转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 120 / 149 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G001862 Chr04 NC_080390.1:30347228-30347237promoter 内 2196-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30342269-30345432(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:736868-736877promoter 内 2162-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 734422-735038(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr05G001518 Chr05 NC_080391.1:13914564-13914573promoter 内 2142-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13906375-13912714(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr01G001884 Chr01 NC_080387.1:33892317-33892326promoter 内 2116-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33890335-33890441(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr01G000343 Chr01 NC_080387.1:7002824-7002833promoter 内 2081-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7004744-7008154(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr04G000812 Chr04 NC_080390.1:10187284-10187293promoter 内 2061-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10189224-10192705(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr01G001531 Chr01 NC_080387.1:29302471-29302480promoter 内 2023-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29304449-29306676(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72327406-72327415promoter 内 1970-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72329437-72330275(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr02G004390 Chr02 NC_080388.1:66249326-66249335promoter 内 1892-1901 bp - 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66251435-66255580(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr02G005061 Chr02 NC_080388.1:72297172-72297181promoter 内 1814-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72299359-72307057(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr01G004626 Chr01 NC_080387.1:64318453-64318462promoter 内 1775-1784 bp + 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64304875-64316236(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8217369-8217378promoter 内 1677-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G000133 Chr03 NC_080389.1:1459987-1459996promoter 内 1649-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1456332-1457644(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G002783 Chr04 NC_080390.1:43640073-43640082promoter 内 1600-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43636025-43637681(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr06G000652 Chr06 NC_080392.1:5758211-5758220promoter 内 1577-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5754538-5755796(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr03G004578 Chr03 NC_080389.1:63669446-63669455promoter 内 1492-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63664236-63666946(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G002324 Chr04 NC_080390.1:37558979-37558988promoter 内 1434-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37552300-37556421(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49845676-49845685promoter 内 1406-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8387412-8387421promoter 内 1334-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8382448-8384754(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G004735 Chr03 NC_080389.1:64493340-64493349promoter 内 1269-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64487621-64490617(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr03G001894 Chr03 NC_080389.1:26439196-26439205promoter 内 1264-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26441933-26442271(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr01G000531 Chr01 NC_080387.1:10843394-10843403promoter 内 1261-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10837853-10840663(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:634839-634848promoter 内 1246-1255 bp + 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 637594-649458(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr06G000009 Chr06 NC_080392.1:188146-188155promoter 内 1175-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 190972-197249(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G000724 Chr03 NC_080389.1:8138540-8138549promoter 内 1144-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8135586-8135692(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G001788 Chr04 NC_080390.1:29328766-29328775promoter 内 1054-1063 bp - 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29324042-29325828(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr02G004977 Chr02 NC_080388.1:71663159-71663168promoter 内 1045-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71656099-71660212(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15360019-15360028promoter 内 1015-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15354434-15357042(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G002308 Chr04 NC_080390.1:37388470-37388479promoter 内 973-982 bp - 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 37381808-37385451(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26538786-26538795promoter 内 906-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26541881-26545457(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr04G001963 Chr04 NC_080390.1:31822187-31822196promoter 内 758-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31818171-31818953(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr05G002271 Chr05 NC_080391.1:24422110-24422119promoter 内 752-761 bp - 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24418394-24418870(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr01G003493 Chr01 NC_080387.1:53505539-53505548promoter 内 742-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53508798-53508904(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G001823 Chr03 NC_080389.1:24951699-24951708promoter 内 683-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24946586-24948390(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr05G003526 Chr05 NC_080391.1:47134778-47134787promoter 内 659-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47138120-47141715(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTTC
SmilChr03G003871 Chr03 NC_080389.1:57810359-57810368promoter 内 632-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57804682-57806999(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GAAGTCGGTG
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