转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 119 / 134 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000466 Chr05 NC_080391.1:3516157-3516164promoter 内 1595-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3518563-3520476(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr05G001986 Chr05 NC_080391.1:20556072-20556079promoter 内 1592-1599 bp + 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20543290-20553670(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15462157-15462164promoter 内 1590-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15458438-15459753(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G001209 Chr05 NC_080391.1:10170641-10170648promoter 内 1590-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10173052-10178624(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65801176-65801183promoter 内 1588-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65797080-65798770(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G002573 Chr02 NC_080388.1:44736648-44736655promoter 内 1586-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44733032-44734240(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G003934 Chr05 NC_080391.1:53104133-53104140promoter 内 1585-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53101653-53101724(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G004205 Chr02 NC_080388.1:64311351-64311358promoter 内 1582-1589 bp + 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64313770-64316621(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr03G004212 Chr03 NC_080389.1:60720750-60720757promoter 内 1577-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60715972-60718333(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G002039 Chr03 NC_080389.1:30777004-30777011promoter 内 1576-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30779429-30780497(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G001867 Chr05 NC_080391.1:18805421-18805428promoter 内 1557-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18807865-18810753(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr04G000490 Chr04 NC_080390.1:5292936-5292943promoter 内 1555-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5295382-5300357(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr01G000189 Chr01 NC_080387.1:3236615-3236622promoter 内 1549-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3239067-3240349(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G001634 Chr05 NC_080391.1:15275274-15275281promoter 内 1547-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15277728-15278583(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37246249-37246256promoter 内 1543-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G005013 Chr02 NC_080388.1:71932733-71932740promoter 内 1543-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71921805-71930282(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40673272-40673279promoter 内 1542-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40668849-40670820(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr01G000886 Chr01 NC_080387.1:18924265-18924272promoter 内 1539-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18926727-18927868(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54576838-54576845promoter 内 1538-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr05G001731 Chr05 NC_080391.1:16727541-16727548promoter 内 1533-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16724502-16725080(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr01G000177 Chr01 NC_080387.1:2911878-2911885promoter 内 1532-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2906711-2909416(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41888803-41888810promoter 内 1532-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G000507 Chr03 NC_080389.1:5468114-5468121promoter 内 1531-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5470584-5477430(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr05G000128 Chr05 NC_080391.1:1022865-1022872promoter 内 1531-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1025335-1066327(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52162564-52162571promoter 内 1528-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52157094-52160098(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr04G003311 Chr04 NC_080390.1:49844514-49844521promoter 内 1527-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49841414-49842047(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr02G002400 Chr02 NC_080388.1:41882721-41882728promoter 内 1525-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41885197-41886517(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr04G003425 Chr04 NC_080390.1:50845533-50845540promoter 内 1524-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50848010-50851163(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G002724 Chr03 NC_080389.1:43257658-43257665promoter 内 1522-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 43260137-43262411(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr01G005311 Chr01 NC_080387.1:70363840-70363847promoter 内 1521-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70360251-70361367(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr04G001834 Chr04 NC_080390.1:29894454-29894461promoter 内 1519-1526 bp - 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29890969-29891979(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G002140 Chr01 NC_080387.1:37391174-37391181promoter 内 1517-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37385728-37388697(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G001981 Chr02 NC_080388.1:35753388-35753395promoter 内 1511-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 35748952-35750905(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G000387 Chr05 NC_080391.1:2909237-2909244promoter 内 1511-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2911727-2914144(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G003376 Chr05 NC_080391.1:44667271-44667278promoter 内 1511-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44663088-44664788(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
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