转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 110 / 141 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005849 Chr01 NC_080387.1:74439179-74439193promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74436940-74437011(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGATTC
SmilChr06G002776 Chr06 NC_080392.1:40452204-40452218promoter 内 1799-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40448748-40450016(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGTGTCGGTTGAAT
SmilChr01G005371 Chr01 NC_080387.1:70923678-70923692promoter 内 1795-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 70915528-70921486(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTCACCGACATGA
SmilChr01G003848 Chr01 NC_080387.1:56788804-56788818promoter 内 1769-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56780260-56786586(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCGGCGGTGGAGT
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37232448-37232462promoter 内 1753-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37227166-37230214(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGAGTCGGTGAGGA
SmilChr02G004143 Chr02 NC_080388.1:63765881-63765895promoter 内 1713-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63761396-63763607(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGTCG
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4292259-4292273promoter 内 1696-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGTCGGTGTTTA
SmilChr01G000946 Chr01 NC_080387.1:20056342-20056356promoter 内 1677-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20051545-20054032(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCCACCGACCCCG
SmilChr04G003449 Chr04 NC_080390.1:50991309-50991323promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50993636-50994322(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAACACCGACGAAA
SmilChr04G004105 Chr04 NC_080390.1:56011311-56011325promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56013638-56016249(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTCACCGACGTGC
SmilChr08G004166 Chr08 NC_080394.1:50966743-50966757promoter 内 1576-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50969168-50969625(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTGCACCGACGATC
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61026389-61026403promoter 内 1567-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCATGC
SmilChr05G001486 Chr05 NC_080391.1:13627289-13627303promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13620632-13624806(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTCGGCGGTGGAGC
SmilChr08G001219 Chr08 NC_080394.1:9834688-9834702promoter 内 1489-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9828144-9832190(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATCCACCGCCACTC
SmilChr08G000386 Chr08 NC_080394.1:2718368-2718382promoter 内 1448-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2711788-2715829(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGACACCGACAAGA
SmilChr03G002846 Chr03 NC_080389.1:45013488-45013502promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45016058-45021155(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCGCGC
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24618088-24618102promoter 内 1402-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGTCGGTGTTTA
SmilChr04G002153 Chr04 NC_080390.1:34574578-34574592promoter 内 1373-1387 bp + 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34577206-34577967(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCGGCGGTGGATG
SmilChr06G000686 Chr06 NC_080392.1:6062139-6062153promoter 内 1283-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6064857-6073005(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCGGTCGGTGGAGG
SmilChr07G000666 Chr07 NC_080393.1:4506209-4506223promoter 内 1261-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4508949-4511449(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCGTCGGTGCAAA
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750615-42750629promoter 内 1258-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42753358-42757429(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAATGTCGGTGAGTC
SmilChr04G001938 Chr04 NC_080390.1:31502970-31502984promoter 内 1237-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31498037-31500220(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATGACCGACAAGG
SmilChr02G002929 Chr02 NC_080388.1:49748564-49748578promoter 内 1191-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49751374-49755603(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATTACCGACACTA
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36635105-36635119promoter 内 1178-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36631646-36632296(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTAAGTCGGTGGTCG
SmilChr03G001398 Chr03 NC_080389.1:16598504-16598518promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16601337-16604106(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGGCACCGACGTTT
SmilChr08G003716 Chr08 NC_080394.1:41765729-41765743promoter 内 1138-1152 bp + 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41759729-41762880(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTGTACCGACACAA
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4444237-4444251promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4440018-4441370(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTGGTCGGTGGTGG
SmilChr07G001555 Chr07 NC_080393.1:12670828-12670842promoter 内 1063-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12673766-12679083(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATCCACCGCCGCTG
SmilChr01G002944 Chr01 NC_080387.1:48223577-48223591promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 48218939-48220616(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACTCAA
SmilChr04G001495 Chr04 NC_080390.1:24507646-24507660promoter 内 1024-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 24510623-24511632(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGAGTCGGTGAGGT
SmilChr06G000295 Chr06 NC_080392.1:2088205-2088219promoter 内 955-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2082229-2085173(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTCGAAA
SmilChr07G003543 Chr07 NC_080393.1:41021332-41021346promoter 内 929-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41017327-41018274(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGGCACCGACGTTT
SmilChr05G000123 Chr05 NC_080391.1:984490-984504promoter 内 904-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 987587-988033(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGGCACCGACGTTT
SmilChr02G003160 Chr02 NC_080388.1:52647694-52647708promoter 内 882-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52650813-52654043(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACGTCGGTGCCAA
SmilChr08G000241 Chr08 NC_080394.1:1663226-1663240promoter 内 858-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1657140-1660097(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGGCGGTGGAGA
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SmilChr03G002171 Chr03 NC_080389.1:33766540-33766554promoter 内 843-857 bp + 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33769698-33771496(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTCGGTG
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