转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 113 / 149 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001372 Chr04 NC_080390.1:22314699-22314713promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 22316019-22316921(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTGGGATAAGGCA
SmilChr04G003163 Chr04 NC_080390.1:48258880-48258894promoter 内 2659-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 48260222-48264857(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTCA
SmilChr01G005109 Chr01 NC_080387.1:68888064-68888078promoter 内 2554-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 68889511-68891477(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAATGGG
SmilChr03G002590 Chr03 NC_080389.1:41217389-41217403promoter 内 2395-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 41212251-41215797(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTTGGATAAAATC
SmilChr03G003873 Chr03 NC_080389.1:57841495-57841509promoter 内 2007-2021 bp - 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 57838942-57839515(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCACTAA
SmilChr02G004830 Chr02 NC_080388.1:70400636-70400650promoter 内 1597-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 70403040-70416313(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGCAGATAAGGAA
SmilChr03G001670 Chr03 NC_080389.1:21758132-21758146promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 21751607-21755063(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAATGGG
SmilChr02G004555 Chr02 NC_080388.1:68085128-68085142promoter 内 791-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 68078785-68081932(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAAGTAC
SmilChr03G000548 Chr03 NC_080389.1:5946842-5946856promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 5940181-5943484(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATGAGGATAAGTCT
SmilChr01G004689 Chr01 NC_080387.1:64928716-64928730promoter 内 334-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 64932383-64934344(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAATATC
SmilChr02G002998 Chr02 NC_080388.1:50661795-50661809promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50658167-50661762(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGTTTATCCAAAAA
SmilChr02G000209 Chr02 NC_080388.1:2745778-2745792promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2743985-2745712(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTGGATAACACT
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14601270-14601284promoter 内 3824-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAAATTT
SmilChr03G000991 Chr03 NC_080389.1:11266303-11266317promoter 内 3781-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11266523-11270323(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCAATTC
SmilChr02G000210 Chr02 NC_080388.1:2745778-2745792promoter 内 3748-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2746031-2749058(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTGTTATCCAGATA
SmilChr03G002183 Chr03 NC_080389.1:33935940-33935954promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33936200-33938043(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGAGGATAAGTTC
SmilChr04G003712 Chr04 NC_080390.1:53422242-53422256promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53422539-53424369(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAATGGATAATTTT
SmilChr01G002097 Chr01 NC_080387.1:37011712-37011726promoter 内 3667-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37012046-37013792(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGGTAAGGTT
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46519194-46519208promoter 内 3663-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46519532-46525194(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAACGAG
SmilChr01G002630 Chr01 NC_080387.1:44601427-44601441promoter 内 3516-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44600885-44600956(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCTGGATAAGCCA
SmilChr04G002701 Chr04 NC_080390.1:42515057-42515071promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42515583-42517194(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTTGGATAAAATC
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51981800-51981814promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51979530-51981283(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAACAGT
SmilChr01G000470 Chr01 NC_080387.1:9592057-9592071promoter 内 3432-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9592626-9605359(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTTATCCAATAA
SmilChr03G001214 Chr03 NC_080389.1:13960293-13960307promoter 内 3382-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13949030-13959688(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATTCA
SmilChr02G004137 Chr02 NC_080388.1:63634799-63634813promoter 内 3359-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63627924-63634171(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAACTTATCCTAAAA
SmilChr03G003379 Chr03 NC_080389.1:52130595-52130609promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52131311-52133848(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAACTA
SmilChr02G003576 Chr02 NC_080388.1:56936007-56936021promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56936726-56938115(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAATAAG
SmilChr01G001570 Chr01 NC_080387.1:29716837-29716851promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 29715007-29716116(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGGATTATCCAAAAC
SmilChr02G004482 Chr02 NC_080388.1:67295408-67295422promoter 内 3234-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67293477-67294655(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTTATCCAAACA
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56414738-56414752promoter 内 3211-3225 bp - 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56415528-56416856(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGTGGATAATAAG
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9876102-9876116promoter 内 3197-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9876906-9879740(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCATATCCATTTT
SmilChr03G000729 Chr03 NC_080389.1:8213139-8213153promoter 内 3189-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8211273-8212341(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCTTATCC
SmilChr01G002888 Chr01 NC_080387.1:47544136-47544150promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47538029-47543311(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCGAACT
SmilChr01G004198 Chr01 NC_080387.1:60451991-60452005promoter 内 3115-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 60452877-60464940(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATAAGGATAAGTTG
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1186649-1186663promoter 内 3056-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1179164-1185718(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACTTG
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