预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00014715-RA_Salv |
SmilChr01G002039 |
bHLH | XP_057808459.1 |
MP00660 |
CCACGTGC |
9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 119 / 134 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G000466 |
Chr05 | NC_080391.1:3516157-3516164promoter 内 1595-1602 bp |
+ | 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 3518563-3520476(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr05G001986 |
Chr05 | NC_080391.1:20556072-20556079promoter 内 1592-1599 bp |
+ | 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 20543290-20553670(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr03G001319 |
Chr03 | NC_080389.1:15462157-15462164promoter 内 1590-1597 bp |
- | 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 15458438-15459753(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr05G001209 |
Chr05 | NC_080391.1:10170641-10170648promoter 内 1590-1597 bp |
+ | 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 10173052-10178624(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr01G004762 |
Chr01 | NC_080387.1:65801176-65801183promoter 内 1588-1595 bp |
+ | 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 65797080-65798770(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr02G002573 |
Chr02 | NC_080388.1:44736648-44736655promoter 内 1586-1593 bp |
- | 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 44733032-44734240(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr05G003934 |
Chr05 | NC_080391.1:53104133-53104140promoter 内 1585-1592 bp |
+ | 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 53101653-53101724(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr02G004205 |
Chr02 | NC_080388.1:64311351-64311358promoter 内 1582-1589 bp |
+ | 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 64313770-64316621(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr03G004212 |
Chr03 | NC_080389.1:60720750-60720757promoter 内 1577-1584 bp |
+ | 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 60715972-60718333(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr03G002039 |
Chr03 | NC_080389.1:30777004-30777011promoter 内 1576-1583 bp |
- | 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 30779429-30780497(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr05G001867 |
Chr05 | NC_080391.1:18805421-18805428promoter 内 1557-1564 bp |
- | 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 18807865-18810753(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr04G000490 |
Chr04 | NC_080390.1:5292936-5292943promoter 内 1555-1562 bp |
- | 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 5295382-5300357(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr01G000189 |
Chr01 | NC_080387.1:3236615-3236622promoter 内 1549-1556 bp |
- | 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 3239067-3240349(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr05G001634 |
Chr05 | NC_080391.1:15275274-15275281promoter 内 1547-1554 bp |
- | 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 15277728-15278583(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr02G002069 |
Chr02 | NC_080388.1:37246249-37246256promoter 内 1543-1550 bp |
+ | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 37243238-37243798(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr02G005013 |
Chr02 | NC_080388.1:71932733-71932740promoter 内 1543-1550 bp |
- | 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 71921805-71930282(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr03G002549 |
Chr03 | NC_080389.1:40673272-40673279promoter 内 1542-1549 bp |
- | 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 40668849-40670820(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr01G000886 |
Chr01 | NC_080387.1:18924265-18924272promoter 内 1539-1546 bp |
+ | 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 18926727-18927868(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr02G003334 |
Chr02 | NC_080388.1:54576838-54576845promoter 内 1538-1545 bp |
+ | 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 54579301-54582613(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr05G001731 |
Chr05 | NC_080391.1:16727541-16727548promoter 内 1533-1540 bp |
+ | 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 16724502-16725080(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr01G000177 |
Chr01 | NC_080387.1:2911878-2911885promoter 内 1532-1539 bp |
+ | 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 2906711-2909416(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr04G002651 |
Chr04 | NC_080390.1:41888803-41888810promoter 内 1532-1539 bp |
+ | 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 41885763-41886341(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr03G000507 |
Chr03 | NC_080389.1:5468114-5468121promoter 内 1531-1538 bp |
- | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 5470584-5477430(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr05G000128 |
Chr05 | NC_080391.1:1022865-1022872promoter 内 1531-1538 bp |
+ | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 1025335-1066327(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr04G003574 |
Chr04 | NC_080390.1:52162564-52162571promoter 内 1528-1535 bp |
+ | 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 52157094-52160098(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr04G003311 |
Chr04 | NC_080390.1:49844514-49844521promoter 内 1527-1534 bp |
- | 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 49841414-49842047(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
SmilChr02G002400 |
Chr02 | NC_080388.1:41882721-41882728promoter 内 1525-1532 bp |
- | 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 41885197-41886517(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr04G003425 |
Chr04 | NC_080390.1:50845533-50845540promoter 内 1524-1531 bp |
+ | 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 50848010-50851163(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr03G002724 |
Chr03 | NC_080389.1:43257658-43257665promoter 内 1522-1529 bp |
- | 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 43260137-43262411(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr01G005311 |
Chr01 | NC_080387.1:70363840-70363847promoter 内 1521-1528 bp |
+ | 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 70360251-70361367(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr04G001834 |
Chr04 | NC_080390.1:29894454-29894461promoter 内 1519-1526 bp |
- | 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 29890969-29891979(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
SmilChr01G002140 |
Chr01 | NC_080387.1:37391174-37391181promoter 内 1517-1524 bp |
+ | 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 37385728-37388697(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
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Chr02 | NC_080388.1:35753388-35753395promoter 内 1511-1518 bp |
+ | 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 35748952-35750905(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
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- | 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 2911727-2914144(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
SmilChr05G003376 |
Chr05 | NC_080391.1:44667271-44667278promoter 内 1511-1518 bp |
+ | 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 44663088-44664788(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr01G002141 |
Chr01 | NC_080387.1:37404254-37404261promoter 内 1510-1517 bp |
+ | 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 37398801-37401770(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
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+ | 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 68664997-68666698(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGT |
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+ | 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 5702172-5704343(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr05G001645 |
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- | 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 15418457-15421249(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
SmilChr04G001239 |
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- | 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 19464505-19469117(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
ACACGTGG |
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- | 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 35119660-35126823(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
TCACGTGG |
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Chr05 | NC_080391.1:48067457-48067464promoter 内 1504-1511 bp |
+ | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 48069954-48070106(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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+ | 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 49276093-49281214(-) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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+ | 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 66765633-66772172(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
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CCACGTGA |
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SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
CCACGTGA |
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- | 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 33998760-33998865(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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- | 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 47920800-47924013(+) |
SMil_00014715-RA_Salv |
MP00660 |
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- | 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 6962630-6966190(+) |
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SmilChr03G000632 |
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- | 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.7/ 100 | 1 | 6968607-6972166(+) |
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MP00660 |
TCACGTGG |