转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 11 / 156 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002395 Chr04 NC_080390.1:38470613-38470622promoter 内 2910-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 38471704-38473067(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G004490 Chr03 NC_080389.1:63022088-63022097promoter 内 2903-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 63017297-63020999(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCC
SmilChr01G005547 Chr01 NC_080387.1:72269162-72269171promoter 内 2896-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 72270267-72274502(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G002278 Chr06 NC_080392.1:32670513-32670522promoter 内 2860-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 32671654-32673118(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20208763-20208772promoter 内 2837-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 20209927-20213471(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72894083-72894092promoter 内 2746-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 72892765-72892837(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G001049 Chr02 NC_080388.1:18565155-18565164promoter 内 2733-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 18566423-18567151(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G002384 Chr06 NC_080392.1:34656066-34656075promoter 内 2709-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 34657358-34659829(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G003459 Chr02 NC_080388.1:55892277-55892286promoter 内 2640-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 55893638-55894763(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G004889 Chr02 NC_080388.1:70948453-70948462promoter 内 2608-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 70945121-70947069(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr03G001859 Chr03 NC_080389.1:25664096-25664105promoter 内 2585-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 25665512-25673179(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G001962 Chr02 NC_080388.1:35406760-35406769promoter 内 2550-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 35402068-35405318(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G000455 Chr06 NC_080392.1:3681583-3681592promoter 内 2537-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 3677323-3680128(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G005236 Chr02 NC_080388.1:73548923-73548932promoter 内 2497-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 73550427-73555379(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G000230 Chr03 NC_080389.1:2726058-2726067promoter 内 2463-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 2727596-2728591(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17420995-17421004promoter 内 2419-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCACC
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64076721-64076730promoter 内 2384-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 64078338-64090839(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G001245 Chr03 NC_080389.1:14354184-14354193promoter 内 2378-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 14350085-14352570(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48176724-48176733promoter 内 2360-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr02G002688 Chr02 NC_080388.1:46554503-46554512promoter 内 2340-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 46556164-46557568(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G001886 Chr02 NC_080388.1:34173404-34173413promoter 内 2339-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 34175066-34177047(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G001488 Chr06 NC_080392.1:15884704-15884713promoter 内 2300-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 15878155-15883012(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G003767 Chr02 NC_080388.1:59375072-59375081promoter 内 2290-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 59368358-59373370(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr04G000513 Chr04 NC_080390.1:5637105-5637114promoter 内 2281-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 5634144-5635394(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G000065 Chr06 NC_080392.1:524756-524765promoter 内 2261-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 522648-523025(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr02G000356 Chr02 NC_080388.1:4592886-4592895promoter 内 2259-2268 bp + 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 4594628-4601151(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G001684 Chr06 NC_080392.1:19117208-19117217promoter 内 2252-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 19096089-19115468(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G003925 Chr03 NC_080389.1:58335791-58335800promoter 内 2226-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 58330695-58334025(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr06G000327 Chr06 NC_080392.1:2399637-2399646promoter 内 2210-2219 bp + 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 2396356-2397855(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G000761 Chr01 NC_080387.1:16678302-16678311promoter 内 2193-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 16675316-16676503(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr04G002941 Chr04 NC_080390.1:45697945-45697954promoter 内 2193-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 45694240-45696146(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr05G000641 Chr05 NC_080391.1:4855356-4855365promoter 内 2175-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 4857182-4860225(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr03G003560 Chr03 NC_080389.1:54247784-54247793promoter 内 2074-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 54249711-54250423(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr03G003963 Chr03 NC_080389.1:58674769-58674778promoter 内 2053-2062 bp + 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 58676717-58685649(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGCG
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49170806-49170815promoter 内 2043-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 49172764-49176736(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCACC
SmilChr01G000631 Chr01 NC_080387.1:14188762-14188771promoter 内 2012-2021 bp - 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 14190751-14204563(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCACC
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