转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 120 / 162 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr07G004094 Chr07 NC_080393.1:52480299-52480317promoter 内 2121-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52474809-52478437(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTAGTGTTTGG
SmilChr01G003147 Chr01 NC_080387.1:50288951-50288969promoter 内 2110-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50283121-50287078(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATTTGGATCAAAGTCAACT
SmilChr04G000237 Chr04 NC_080390.1:2112866-2112884promoter 内 2106-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2114761-2116312(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTACATATTAAAGTCAACT
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53008776-53008794promoter 内 2095-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTGGGAAATCTT
SmilChr05G004220 Chr05 NC_080391.1:56060528-56060546promoter 内 2093-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56056979-56058638(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AATAGTTTCCGAGTCAACG
SmilChr07G001742 Chr07 NC_080393.1:14780644-14780662promoter 内 2090-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14782555-14787152(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAACGGTGAGAA
SmilChr08G001039 Chr08 NC_080394.1:7915979-7915997promoter 内 2078-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7917902-7921344(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGTTATGTTTT
SmilChr01G002757 Chr01 NC_080387.1:45911959-45911977promoter 内 2073-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45909943-45910049(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATAAATGGACC
SmilChr06G001620 Chr06 NC_080392.1:18040514-18040532promoter 内 2073-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18036985-18038604(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTGGGAAGGGT
SmilChr03G002109 Chr03 NC_080389.1:32813022-32813040promoter 内 2055-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32807897-32811094(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr07G001571 Chr07 NC_080393.1:12942452-12942470promoter 内 2038-2056 bp + 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12944415-12948060(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTACTATGAGCG
SmilChr08G000750 Chr08 NC_080394.1:5538229-5538247promoter 内 1988-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5540242-5541947(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGCCAAAACAAC
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29326142-29326160promoter 内 1949-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29328194-29331231(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr02G001001 Chr02 NC_080388.1:17641983-17642001promoter 内 1945-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17633056-17639945(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTCTATACACAGTCAACT
SmilChr06G002153 Chr06 NC_080392.1:29274516-29274534promoter 内 1945-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29276572-29279647(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37353177-37353195promoter 内 1931-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAAAATGCGTGGTCAACG
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5658407-5658425promoter 内 1929-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5660479-5663588(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr01G000575 Chr01 NC_080387.1:11925903-11925921promoter 内 1926-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 11927978-11931142(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr02G001380 Chr02 NC_080388.1:26122651-26122669promoter 内 1926-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26117462-26120594(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr06G002238 Chr06 NC_080392.1:31694680-31694698promoter 内 1926-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31689491-31692623(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr07G003564 Chr07 NC_080393.1:41581856-41581874promoter 内 1919-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41583938-41584578(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTACTATGAGCG
SmilChr04G001384 Chr04 NC_080390.1:22508873-22508891promoter 内 1886-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22510988-22514581(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGCTCATAGTAAGTCAAAG
SmilChr04G001187 Chr04 NC_080390.1:18118746-18118764promoter 内 1885-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18120862-18123724(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr03G001688 Chr03 NC_080389.1:22347895-22347913promoter 内 1874-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22342720-22345786(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr01G004692 Chr01 NC_080387.1:64981862-64981880promoter 内 1872-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64979087-64979751(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGATTTGGTAAAGTCAACA
SmilChr07G001210 Chr07 NC_080393.1:9253408-9253426promoter 内 1872-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9249249-9251297(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTAGCATAGTA
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22587856-22587874promoter 内 1860-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22582678-22585733(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGACTGCCAAAGTCAAAA
SmilChr08G000245 Chr08 NC_080394.1:1699954-1699972promoter 内 1843-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1695694-1697814(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TAACTCGTCAAAGTCAAAG
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25494484-25494502promoter 内 1831-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATTGACGCGGG
SmilChr05G003796 Chr05 NC_080391.1:51289987-51290005promoter 内 1827-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51292161-51293120(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTTCCTCGGGT
SmilChr07G000585 Chr07 NC_080393.1:3997991-3998009promoter 内 1821-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4000171-4002213(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTCTCAACCTA
SmilChr04G001316 Chr04 NC_080390.1:21080674-21080692promoter 内 1803-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 21082872-21088011(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGCTCATAGTAAGTCAAAG
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39440609-39440627promoter 内 1732-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39437281-39438358(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATTGACGCGGG
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71920597-71920615promoter 内 1708-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71914545-71918322(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCTGATATATTT
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