转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 120 / 134 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000633 Chr03 NC_080389.1:6972076-6972083promoter 内 1492-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6974585-6978143(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G002423 Chr05 NC_080391.1:26725839-26725846promoter 内 1491-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 26728349-26730154(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G000557 Chr01 NC_080387.1:11622834-11622841promoter 内 1489-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11619164-11620329(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72269695-72269702promoter 内 1486-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72259312-72267187(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G000580 Chr03 NC_080389.1:6432699-6432706promoter 内 1481-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6435219-6437864(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr04G001878 Chr04 NC_080390.1:30680480-30680487promoter 内 1481-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30683000-30683105(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G001774 Chr03 NC_080389.1:24195417-24195424promoter 内 1471-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24191082-24192894(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G001158 Chr05 NC_080391.1:9710945-9710952promoter 内 1471-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9706437-9708422(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr05G003591 Chr05 NC_080391.1:48012569-48012576promoter 内 1470-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48006250-48010045(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G005099 Chr01 NC_080387.1:68828251-68828258promoter 内 1465-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68806204-68825722(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1990014-1990021promoter 内 1464-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1992551-1995058(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G001603 Chr03 NC_080389.1:20359572-20359579promoter 内 1464-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20356209-20357042(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G003756 Chr03 NC_080389.1:56663591-56663598promoter 内 1461-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56666131-56670986(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr05G003922 Chr05 NC_080391.1:52976402-52976409promoter 内 1461-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52978942-52981641(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63640304-63640311promoter 内 1460-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63635851-63637770(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr02G002977 Chr02 NC_080388.1:50325896-50325903promoter 内 1458-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50328439-50330654(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G000620 Chr03 NC_080389.1:6821868-6821875promoter 内 1457-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6824412-6832511(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr06G000087 Chr06 NC_080392.1:630076-630083promoter 内 1457-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 624053-627539(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46913696-46913703promoter 内 1456-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr02G003777 Chr02 NC_080388.1:59445110-59445117promoter 内 1455-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 59447656-59449556(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G001241 Chr03 NC_080389.1:14300391-14300398promoter 内 1452-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14296983-14297849(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr03G002285 Chr03 NC_080389.1:36033303-36033310promoter 内 1449-1456 bp + 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36027752-36030758(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr04G003386 Chr04 NC_080390.1:50422569-50422576promoter 内 1449-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50417948-50420024(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr04G003436 Chr04 NC_080390.1:50909961-50909968promoter 内 1442-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50912520-50916019(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr04G003912 Chr04 NC_080390.1:54846145-54846152promoter 内 1442-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54848704-54850082(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11958252-11958259promoter 内 1441-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68728999-68729006promoter 内 1439-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr04G004109 Chr04 NC_080390.1:56036309-56036316promoter 内 1436-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56031789-56033751(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G002883 Chr02 NC_080388.1:49104380-49104387promoter 内 1433-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49099623-49101819(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56248683-56248690promoter 内 1433-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56244107-56246122(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7871364-7871371promoter 内 1431-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7873934-7877658(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60317040-60317047promoter 内 1430-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr02G005107 Chr02 NC_080388.1:72585956-72585963promoter 内 1430-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72588527-72590966(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr04G003273 Chr04 NC_080390.1:49422480-49422487promoter 内 1428-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49418987-49419914(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr05G003092 Chr05 NC_080391.1:39178443-39178450promoter 内 1428-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39171897-39175877(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G003759 Chr03 NC_080389.1:56711556-56711563promoter 内 1425-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56702958-56708987(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G001986 Chr02 NC_080388.1:35821149-35821156promoter 内 1423-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 35818472-35818578(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G000307 Chr03 NC_080389.1:3498730-3498737promoter 内 1423-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3493752-3496159(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73328999-73329006promoter 内 1422-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G002016 Chr03 NC_080389.1:30098750-30098757promoter 内 1419-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30095714-30096175(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr03G003847 Chr03 NC_080389.1:57581598-57581605promoter 内 1415-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 57575915-57579019(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr03G004096 Chr03 NC_080389.1:59827530-59827537promoter 内 1415-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 59830116-59832213(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr04G000617 Chr04 NC_080390.1:6986524-6986531promoter 内 1411-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6980916-6983941(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGG
SmilChr03G004652 Chr03 NC_080389.1:64052713-64052720promoter 内 1409-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64047639-64050128(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G003464 Chr01 NC_080387.1:53215255-53215262promoter 内 1408-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53217848-53222611(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G003465 Chr01 NC_080387.1:53215255-53215262promoter 内 1403-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53217853-53218458(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1843472-1843479promoter 内 1401-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8581827-8581834promoter 内 1394-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8584434-8585764(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGA
SmilChr02G003558 Chr02 NC_080388.1:56751564-56751571promoter 内 1392-1399 bp - 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56746991-56748962(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 CCACGTGT
SmilChr01G001614 Chr01 NC_080387.1:30271881-30271888promoter 内 1391-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30274491-30275147(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 ACACGTGG