转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 116 / 153 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003727 Chr02 NC_080388.1:58906777-58906787promoter 内 1567-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 58896027-58904353(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGCAGTACAAT
SmilChr01G002130 Chr01 NC_080387.1:37303597-37303607promoter 内 1551-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 37299917-37301157(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCTGTACGGGA
SmilChr05G001115 Chr05 NC_080391.1:9300403-9300413promoter 内 1085-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 9291872-9297497(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64500033-64500043promoter 内 888-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 64491924-64496930(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCA
SmilChr03G003061 Chr03 NC_080389.1:47554919-47554929promoter 内 848-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 47558072-47559707(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr02G004831 Chr02 NC_080388.1:70429203-70429213promoter 内 793-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 70416876-70426005(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCT
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19481805-19481815promoter 内 788-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 19485018-19486593(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGCAGTACAAT
SmilChr01G002805 Chr01 NC_080387.1:46593800-46593810promoter 内 3954-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46593847-46601851(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGACGTACAAT
SmilChr01G003902 Chr01 NC_080387.1:57300493-57300503promoter 内 3946-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57298614-57300448(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCA
SmilChr05G000759 Chr05 NC_080391.1:5879184-5879194promoter 内 3928-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5879257-5880711(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTTA
SmilChr05G000768 Chr05 NC_080391.1:5984669-5984679promoter 内 3928-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5978121-5984606(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGATA
SmilChr02G002225 Chr02 NC_080388.1:39569772-39569782promoter 内 3891-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39567398-39569672(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAACGTACAAG
SmilChr03G003521 Chr03 NC_080389.1:53811030-53811040promoter 内 3821-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53811210-53814400(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TAACGTACAAT
SmilChr02G001791 Chr02 NC_080388.1:32665317-32665327promoter 内 3783-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32662522-32665109(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr01G002054 Chr01 NC_080387.1:36330823-36330833promoter 内 3773-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36328002-36330605(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTTA
SmilChr02G002007 Chr02 NC_080388.1:36207735-36207745promoter 内 3755-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36207981-36211427(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCCCGTACAGG
SmilChr04G004115 Chr04 NC_080390.1:56057510-56057520promoter 内 3700-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56052787-56057219(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGTTC
SmilChr02G003665 Chr02 NC_080388.1:58044562-58044572promoter 内 3673-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58044890-58052071(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGATA
SmilChr02G001963 Chr02 NC_080388.1:35454762-35454772promoter 内 3665-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35451519-35454436(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCT
SmilChr03G001865 Chr03 NC_080389.1:25794489-25794499promoter 内 3587-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25793320-25794085(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr05G001561 Chr05 NC_080391.1:14299884-14299894promoter 内 3573-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14299396-14299466(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGATA
SmilChr01G002020 Chr01 NC_080387.1:35772311-35772321promoter 内 3551-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35772761-35775153(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTTA
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53247645-53247655promoter 内 3501-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53892821-53892831promoter 内 3500-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53893322-53895242(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr04G000659 Chr04 NC_080390.1:7447762-7447772promoter 内 3492-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7448271-7451141(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGATA
SmilChr03G003634 Chr03 NC_080389.1:55024762-55024772promoter 内 3476-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55022605-55024247(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TAACGTACAAT
SmilChr04G002466 Chr04 NC_080390.1:39487334-39487344promoter 内 3460-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39487875-39498206(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCT
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73950019-73950029promoter 内 3439-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73948425-73949467(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGTTC
SmilChr03G002154 Chr03 NC_080389.1:33502297-33502307promoter 内 3385-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33500480-33501691(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCCCGTACATT
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58138641-58138651promoter 内 3346-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58134832-58137996(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGCG
SmilChr01G001419 Chr01 NC_080387.1:27774433-27774443promoter 内 3328-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27775106-27775179(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATCGTACAAC
SmilChr04G000334 Chr04 NC_080390.1:3087507-3087517promoter 内 3308-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3073698-3086824(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTCT
SmilChr04G002985 Chr04 NC_080390.1:46261979-46261989promoter 内 3245-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46262735-46265981(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGTCGTACAAC
SmilChr04G001807 Chr04 NC_080390.1:29559404-29559414promoter 内 3236-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29555573-29558649(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGACT
SmilChr05G001328 Chr05 NC_080391.1:11556150-11556160promoter 内 3193-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11556958-11564678(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAACGTACAAG
SmilChr01G001882 Chr01 NC_080387.1:33842282-33842292promoter 内 3190-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33843093-33844067(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGGA
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