转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 11 / 128 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000356 Chr04 NC_080390.1:3414843-3414857promoter 内 3099-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 10 3413581-3413955(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGACGG
SmilChr07G000954 Chr07 NC_080393.1:6852203-6852217promoter 内 3010-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 6846323-6851226(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGA
SmilChr05G001580 Chr05 NC_080391.1:14509070-14509084promoter 内 2390-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 14510681-14512590(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCT
SmilChr08G000086 Chr08 NC_080394.1:492807-492821promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 494431-496899(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr05G000731 Chr05 NC_080391.1:5576828-5576842promoter 内 2239-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 5578590-5579614(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr06G000840 Chr06 NC_080392.1:7917781-7917795promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 7920455-7936688(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr02G004742 Chr02 NC_080388.1:69647189-69647203promoter 内 919-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 69640286-69644121(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCT
SmilChr08G000644 Chr08 NC_080394.1:4797428-4797442promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 4799902-4803971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCCA
SmilChr03G003099 Chr03 NC_080389.1:48040884-48040898promoter 内 1104-1118 bp - 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 48043781-48046009(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr08G003184 Chr08 NC_080394.1:32571890-32571904promoter 内 550-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 32567777-32568453(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTA
SmilChr03G001267 Chr03 NC_080389.1:14701217-14701231promoter 内 81-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 14705137-14707418(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr01G003192 Chr01 NC_080387.1:50663203-50663217promoter 内 3958-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 50663246-50666895(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr02G002576 Chr02 NC_080388.1:44816901-44816915promoter 内 3587-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 44817315-44817967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74124491-74124505promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74123288-74123913(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr08G000661 Chr08 NC_080394.1:4899207-4899221promoter 内 3150-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4900058-4902172(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCT
SmilChr05G003972 Chr05 NC_080391.1:53525546-53525560promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 53526893-53530143(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr02G005330 Chr02 NC_080388.1:74142569-74142583promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74144165-74150955(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCT
SmilChr07G000166 Chr07 NC_080393.1:1005092-1005106promoter 内 2323-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1006770-1011007(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr02G002577 Chr02 NC_080388.1:44816901-44816915promoter 内 1998-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 44818904-44820917(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr01G005811 Chr01 NC_080387.1:74124491-74124505promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74126729-74127211(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr05G002173 Chr05 NC_080391.1:23155996-23156010promoter 内 1700-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 23151959-23153709(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGACGG
SmilChr01G005809 Chr01 NC_080387.1:74124491-74124505promoter 内 1426-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 74118972-74121930(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr04G002178 Chr04 NC_080390.1:35191395-35191409promoter 内 1144-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 35183814-35188552(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr04G000002 Chr04 NC_080390.1:66103-66117promoter 内 904-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 61644-63020(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCA
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63468059-63468073promoter 内 630-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 63471430-63473427(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGCCACCGCCA
SmilChr02G004422 Chr02 NC_080388.1:66547740-66547754promoter 内 23-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 66551718-66553390(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr06G001758 Chr06 NC_080392.1:20557066-20557080promoter 内 2989-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 20558078-20564271(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCCG
SmilChr07G002304 Chr07 NC_080393.1:21332398-21332412promoter 内 357-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 21326660-21328768(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCCG
SmilChr02G003236 Chr02 NC_080388.1:53635843-53635857promoter 内 3520-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53636324-53638451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCTG
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24792499-24792513promoter 内 2312-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 24788419-24790824(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G002621 Chr04 NC_080390.1:41626030-41626044promoter 内 2562-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 8 41627469-41633803(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr04G003558 Chr04 NC_080390.1:51966829-51966843promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 51959817-51966197(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCCG
SmilChr08G002801 Chr08 NC_080394.1:27768389-27768403promoter 内 2731-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 27766093-27767133(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGG
SmilChr04G003559 Chr04 NC_080390.1:51966829-51966843promoter 内 2164-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 51968666-51970301(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr04G000319 Chr04 NC_080390.1:2924765-2924779promoter 内 3859-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 2920848-2924637(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G001473 Chr03 NC_080389.1:17668954-17668968promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 17666529-17668675(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr08G002068 Chr08 NC_080394.1:18551263-18551277promoter 内 3381-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 18545630-18550657(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G000414 Chr03 NC_080389.1:4459007-4459021promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 4455027-4457909(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCCA
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SmilChr01G000625 Chr01 NC_080387.1:14002065-14002079promoter 内 1392-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 13996797-13999470(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCCA
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SmilChr07G003667 Chr07 NC_080393.1:43856110-43856124promoter 内 3252-3266 bp + 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 43853999-43855375(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGG
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SmilChr08G003408 Chr08 NC_080394.1:36064903-36064917promoter 内 2583-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 36066321-36067570(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGG
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