转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 115 / 133 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003286 Chr03 NC_080389.1:50933879-50933887promoter 内 3060-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50934820-50935836(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr02G004910 Chr02 NC_080388.1:71110992-71111000promoter 内 3056-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71109250-71110055(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr01G000765 Chr01 NC_080387.1:16784705-16784713promoter 内 3055-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16785651-16789267(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr01G004531 Chr01 NC_080387.1:63490516-63490524promoter 内 3054-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63491463-63493123(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G003749 Chr03 NC_080389.1:56548557-56548565promoter 内 3054-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56549504-56552002(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr04G000986 Chr04 NC_080390.1:13383321-13383329promoter 内 3037-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13379206-13382365(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr01G002253 Chr01 NC_080387.1:39168282-39168290promoter 内 3034-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39169249-39176589(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47686524-47686532promoter 内 3005-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47680166-47685536(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975736-16975744promoter 内 2997-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16976740-16977351(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr02G004847 Chr02 NC_080388.1:70608907-70608915promoter 内 2996-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70609912-70613661(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71212313-71212321promoter 内 2993-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G005216 Chr02 NC_080388.1:73354665-73354673promoter 内 2981-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73355685-73358919(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G003749 Chr02 NC_080388.1:59143104-59143112promoter 内 2978-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59140148-59142089(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr03G004094 Chr03 NC_080389.1:59822135-59822143promoter 内 2967-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59818187-59821109(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAA
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73746956-73746964promoter 内 2960-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73742587-73745923(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003246 Chr02 NC_080388.1:53725334-53725342promoter 内 2956-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53714224-53724297(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G005386 Chr01 NC_080387.1:71157320-71157328promoter 内 2947-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71158374-71160147(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G003099 Chr01 NC_080387.1:49796645-49796653promoter 内 2933-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49797713-49799255(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G005051 Chr01 NC_080387.1:68456426-68456434promoter 内 2926-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68451266-68455359(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr02G005454 Chr02 NC_080388.1:74877185-74877193promoter 内 2917-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74873062-74876109(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G000278 Chr02 NC_080388.1:3558853-3558861promoter 内 2911-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3555896-3557771(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G000727 Chr03 NC_080389.1:8202368-8202376promoter 内 2911-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8198009-8201286(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G003849 Chr03 NC_080389.1:57590757-57590765promoter 内 2895-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57591863-57595905(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTACGTGGG
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72932033-72932041promoter 内 2885-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72929350-72930925(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAA
SmilChr03G003243 Chr03 NC_080389.1:50328591-50328599promoter 内 2883-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50329709-50331573(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G004602 Chr01 NC_080387.1:64004838-64004846promoter 内 2876-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64005963-64007353(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr02G003280 Chr02 NC_080388.1:54108832-54108840promoter 内 2844-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54109989-54111942(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G001222 Chr03 NC_080389.1:14083799-14083807promoter 内 2827-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14078360-14082633(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G003464 Chr03 NC_080389.1:53052662-53052670promoter 内 2827-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53053836-53056129(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G000281 Chr01 NC_080387.1:5523194-5523202promoter 内 2826-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5521374-5522027(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44533740-44533748promoter 内 2826-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TTCACGTGC
SmilChr01G004976 Chr01 NC_080387.1:67831015-67831023promoter 内 2826-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67832190-67832949(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr02G002333 Chr02 NC_080388.1:41027413-41027421promoter 内 2824-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41028590-41030905(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr01G002287 Chr01 NC_080387.1:39669520-39669528promoter 内 2823-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39670698-39674128(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
SmilChr04G001842 Chr04 NC_080390.1:29952813-29952821promoter 内 2808-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29954006-29954761(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTTT
SmilChr03G003043 Chr03 NC_080389.1:47331574-47331582promoter 内 2799-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47324922-47330380(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AAACGTGGG
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