转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 12 / 130 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001077 Chr02 NC_080388.1:19304151-19304163promoter 内 2416-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 19305736-19307784(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr01G000834 Chr01 NC_080387.1:18018905-18018917promoter 内 2387-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18020519-18023491(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTCAT
SmilChr01G000872 Chr01 NC_080387.1:18597189-18597201promoter 内 1948-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 18594111-18595148(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G002195 Chr02 NC_080388.1:39164836-39164848promoter 内 1904-1916 bp - 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39161798-39162751(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G001141 Chr02 NC_080388.1:20650875-20650887promoter 内 1831-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 20647071-20648717(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36619985-36619997promoter 内 1772-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr03G001911 Chr03 NC_080389.1:26734615-26734627promoter 内 1687-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26736929-26737921(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48472656-48472668promoter 内 1575-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATCTTCG
SmilChr01G001608 Chr01 NC_080387.1:30239711-30239723promoter 内 1530-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30242182-30250484(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATCTTCG
SmilChr02G001456 Chr02 NC_080388.1:27241016-27241028promoter 内 1412-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 27237585-27238439(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr03G002005 Chr03 NC_080389.1:29908780-29908792promoter 内 1364-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29905229-29906155(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr02G000853 Chr02 NC_080388.1:14527265-14527277promoter 内 1116-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14530150-14530911(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1266482-1266494promoter 内 1096-1108 bp + 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1269387-1271849(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGCATATTCC
SmilChr03G002163 Chr03 NC_080389.1:33669196-33669208promoter 内 803-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33663530-33666010(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTCAT
SmilChr01G001376 Chr01 NC_080387.1:27116130-27116142promoter 内 445-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 27119686-27126433(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATCCC
SmilChr02G004042 Chr02 NC_080388.1:62725261-62725273promoter 内 439-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62728823-62730356(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAAGAATATACC
SmilChr02G001357 Chr02 NC_080388.1:25349478-25349490promoter 内 276-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 25353203-25354734(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTCAT
SmilChr02G001137 Chr02 NC_080388.1:20501044-20501056promoter 内 3404-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 20501641-20503792(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAACGAATATTCT
SmilChr01G004853 Chr01 NC_080387.1:66710184-66710196promoter 内 839-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 66713346-66725072(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATTCCACA
SmilChr03G001953 Chr03 NC_080389.1:27921957-27921969promoter 内 2877-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 27919955-27920845(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATTCG
SmilChr03G000382 Chr03 NC_080389.1:4271675-4271687promoter 内 3627-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 4267923-4271313(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTGAGAATATTCC
SmilChr01G000020 Chr01 NC_080387.1:387389-387401promoter 内 1484-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 382559-384884(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAAGAATATTCT
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13750372-13750384promoter 内 1204-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 13753169-13757650(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATTCGATA
SmilChr02G003425 Chr02 NC_080388.1:55453020-55453032promoter 内 1123-1135 bp + 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 55455898-55457804(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAACGAATATTCT
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71148936-71148948promoter 内 3501-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 71149436-71150275(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAACGAATATTCT
SmilChr02G000739 Chr02 NC_080388.1:11981418-11981430promoter 内 3490-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 11981929-11982861(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAACGAATATTCT
SmilChr02G004984 Chr02 NC_080388.1:71728260-71728272promoter 内 2883-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 71729378-71732730(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATTCTGCA
SmilChr02G004740 Chr02 NC_080388.1:69621169-69621181promoter 内 2789-2801 bp + 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69619134-69619969(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTCTA
SmilChr01G004974 Chr01 NC_080387.1:67821170-67821182promoter 内 2673-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67822498-67823169(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCGCTG
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67821170-67821182promoter 内 1246-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67816486-67818427(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAGCGCATATTCC
SmilChr01G003795 Chr01 NC_080387.1:56342603-56342615promoter 内 376-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 56336337-56338990(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTCTA
SmilChr02G004250 Chr02 NC_080388.1:64693491-64693503promoter 内 3291-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 64694201-64695370(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATACTCTT
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42662746-42662758promoter 内 3176-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCTCTG
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75322214-75322226promoter 内 1625-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAGCGCATATTCC
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75322214-75322226promoter 内 208-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATGCGCTG
SmilChr01G002453 Chr01 NC_080387.1:42139929-42139941promoter 内 3129-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 42133849-42139069(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATCCGAATATTCG
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