转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 112 / 134 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000394 Chr02 NC_080388.1:4884695-4884709promoter 内 2482-2496 bp - 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4879706-4883190(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATGTAATGATTTA
SmilChr01G004996 Chr01 NC_080387.1:68013424-68013438promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68011492-68011916(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACATCATTACCAAT
SmilChr03G000150 Chr03 NC_080389.1:1637796-1637810promoter 内 2476-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1635193-1636285(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTACTAGC
SmilChr01G000657 Chr01 NC_080387.1:14637746-14637760promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14639276-14640727(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTTAAAATGATTAT
SmilChr03G002479 Chr03 NC_080389.1:39357779-39357793promoter 内 2431-2445 bp + 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39351458-39356223(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTATCT
SmilChr01G002377 Chr01 NC_080387.1:40974844-40974858promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40976421-40977429(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTACTAGC
SmilChr01G002379 Chr01 NC_080387.1:40981249-40981263promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40982826-40983834(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTACTAGC
SmilChr03G000888 Chr03 NC_080389.1:10132438-10132452promoter 内 2379-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10134060-10138604(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGTTCAATGATTAC
SmilChr01G000907 Chr01 NC_080387.1:19146486-19146500promoter 内 2378-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19142241-19144877(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTTG
SmilChr03G003323 Chr03 NC_080389.1:51478126-51478140promoter 内 2375-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51479752-51481561(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTTTCTTA
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11521443-11521457promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11516826-11519822(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAATCATTACATTA
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19344280-19344294promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCAACAATGATTAT
SmilChr02G000879 Chr02 NC_080388.1:15161177-15161191promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15140088-15159501(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCAAGT
SmilChr02G004310 Chr02 NC_080388.1:65469818-65469832promoter 内 2295-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65465767-65468126(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTATAATT
SmilChr03G001882 Chr03 NC_080389.1:26198937-26198951promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26192026-26197219(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCAATG
SmilChr03G002206 Chr03 NC_080389.1:34766705-34766719promoter 内 2264-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34768442-34768560(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATAATTACTTGT
SmilChr02G001570 Chr02 NC_080388.1:29121495-29121509promoter 内 1997-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29123499-29124937(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTTTTTC
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51455673-51455687promoter 内 1970-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAACC
SmilChr01G005344 Chr01 NC_080387.1:70658283-70658297promoter 内 1940-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70660344-70661647(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATTGAT
SmilChr01G005748 Chr01 NC_080387.1:73558639-73558653promoter 内 1935-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73560705-73564959(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCGACAATGATTAT
SmilChr01G003029 Chr01 NC_080387.1:49343996-49344010promoter 内 1928-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49346069-49350693(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGTTCAATGATTAC
SmilChr02G004496 Chr02 NC_080388.1:67454140-67454154promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 67456215-67458614(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCATCAATGATTAC
SmilChr01G001991 Chr01 NC_080387.1:35318066-35318080promoter 内 1908-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35320159-35325141(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAGAAAATGATTGC
SmilChr01G003237 Chr01 NC_080387.1:51127479-51127493promoter 内 1886-1900 bp - 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51118984-51125378(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGGATAATGATTTT
SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65957641-65957655promoter 内 1856-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATTAATGATTAA
SmilChr03G001925 Chr03 NC_080389.1:27015711-27015725promoter 内 1844-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27006361-27013568(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTATTTTT
SmilChr01G005143 Chr01 NC_080387.1:69221540-69221554promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69223702-69225549(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTCGTCATGATTAC
SmilChr01G002374 Chr01 NC_080387.1:40966380-40966394promoter 内 1816-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40960406-40964209(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAGATAA
SmilChr02G005469 Chr02 NC_080388.1:74967804-74967818promoter 内 1812-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74969993-74970778(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAAGTAATAATTAA
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61237444-61237458promoter 内 1805-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61234002-61235262(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTGTAATGATAGT
SmilChr01G000125 Chr01 NC_080387.1:2101904-2101918promoter 内 1795-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2098596-2099712(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTATTTTT
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52249909-52249923promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52244355-52247715(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAACC
SmilChr02G000001 Chr02 NC_080388.1:6893-6907promoter 内 1748-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3622-4654(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGATTAATGATTAA
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49498121-49498135promoter 内 1659-1673 bp - 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATAATTACTTTA
SmilChr02G000227 Chr02 NC_080388.1:2946955-2946969promoter 内 1642-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2949314-2950388(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACTAAA
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