内 127-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23132235-23133152(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr02G002058 Chr02 NC_080388.1:37068116-37068130promoter 内 81-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37062808-37064210(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr05G003509 Chr05 NC_080391.1:46864638-46864652promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46856813-46860683(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr04G000354 Chr04 NC_080390.1:3374741-3374755promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 3367829-3370797(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGAATCCACGTGGCC
SmilChr07G001725 Chr07 NC_080393.1:14690592-14690606promoter 内 3680-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 14690913-14692552(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAAGTTTT
SmilChr05G002775 Chr05 NC_080391.1:32313237-32313251promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 32294933-32312781(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGAATCCACGTGGCC
SmilChr07G003722 Chr07 NC_080393.1:45164669-45164683promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 45165156-45166399(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCATTTAA
SmilChr08G001413 Chr08 NC_080394.1:11319751-11319765promoter 内 3218-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 11317648-11318982(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATTAATTACGTGGCA
SmilChr07G002837 Chr07 NC_080393.1:28423651-28423665promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 28424631-28426876(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGAATCCACGTGGCC
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