转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 11 / 140 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001444 Chr02 NC_080388.1:27123648-27123662promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 27121062-27123285(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77068521-77068535promoter 内 2519-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 77064432-77067053(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGGTGGAG
SmilChr01G006115 Chr01 NC_080387.1:76675719-76675733promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 76677306-76680302(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGGTGGAG
SmilChr03G002513 Chr03 NC_080389.1:39993541-39993555promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 39988747-39991592(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTAAAA
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67115668-67115682promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 67117740-67120938(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCCACCAAATTTTT
SmilChr03G000132 Chr03 NC_080389.1:1451332-1451346promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 1453514-1455281(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTCCACCAAATTTTT
SmilChr03G002326 Chr03 NC_080389.1:36618843-36618857promoter 内 1345-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 36621499-36622803(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAGGTTGGTGAAA
SmilChr02G005076 Chr02 NC_080388.1:72395296-72395310promoter 内 1217-1231 bp - 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 72398080-72401174(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAATATTT
SmilChr01G001538 Chr01 NC_080387.1:29393679-29393693promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 29396989-29398368(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCACCTACCCCAT
SmilChr03G001874 Chr03 NC_080389.1:26000858-26000872promoter 内 367-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 26004492-26007007(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTATT
SmilChr03G000219 Chr03 NC_080389.1:2532807-2532821promoter 内 3920-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2532888-2534832(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G001509 Chr01 NC_080387.1:28925594-28925608promoter 内 3812-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 28925783-28929363(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTATT
SmilChr02G001443 Chr02 NC_080388.1:27114129-27114143promoter 内 3624-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 27111418-27113766(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr02G002367 Chr02 NC_080388.1:41462788-41462802promoter 内 3307-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 41463482-41465278(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G004464 Chr01 NC_080387.1:62746212-62746226promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 62743094-62745430(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCCACCTAACTCCA
SmilChr01G001913 Chr01 NC_080387.1:34271795-34271809promoter 内 3012-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 34267156-34270820(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTGGGTAGGTGAAC
SmilChr03G002008 Chr03 NC_080389.1:29989822-29989836promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29990840-30001619(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTAGGA
SmilChr02G002366 Chr02 NC_080388.1:41453474-41453488promoter 内 2755-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 41454720-41456010(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G001869 Chr01 NC_080387.1:33682844-33682858promoter 内 2634-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 33680262-33681491(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTGGGTAGGTGAAC
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48065549-48065563promoter 内 2580-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 48061372-48064142(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAACTATT
SmilChr03G000218 Chr03 NC_080389.1:2532735-2532749promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2530498-2531314(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGTAGTAGGTGAAG
SmilChr01G006133 Chr01 NC_080387.1:76848495-76848509promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 76850048-76850895(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGGTGGAG
SmilChr01G000942 Chr01 NC_080387.1:19948743-19948757promoter 内 2120-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 19950624-19953254(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTACTTAGA
SmilChr01G005122 Chr01 NC_080387.1:69024020-69024034promoter 内 1981-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69026040-69028747(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCTACCTAATTTGT
SmilChr02G001442 Chr02 NC_080388.1:27114129-27114143promoter 内 1278-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 27109718-27111420(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr02G001339 Chr02 NC_080388.1:24907916-24907930promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 24903546-24904931(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTATT
SmilChr01G005869 Chr01 NC_080387.1:74627615-74627629promoter 内 876-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 74623630-74624504(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGAAGTTGGTGAAA
SmilChr02G002620 Chr02 NC_080388.1:45507978-45507992promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 45503857-45504858(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTATT
SmilChr02G001295 Chr02 NC_080388.1:23911515-23911529promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 23914870-23914976(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G003655 Chr01 NC_080387.1:54998027-54998041promoter 内 503-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 55001525-55004715(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTGAAT
SmilChr03G002614 Chr03 NC_080389.1:41544656-41544670promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 41542478-41544597(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr03G002615 Chr03 NC_080389.1:41553901-41553915promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 41551723-41553842(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTACTACTT
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19891680-19891694promoter 内 3845-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19891836-19895713(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTTGGTGAAA
SmilChr02G003765 Chr02 NC_080388.1:59352277-59352291promoter 内 3769-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 59352509-59353943(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGAGA
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22379332-22379346promoter 内 3610-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 22379723-22397006(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTAAAA
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