转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 110 / 138 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2437883-2437897promoter 内 909-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2440975-2446801(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGGACAAC
SmilChr03G002147 Chr03 NC_080389.1:33410053-33410067promoter 内 872-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33406591-33406938(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGTCCAACCGTTG
SmilChr05G000284 Chr05 NC_080391.1:2200420-2200434promoter 内 797-811 bp - 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2193001-2197230(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATTAAGGACCGTTT
SmilChr05G003876 Chr05 NC_080391.1:52340011-52340025promoter 内 746-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 52343266-52345595(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATACAAAGACCGTTA
SmilChr04G000317 Chr04 NC_080390.1:2904469-2904483promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2907750-2910586(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCAGAGTG
SmilChr04G000653 Chr04 NC_080390.1:7375558-7375572promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7378896-7382441(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAAAT
SmilChr07G004414 Chr07 NC_080393.1:56755965-56755979promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56751278-56752616(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAGCGGTCATTTTAC
SmilChr08G002208 Chr08 NC_080394.1:20004900-20004914promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20000185-20001546(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGATTTGGACCGTTT
SmilChr08G003796 Chr08 NC_080394.1:43856473-43856487promoter 内 626-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43859848-43860507(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGTCCAACCGTTG
SmilChr01G002819 Chr01 NC_080387.1:46759360-46759374promoter 内 582-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46755197-46755955(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTGATCAACCGTTG
SmilChr07G003737 Chr07 NC_080393.1:45520930-45520944promoter 内 574-588 bp - 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45516096-45517517(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTACAGAGACCGTTA
SmilChr04G001734 Chr04 NC_080390.1:28580164-28580178promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28573260-28576710(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATAGACGACCGTTT
SmilChr01G000760 Chr01 NC_080387.1:16663727-16663741promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16667246-16673175(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GACAGTGTACCGTTG
SmilChr05G001884 Chr05 NC_080391.1:19121735-19121749promoter 内 401-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19114101-19118149(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGTTCTG
SmilChr01G003066 Chr01 NC_080387.1:49510756-49510770promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49505497-49507142(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGTTCTG
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10652431-10652445promoter 内 353-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10647369-10648797(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTCGACGACCGTTG
SmilChr08G001675 Chr08 NC_080394.1:13997781-13997795promoter 内 328-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13992994-13994122(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGCCGGAACCGTTG
SmilChr08G003442 Chr08 NC_080394.1:36799278-36799292promoter 内 297-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36793675-36795588(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAAAT
SmilChr04G000891 Chr04 NC_080390.1:11431027-11431041promoter 内 258-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11425226-11427298(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATAGACGACCGTTT
SmilChr01G003052 Chr01 NC_080387.1:49476043-49476057promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49470488-49472250(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCCTTTGAACCGTTG
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33237156-33237170promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33231916-33233341(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTACGGTCAAATTGC
SmilChr01G003058 Chr01 NC_080387.1:49476043-49476057promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49480015-49481680(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCAAAGGG
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61666881-61666895promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61670866-61674951(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTACAGAGACCGTTA
SmilChr01G000105 Chr01 NC_080387.1:1843520-1843534promoter 内 12-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1837296-1839545(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAAAT
SmilChr07G001514 Chr07 NC_080393.1:12088368-12088382promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12092359-12099185(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAGAGAG
SmilChr06G000382 Chr06 NC_080392.1:3016586-3016600promoter 内 3-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3020584-3022799(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGTTCGGACCGTTT
SmilChr07G003675 Chr07 NC_080393.1:44115281-44115295promoter 内 3504-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 4 44115778-44117626(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTGAAAACCGTTG
SmilChr07G002528 Chr07 NC_080393.1:23950473-23950487promoter 内 3505-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 23947690-23949991(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGAACAACCGTTG
SmilChr03G000933 Chr03 NC_080389.1:10635428-10635442promoter 内 3592-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 10631938-10635033(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGTTGGCT
SmilChr08G003009 Chr08 NC_080394.1:30205962-30205976promoter 内 3916-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30199194-30205891(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATAAAAAA
SmilChr02G001975 Chr02 NC_080388.1:35722301-35722315promoter 内 3845-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35719848-35722159(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTCAGC
SmilChr02G001083 Chr02 NC_080388.1:19386041-19386055promoter 内 3839-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 19386203-19392105(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTCAGC
SmilChr02G005465 Chr02 NC_080388.1:74948534-74948548promoter 内 3771-3785 bp + 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 74945122-74948318(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGAAAAA
SmilChr06G001021 Chr06 NC_080392.1:10120398-10120412promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10119017-10120063(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCTGGGC
SmilChr08G001310 Chr08 NC_080394.1:10442862-10442876promoter 内 3644-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10443219-10443732(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGCAGGTG
SmilChr08G000919 Chr08 NC_080394.1:6792759-6792773promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6793141-6793905(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCAGAATT
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