转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 114 / 147 下载 TSV

上一页 114 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000051 Chr04 NC_080390.1:451689-451702promoter 内 1845-1858 bp - 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 453845-458680(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATAAAGTCAAAAC
SmilChr02G004763 Chr02 NC_080388.1:69807024-69807037promoter 内 1842-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69802998-69804878(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATTTAGTCAACAA
SmilChr01G004005 Chr01 NC_080387.1:58438920-58438933promoter 内 1815-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58441106-58442543(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAATGT
SmilChr01G005886 Chr01 NC_080387.1:74771828-74771841promoter 内 1812-1825 bp - 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74774017-74848538(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr04G001640 Chr04 NC_080390.1:27290643-27290656promoter 内 1784-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27292860-27295296(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATTGACTTCCTT
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468213-67468226promoter 内 1771-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGTTTGACTTTTGA
SmilChr02G001926 Chr02 NC_080388.1:34681955-34681968promoter 内 1755-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34678675-34679722(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGTTTGACTTTATT
SmilChr01G003873 Chr01 NC_080387.1:56985960-56985973promoter 内 1743-1756 bp - 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56981778-56983715(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5865484-5865497promoter 内 1717-1730 bp - 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5867768-5915015(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAGTAGTCAACAA
SmilChr02G005590 Chr02 NC_080388.1:75690672-75690685promoter 内 1710-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75687281-75688394(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTGTAAT
SmilChr02G002569 Chr02 NC_080388.1:44702399-44702412promoter 内 1669-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44692150-44700080(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr01G001399 Chr01 NC_080387.1:27493668-27493681promoter 内 1616-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27490289-27491296(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGATGAGTCAACAA
SmilChr02G004305 Chr02 NC_080388.1:65428962-65428975promoter 内 1598-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 65431365-65443597(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTGAGA
SmilChr01G005088 Chr01 NC_080387.1:68755095-68755108promoter 内 1589-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 68757507-68758834(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr03G002986 Chr03 NC_080389.1:46689672-46689685promoter 内 1572-1585 bp + 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46684796-46687256(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr03G003813 Chr03 NC_080389.1:57171245-57171258promoter 内 1531-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57166094-57168788(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr02G003930 Chr02 NC_080388.1:61370593-61370606promoter 内 1529-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61373065-61374600(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAATAG
SmilChr01G004050 Chr01 NC_080387.1:58958678-58958691promoter 内 1518-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58955005-58956208(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCCTTGACTTTCTT
SmilChr02G005456 Chr02 NC_080388.1:74888614-74888627promoter 内 1433-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74883626-74886059(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAAAAGTCAATAG
SmilChr01G005836 Chr01 NC_080387.1:74380829-74380842promoter 内 1378-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74371627-74378219(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr02G005592 Chr02 NC_080388.1:75690672-75690685promoter 内 1307-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75687908-75687991(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTGTAAT
SmilChr01G005830 Chr01 NC_080387.1:74309081-74309094promoter 内 1275-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74302395-74306368(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr02G003631 Chr02 NC_080388.1:57659586-57659599promoter 内 1266-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57650555-57656864(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr03G001183 Chr03 NC_080389.1:13593640-13593653promoter 内 1259-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13588546-13590911(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGTGAAGTCAACCT
SmilChr04G002033 Chr04 NC_080390.1:33020219-33020232promoter 内 1240-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33022980-33027433(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTGACTTTTCG
SmilChr01G005181 Chr01 NC_080387.1:69530705-69530718promoter 内 1235-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69533471-69535820(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71146640-71146653promoter 内 1205-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71149436-71150275(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTAGTCAACAA
SmilChr03G000526 Chr03 NC_080389.1:5637993-5638006promoter 内 1116-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5640878-5642924(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAGTAGTCAACAA
SmilChr02G004951 Chr02 NC_080388.1:71466873-71466886promoter 内 1074-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71469800-71473160(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr02G001819 Chr02 NC_080388.1:33067275-33067288promoter 内 990-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33060162-33064277(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCATTGACTTAGTG
SmilChr03G001877 Chr03 NC_080389.1:26048497-26048510promoter 内 957-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26051541-26060128(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGCAAGTCAACCT
SmilChr02G003013 Chr02 NC_080388.1:50818864-50818877promoter 内 953-966 bp - 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50814886-50815829(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27093948-27093961promoter 内 941-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27066717-27090901(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTGCCA
SmilChr04G002482 Chr04 NC_080390.1:39665622-39665635promoter 内 918-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39660962-39662552(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTAAATC
SmilChr03G001876 Chr03 NC_080389.1:26048497-26048510promoter 内 860-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26022430-26045369(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTGCCA
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