转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 120 / 149 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40367754-40367768promoter 内 3772-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40367090-40367539(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAGCGGATAAGGAA
SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15260792-15260806promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15261027-15263785(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr01G002687 Chr01 NC_080387.1:45086794-45086808promoter 内 3760-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45087035-45090326(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr04G001227 Chr04 NC_080390.1:19226339-19226353promoter 内 3760-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19223497-19226112(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr02G001846 Chr02 NC_080388.1:33671879-33671893promoter 内 3759-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33672121-33675345(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr04G003371 Chr04 NC_080390.1:50279407-50279421promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50276014-50279169(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr04G002006 Chr04 NC_080390.1:32489231-32489245promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32489489-32491723(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCTTTTGT
SmilChr01G002423 Chr01 NC_080387.1:41723126-41723140promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41723404-41725471(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCATTCA
SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22713319-22713333promoter 内 3711-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22710281-22713043(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTGATAAGGTT
SmilChr02G004162 Chr02 NC_080388.1:63951787-63951801promoter 内 3711-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63947914-63951511(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAAAAAA
SmilChr02G001946 Chr02 NC_080388.1:35082819-35082833promoter 内 3710-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 35080855-35082542(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAAAAGATAAGGGT
SmilChr02G002124 Chr02 NC_080388.1:38012961-38012975promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38013258-38015255(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAAACA
SmilChr03G002660 Chr03 NC_080389.1:42264212-42264226promoter 内 3695-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42264518-42265742(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCATTATCCAGAGC
SmilChr01G000847 Chr01 NC_080387.1:18314239-18314253promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18314551-18321642(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACCCTTATCTTTTAC
SmilChr03G002662 Chr03 NC_080389.1:42280403-42280417promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42280749-42283805(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACCCTTATCTTTTAC
SmilChr04G003405 Chr04 NC_080390.1:50610753-50610767promoter 内 3645-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50611109-50622117(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAAAA
SmilChr01G006117 Chr01 NC_080387.1:76701466-76701480promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 76701865-76702674(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGGTTATCCAATTT
SmilChr03G000811 Chr03 NC_080389.1:9294209-9294223promoter 内 3579-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9294631-9297653(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCAAAAA
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314239-18314253promoter 内 3566-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAAAAGATAAGGGT
SmilChr03G003147 Chr03 NC_080389.1:48777313-48777327promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48777749-48779189(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAAAAGATAAGGGT
SmilChr01G003661 Chr01 NC_080387.1:55033078-55033092promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55031026-55032654(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAAAAGATAAGGGT
SmilChr04G003207 Chr04 NC_080390.1:48931173-48931187promoter 内 3518-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48927984-48930704(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATTATCCACATC
SmilChr01G005574 Chr01 NC_080387.1:72488007-72488021promoter 内 3510-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72488498-72489364(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAATTTA
SmilChr04G003009 Chr04 NC_080390.1:46459994-46460008promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46460495-46463913(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATTATCCACATC
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5139200-5139214promoter 内 3484-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5133232-5138697(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCAAAAA
SmilChr04G002408 Chr04 NC_080390.1:38643877-38643891promoter 内 3482-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38641881-38643372(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCATATCCATTTG
SmilChr04G000247 Chr04 NC_080390.1:2233157-2233171promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2231171-2232626(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATTATCCAAATT
SmilChr03G001266 Chr03 NC_080389.1:14674577-14674591promoter 内 3437-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14668002-14674027(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTGTGGATAATATG
SmilChr03G002004 Chr03 NC_080389.1:29859775-29859789promoter 内 3434-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29858010-29859222(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTGTTATCCAAATG
SmilChr04G000573 Chr04 NC_080390.1:6404593-6404607promoter 内 3408-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6399138-6404014(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGAATTATCCATATG
SmilChr04G003655 Chr04 NC_080390.1:53033168-53033182promoter 内 3290-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53033879-53036528(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACCCTTATCTTTTAC
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45804568-45804582promoter 内 3280-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45805289-45808881(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAAAAGT
SmilChr03G004630 Chr03 NC_080389.1:63950279-63950293promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 63945215-63949532(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAAAAAA
SmilChr01G005028 Chr01 NC_080387.1:68236592-68236606promoter 内 3229-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 68235079-68235834(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTTTATCCATAAC
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58409433-58409447promoter 内 3160-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58410274-58410891(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAAAAGATAAGGAA
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