预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016473-RA_Salv |
SmilChr03G001606 |
WRKY | XP_057802772.1 |
MP00539 |
TCGTTGACTTTTTT |
9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 114 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G000051 |
Chr04 | NC_080390.1:451689-451702promoter 内 1845-1858 bp |
- | 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 453845-458680(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AATAAAGTCAAAAC |
SmilChr02G004763 |
Chr02 | NC_080388.1:69807024-69807037promoter 内 1842-1855 bp |
+ | 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 69802998-69804878(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AATTTAGTCAACAA |
SmilChr01G004005 |
Chr01 | NC_080387.1:58438920-58438933promoter 内 1815-1828 bp |
- | 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 58441106-58442543(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AAATAAGTCAATGT |
SmilChr01G005886 |
Chr01 | NC_080387.1:74771828-74771841promoter 内 1812-1825 bp |
- | 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74774017-74848538(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr04G001640 |
Chr04 | NC_080390.1:27290643-27290656promoter 内 1784-1797 bp |
+ | 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 27292860-27295296(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GCATTGACTTCCTT |
SmilChr01G004937 |
Chr01 | NC_080387.1:67468213-67468226promoter 内 1771-1784 bp |
+ | 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 67470443-67473691(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TGTTTGACTTTTGA |
SmilChr02G001926 |
Chr02 | NC_080388.1:34681955-34681968promoter 内 1755-1768 bp |
- | 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 34678675-34679722(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CGTTTGACTTTATT |
SmilChr01G003873 |
Chr01 | NC_080387.1:56985960-56985973promoter 内 1743-1756 bp |
- | 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 56981778-56983715(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr03G000540 |
Chr03 | NC_080389.1:5865484-5865497promoter 内 1717-1730 bp |
- | 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 5867768-5915015(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TCAGTAGTCAACAA |
SmilChr02G005590 |
Chr02 | NC_080388.1:75690672-75690685promoter 内 1710-1723 bp |
- | 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 75687281-75688394(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CTGTTGACTGTAAT |
SmilChr02G002569 |
Chr02 | NC_080388.1:44702399-44702412promoter 内 1669-1682 bp |
+ | 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 44692150-44700080(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr01G001399 |
Chr01 | NC_080387.1:27493668-27493681promoter 内 1616-1629 bp |
+ | 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 27490289-27491296(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AGATGAGTCAACAA |
SmilChr02G004305 |
Chr02 | NC_080388.1:65428962-65428975promoter 内 1598-1611 bp |
+ | 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 65431365-65443597(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTTGAGA |
SmilChr01G005088 |
Chr01 | NC_080387.1:68755095-68755108promoter 内 1589-1602 bp |
+ | 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 68757507-68758834(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr03G002986 |
Chr03 | NC_080389.1:46689672-46689685promoter 内 1572-1585 bp |
+ | 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 46684796-46687256(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr03G003813 |
Chr03 | NC_080389.1:57171245-57171258promoter 内 1531-1544 bp |
- | 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 57166094-57168788(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr02G003930 |
Chr02 | NC_080388.1:61370593-61370606promoter 内 1529-1542 bp |
- | 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 61373065-61374600(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GAAAAAGTCAATAG |
SmilChr01G004050 |
Chr01 | NC_080387.1:58958678-58958691promoter 内 1518-1531 bp |
- | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 58955005-58956208(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CCCTTGACTTTCTT |
SmilChr02G005456 |
Chr02 | NC_080388.1:74888614-74888627promoter 内 1433-1446 bp |
+ | 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74883626-74886059(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
AAAAAAGTCAATAG |
SmilChr01G005836 |
Chr01 | NC_080387.1:74380829-74380842promoter 内 1378-1391 bp |
- | 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74371627-74378219(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr02G005592 |
Chr02 | NC_080388.1:75690672-75690685promoter 内 1307-1320 bp |
- | 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 75687908-75687991(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CTGTTGACTGTAAT |
SmilChr01G005830 |
Chr01 | NC_080387.1:74309081-74309094promoter 内 1275-1288 bp |
+ | 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 74302395-74306368(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr02G003631 |
Chr02 | NC_080388.1:57659586-57659599promoter 内 1266-1279 bp |
+ | 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 57650555-57656864(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr03G001183 |
Chr03 | NC_080389.1:13593640-13593653promoter 内 1259-1272 bp |
+ | 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 13588546-13590911(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
CGTGAAGTCAACCT |
SmilChr04G002033 |
Chr04 | NC_080390.1:33020219-33020232promoter 内 1240-1253 bp |
+ | 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 33022980-33027433(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTGACTTTTCG |
SmilChr01G005181 |
Chr01 | NC_080387.1:69530705-69530718promoter 内 1235-1248 bp |
+ | 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 69533471-69535820(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr01G005385 |
Chr01 | NC_080387.1:71146640-71146653promoter 内 1205-1218 bp |
- | 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 71149436-71150275(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
GATTTAGTCAACAA |
SmilChr03G000526 |
Chr03 | NC_080389.1:5637993-5638006promoter 内 1116-1129 bp |
- | 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 5640878-5642924(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
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+ | 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 71469800-71473160(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
TTGTTGACTAAATC |
SmilChr02G001819 |
Chr02 | NC_080388.1:33067275-33067288promoter 内 990-1003 bp |
- | 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 33060162-33064277(-) |
SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
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Chr03 | NC_080389.1:26048497-26048510promoter 内 957-970 bp |
- | 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 26051541-26060128(+) |
SMil_00016473-RA_Salv |
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SMil_00016473-RA_Salv |
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SMil_00016473-RA_Salv |
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MP00539 |
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SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
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SMil_00016473-RA_Salv |
MP00539 |
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