转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 12 / 167 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002457 Chr03 NC_080389.1:38913814-38913834promoter 内 1985-2005 bp - 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38915830-38915901(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAACCTTATCTTCTCTGTC
SmilChr07G003848 Chr07 NC_080393.1:47727897-47727917promoter 内 1936-1956 bp + 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47725130-47725852(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTGTCCTTATCCTATTTATG
SmilChr05G004058 Chr05 NC_080391.1:54536380-54536400promoter 内 1541-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54538840-54543137(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGGTAAAAGATAAGGTTAAA
SmilChr01G002711 Chr01 NC_080387.1:45364998-45365018promoter 内 1362-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45358651-45362379(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCAGAAGTGGAGAAGGATAAG
SmilChr04G003114 Chr04 NC_080390.1:47697156-47697176promoter 内 1306-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47699851-47702672(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCATTTTTATCCAAACTCGC
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74407604-74407624promoter 内 1300-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74410305-74412582(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTAATCTTATCCTATATATA
SmilChr08G000790 Chr08 NC_080394.1:5817243-5817263promoter 内 1247-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5819997-5822606(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACATGATTATCCATTTTTTT
SmilChr06G002723 Chr06 NC_080392.1:39345137-39345157promoter 内 1223-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39340379-39342379(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTCTTATCCAATTTACA
SmilChr01G005086 Chr01 NC_080387.1:68731856-68731876promoter 内 1066-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 68727698-68728941(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATCCTTATCTAGTCATTT
SmilChr07G002851 Chr07 NC_080393.1:28665563-28665583promoter 内 821-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28660894-28662403(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G002712 Chr01 NC_080387.1:45364998-45365018promoter 内 788-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45368211-45371658(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCCTTCTCCACTTCTGC
SmilChr04G001129 Chr04 NC_080390.1:16397934-16397954promoter 内 783-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 16393353-16394736(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr08G000398 Chr08 NC_080394.1:2802391-2802411promoter 内 715-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2797754-2799125(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G006102 Chr01 NC_080387.1:76527143-76527163promoter 内 693-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 76521564-76523855(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr08G002127 Chr08 NC_080394.1:19157048-19157068promoter 内 675-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19152387-19153742(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24477288-24477308promoter 内 670-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24470867-24473977(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTATGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G002419 Chr05 NC_080391.1:26706282-26706302promoter 内 659-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26701311-26702960(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTGTTCTTATCCAATCTTGG
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15825987-15826007promoter 内 648-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15821262-15822654(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G003716 Chr05 NC_080391.1:50280721-50280741promoter 内 618-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50284104-50285354(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G000994 Chr03 NC_080389.1:11311104-11311124promoter 内 601-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11306232-11307724(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G003466 Chr04 NC_080390.1:51141549-51141569promoter 内 518-538 bp + 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51145032-51148939(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGGAATGGATAAGCTTGTG
SmilChr07G003693 Chr07 NC_080393.1:44460673-44460693promoter 内 492-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44464182-44465979(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTACTCTTATCCAAATTTTT
SmilChr05G002421 Chr05 NC_080391.1:26706282-26706302promoter 内 445-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26709838-26712749(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAAGATTGGATAAGAACAGA
SmilChr02G001093 Chr02 NC_080388.1:19694932-19694952promoter 内 435-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19698498-19699654(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr04G001583 Chr04 NC_080390.1:26323485-26323505promoter 内 424-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26318550-26319928(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G002922 Chr07 NC_080393.1:29602074-29602094promoter 内 410-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29605665-29606850(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15855633-15855653promoter 内 404-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15859230-15860324(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56258010-56258030promoter 内 399-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAATTTGGATAAGCATGCG
SmilChr06G001015 Chr06 NC_080392.1:10044062-10044082promoter 内 136-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 10047927-10051822(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCAAATTTGGATAAGATTGGA
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31525365-31525385promoter 内 84-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCCTCCTTATCCTCGCTCGG
SmilChr05G002096 Chr05 NC_080391.1:21939932-21939952promoter 内 56-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21943877-21944811(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTGGATAAGCTTGCA
SmilChr05G003739 Chr05 NC_080391.1:50464615-50464635promoter 内 31-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50457361-50460665(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAAGCTTATCCATTCCTTA
SmilChr04G004073 Chr04 NC_080390.1:55824947-55824967promoter 内 3975-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 55824973-55827185(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTTCTTATCCTTTTCTTT
SmilChr05G002032 Chr05 NC_080391.1:21127535-21127555promoter 内 3450-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 21128086-21129444(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCTACATCTTC
SmilChr02G004382 Chr02 NC_080388.1:66170112-66170132promoter 内 3433-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 66170680-66179784(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATATTTATCCATATCTTC
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