转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 112 / 137 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004683 Chr01 NC_080387.1:64909295-64909305promoter 内 2931-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64910365-64911638(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38107919-38107929promoter 内 2913-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGAG
SmilChr02G003229 Chr02 NC_080388.1:53563529-53563539promoter 内 2791-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53558021-53562329(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G003595 Chr03 NC_080389.1:54588886-54588896promoter 内 2771-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54584497-54587666(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr03G003884 Chr03 NC_080389.1:57921869-57921879promoter 内 2770-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57920037-57920648(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr01G004366 Chr01 NC_080387.1:61846631-61846641promoter 内 2654-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61844665-61845294(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr01G005132 Chr01 NC_080387.1:69114276-69114286promoter 内 2650-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 69112292-69112935(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr01G000963 Chr01 NC_080387.1:20406748-20406758promoter 内 2635-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20408114-20411014(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr01G002125 Chr01 NC_080387.1:37253153-37253163promoter 内 2605-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37245846-37251767(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGTG
SmilChr03G000332 Chr03 NC_080389.1:3760609-3760619promoter 内 2605-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3756117-3759223(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23647192-23647202promoter 内 2604-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18816352-18816362promoter 内 2552-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18817801-18819608(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr01G001716 Chr01 NC_080387.1:31639853-31639863promoter 内 2334-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31635137-31638196(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr01G003656 Chr01 NC_080387.1:55004284-55004294promoter 内 2324-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55005961-55010563(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr02G005298 Chr02 NC_080388.1:73949329-73949339promoter 内 2278-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73945387-73947616(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G002069 Chr03 NC_080389.1:31585996-31586006promoter 内 2276-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31587721-31590478(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr01G002220 Chr01 NC_080387.1:38579275-38579285promoter 内 2273-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38581003-38587193(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr01G004160 Chr01 NC_080387.1:60096116-60096126promoter 内 2184-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60090743-60094309(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G000038 Chr02 NC_080388.1:473092-473102promoter 内 2120-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 474973-478772(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr01G005697 Chr01 NC_080387.1:73239959-73239969promoter 内 2082-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73241878-73242772(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr01G001975 Chr01 NC_080387.1:35164691-35164701promoter 内 1957-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35160349-35162657(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGG
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38107919-38107929promoter 内 1812-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAAGTTGCG
SmilChr03G002274 Chr03 NC_080389.1:35880691-35880701promoter 内 1693-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35882999-35885424(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr02G002081 Chr02 NC_080388.1:37387614-37387624promoter 内 1681-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37389934-37392438(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr02G000244 Chr02 NC_080388.1:3146467-3146477promoter 内 1640-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3148828-3151320(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr02G004557 Chr02 NC_080388.1:68099331-68099341promoter 内 1504-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68101828-68103606(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G003886 Chr02 NC_080388.1:60934823-60934833promoter 内 1468-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60928608-60932300(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGT
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40008675-40008685promoter 内 1175-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr02G000365 Chr02 NC_080388.1:4675429-4675439promoter 内 1054-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4667837-4672492(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAG
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24828518-24828528promoter 内 1031-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24816330-24825558(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGAA
SmilChr02G000425 Chr02 NC_080388.1:5429431-5429441promoter 内 940-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5424566-5426380(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGAG
SmilChr02G000739 Chr02 NC_080388.1:11978839-11978849promoter 内 911-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11981929-11982861(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGTT
SmilChr01G000299 Chr01 NC_080387.1:5888341-5888351promoter 内 856-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5891486-5897014(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGGG
SmilChr03G001969 Chr03 NC_080389.1:28366178-28366188promoter 内 850-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28369329-28369772(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAACTTGAT
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48471864-48471874promoter 内 783-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGGG
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