转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 120 / 149 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003191 Chr07 NC_080393.1:34053450-34053460promoter 内 3914-3924 bp + 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 34052078-34053373(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr02G005253 Chr02 NC_080388.1:73657489-73657499promoter 内 3872-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73657618-73658492(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr04G000166 Chr04 NC_080390.1:1497877-1497887promoter 内 3871-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1491872-1497757(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATAGCTGTCC
SmilChr01G004814 Chr01 NC_080387.1:66337129-66337139promoter 内 3849-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66334051-66336987(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGGG
SmilChr04G002458 Chr04 NC_080390.1:39392093-39392103promoter 内 3771-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39390029-39391873(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr02G002089 Chr02 NC_080388.1:37484099-37484109promoter 内 3768-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37484332-37487742(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr03G002394 Chr03 NC_080389.1:37894971-37894981promoter 内 3768-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37891304-37894748(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr02G002349 Chr02 NC_080388.1:41263223-41263233promoter 内 3756-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41263468-41265907(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr03G002697 Chr03 NC_080389.1:42955640-42955650promoter 内 3711-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 42955283-42955360(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr05G001628 Chr05 NC_080391.1:15211632-15211642promoter 内 3710-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15211923-15213264(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr05G001629 Chr05 NC_080391.1:15211632-15211642promoter 内 3708-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15211925-15213264(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr06G001135 Chr06 NC_080392.1:11393224-11393234promoter 内 3645-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11393580-11394150(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr04G000768 Chr04 NC_080390.1:9420752-9420762promoter 内 3621-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9421132-9426053(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr05G000697 Chr05 NC_080391.1:5264199-5264209promoter 内 3572-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5263707-5263780(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr07G000331 Chr07 NC_080393.1:2248918-2248928promoter 内 3561-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2249358-2251034(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr04G004022 Chr04 NC_080390.1:55455719-55455729promoter 内 3557-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55456163-55456854(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr05G003151 Chr05 NC_080391.1:40235878-40235888promoter 内 3486-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40236393-40237949(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTAAGCTGTCT
SmilChr05G002504 Chr05 NC_080391.1:27784282-27784292promoter 内 3485-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27784798-27790153(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr07G003124 Chr07 NC_080393.1:33156911-33156921promoter 内 3398-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33155425-33156318(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCCGCTGTCA
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58631435-58631445promoter 内 3232-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58632204-58636130(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTAAGCTGTCT
SmilChr04G002583 Chr04 NC_080390.1:41216664-41216674promoter 内 3226-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41211800-41215899(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr04G002286 Chr04 NC_080390.1:37146140-37146150promoter 内 3172-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37136204-37145321(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr03G002812 Chr03 NC_080389.1:44586347-44586357promoter 内 3171-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44587177-44590718(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr06G000410 Chr06 NC_080392.1:3386920-3386930promoter 内 3115-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3387806-3390540(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4792994-4793004promoter 内 3034-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4793961-4795480(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr06G002624 Chr06 NC_080392.1:37784185-37784195promoter 内 3021-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37785165-37789701(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGGG
SmilChr01G001140 Chr01 NC_080387.1:23275099-23275109promoter 内 2978-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23270547-23274086(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr01G001418 Chr01 NC_080387.1:27768611-27768621promoter 内 2917-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27763875-27767537(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr01G002694 Chr01 NC_080387.1:45195349-45195359promoter 内 2893-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45196457-45199085(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr05G000443 Chr05 NC_080391.1:3363839-3363849promoter 内 2841-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3359226-3362689(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr04G001082 Chr04 NC_080390.1:15499287-15499297promoter 内 2835-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15497688-15498131(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr06G003061 Chr06 NC_080392.1:43509977-43509987promoter 内 2786-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 43505133-43508772(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTAAGCTGTCT
SmilChr03G002751 Chr03 NC_080389.1:43735846-43735856promoter 内 2629-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 43737218-43741245(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGGG
SmilChr06G001811 Chr06 NC_080392.1:21279199-21279209promoter 内 2607-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21277090-21277815(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCCGCTGTCA
SmilChr03G000319 Chr03 NC_080389.1:3645954-3645964promoter 内 2503-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3647452-3647530(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr03G004134 Chr03 NC_080389.1:60178620-60178630promoter 内 2460-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60180161-60183575(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCAA
SmilChr04G002404 Chr04 NC_080390.1:38575189-38575199promoter 内 2456-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38576734-38627026(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr01G001303 Chr01 NC_080387.1:25982449-25982459promoter 内 2386-2396 bp - 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25956856-25980844(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTAAGCTGTCT
SmilChr02G003148 Chr02 NC_080388.1:52508264-52508274promoter 内 2370-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52505293-52506643(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr06G003280 Chr06 NC_080392.1:45362027-45362037promoter 内 2357-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45357299-45360393(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATAAGCTGTCC
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27703982-27703992promoter 内 2347-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27705636-27708347(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr03G001002 Chr03 NC_080389.1:11343080-11343090promoter 内 2308-2318 bp + 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11338375-11341397(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr07G000881 Chr07 NC_080393.1:6298041-6298051promoter 内 2252-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6299790-6301912(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr04G002101 Chr04 NC_080390.1:33901874-33901884promoter 内 2162-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33895820-33900045(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55895053-55895063promoter 内 2106-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55896948-55897020(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTTAT
SmilChr02G005252 Chr02 NC_080388.1:73657489-73657499promoter 内 2095-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73654315-73655593(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr03G000320 Chr03 NC_080389.1:3645954-3645964promoter 内 2077-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3647878-3649690(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCG
SmilChr06G001136 Chr06 NC_080392.1:11393224-11393234promoter 内 2067-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11395158-11395228(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA
SmilChr07G000475 Chr07 NC_080393.1:3315292-3315302promoter 内 2041-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3317252-3324420(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGAA
SmilChr05G001451 Chr05 NC_080391.1:13259440-13259450promoter 内 2038-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13252643-13257487(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAA