转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 121 / 129 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65417765-65417772promoter 内 2069-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57608225-57608232promoter 内 2064-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57610162-57614313(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G002947 Chr01 NC_080387.1:48346361-48346368promoter 内 2058-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48339572-48344425(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G004893 Chr01 NC_080387.1:66989340-66989347promoter 内 2053-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66986539-66987399(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004578 Chr02 NC_080388.1:68271626-68271633promoter 内 2049-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68273578-68274918(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G000364 Chr02 NC_080388.1:4669380-4669387promoter 内 2046-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4659785-4667432(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G000645 Chr02 NC_080388.1:9733967-9733974promoter 内 2045-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9735923-9737129(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005212 Chr01 NC_080387.1:69738596-69738603promoter 内 2038-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69740559-69741209(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56413558-56413565promoter 内 2031-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56415528-56416856(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005363 Chr01 NC_080387.1:70859760-70859767promoter 内 2025-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 70861736-70865267(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003625 Chr02 NC_080388.1:57573872-57573879promoter 内 2025-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57570021-57571903(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G001291 Chr01 NC_080387.1:25694441-25694448promoter 内 2021-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25689386-25692468(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65733183-65733190promoter 内 2011-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G005153 Chr02 NC_080388.1:72893321-72893328promoter 内 2010-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 72895312-72899474(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G002824 Chr01 NC_080387.1:46797931-46797938promoter 内 2005-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46793642-46795942(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72459185-72459192promoter 内 2000-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 72451656-72457191(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G003453 Chr01 NC_080387.1:53104891-53104898promoter 内 1998-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53106894-53106967(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59154648-59154655promoter 内 1996-2003 bp + 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59156653-59157317(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G000643 Chr01 NC_080387.1:14418731-14418738promoter 内 1994-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14420738-14422143(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G004647 Chr01 NC_080387.1:64551581-64551588promoter 内 1980-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 64548769-64549567(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G001842 Chr02 NC_080388.1:33620729-33620736promoter 内 1975-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 33615806-33618710(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004866 Chr02 NC_080388.1:70775910-70775917promoter 内 1973-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 70767168-70773889(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G001621 Chr02 NC_080388.1:30151702-30151709promoter 内 1971-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 30153732-30155286(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G003373 Chr02 NC_080388.1:54868000-54868007promoter 内 1968-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54870033-54880559(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001788 Chr01 NC_080387.1:32749708-32749715promoter 内 1965-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32747541-32747679(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G004260 Chr02 NC_080388.1:64813996-64814003promoter 内 1962-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 64816035-64816107(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G000982 Chr02 NC_080388.1:17269762-17269769promoter 内 1961-1968 bp - 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 17271802-17274084(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30834434-30834441promoter 内 1954-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G005230 Chr01 NC_080387.1:69902713-69902720promoter 内 1953-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69858640-69900672(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G003555 Chr01 NC_080387.1:54178696-54178703promoter 内 1952-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54180745-54184910(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74265717-74265724promoter 内 1936-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72752235-72752242promoter 内 1930-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 72746687-72750171(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr01G001253 Chr01 NC_080387.1:25170030-25170037promoter 内 1927-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25172104-25174860(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGG
SmilChr02G002567 Chr02 NC_080388.1:44666486-44666493promoter 内 1921-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44668566-44675433(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
SmilChr01G004898 Chr01 NC_080387.1:67054979-67054986promoter 内 1916-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67049549-67052901(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 CCAACATA
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