转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 121 / 164 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001248 Chr07 NC_080393.1:9590861-9590875promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9594103-9598473(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCTCTAT
SmilChr05G002478 Chr05 NC_080391.1:27286469-27286483promoter 内 617-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27289853-27292284(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAAAGA
SmilChr01G006170 Chr01 NC_080387.1:77212378-77212392promoter 内 563-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 77205882-77208954(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGATGGGTAGGTTAA
SmilChr07G000272 Chr07 NC_080393.1:1748235-1748249promoter 内 563-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1751673-1753503(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACAACTACCAACTC
SmilChr07G002754 Chr07 NC_080393.1:27280065-27280079promoter 内 532-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27283534-27284761(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCTCAAG
SmilChr07G003897 Chr07 NC_080393.1:48985646-48985660promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48966578-48982188(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCATACT
SmilChr07G004247 Chr07 NC_080393.1:54904068-54904082promoter 内 515-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54907554-54909794(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTGGTTGAA
SmilChr03G001676 Chr03 NC_080389.1:22024352-22024366promoter 内 477-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22018321-22020842(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTATAAT
SmilChr07G004246 Chr07 NC_080393.1:54904068-54904082promoter 内 473-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54896553-54900554(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACCACCAACTC
SmilChr07G000265 Chr07 NC_080393.1:1710319-1710333promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1713915-1717093(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACAACTACCAACTC
SmilChr07G004390 Chr07 NC_080393.1:56479038-56479052promoter 内 362-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56482677-56483981(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTAGGGT
SmilChr07G001433 Chr07 NC_080393.1:11128069-11128083promoter 内 349-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11131721-11132873(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCAAGTG
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38823316-38823330promoter 内 273-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38816497-38819602(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTAGA
SmilChr08G000898 Chr08 NC_080394.1:6651632-6651646promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6642456-6647915(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAATGTTAGGTGAA
SmilChr04G002483 Chr04 NC_080390.1:39663729-39663743promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39667519-39669989(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGGTTTA
SmilChr03G001388 Chr03 NC_080389.1:16423824-16423838promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16427646-16428575(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTATAGTAGGTGGT
SmilChr04G003638 Chr04 NC_080390.1:52875436-52875450promoter 内 156-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52871520-52871605(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGACCTACCAATCG
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6586611-6586625promoter 内 113-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGATATTAGGTGAG
SmilChr06G003109 Chr06 NC_080392.1:43949478-43949492promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43944025-43945538(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAAGGGTAGGTAGT
SmilChr02G001907 Chr02 NC_080388.1:34368236-34368250promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34362319-34364287(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTCTTT
SmilChr05G003711 Chr05 NC_080391.1:50203460-50203474promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50197485-50199493(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTATCGA
SmilChr08G001690 Chr08 NC_080394.1:14113336-14113350promoter 内 3923-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 14113414-14116855(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCAATGT
SmilChr02G004656 Chr02 NC_080388.1:68975231-68975245promoter 内 3835-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 68975397-68976452(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAATCA
SmilChr03G002882 Chr03 NC_080389.1:45500799-45500813promoter 内 3751-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 45501049-45503141(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCTAGTT
SmilChr02G003583 Chr02 NC_080388.1:56992031-56992045promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 56988998-56991065(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr07G004036 Chr07 NC_080393.1:51561345-51561359promoter 内 2978-2992 bp + 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 51559236-51560336(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACTTCGTT
SmilChr02G002488 Chr02 NC_080388.1:43298536-43298550promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43299819-43300526(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr02G002992 Chr02 NC_080388.1:50591404-50591418promoter 内 2576-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 50592829-50601363(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr01G003635 Chr01 NC_080387.1:54867477-54867491promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 54865129-54865956(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr06G000817 Chr06 NC_080392.1:7696472-7696486promoter 内 2363-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 7692165-7694848(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAAGAGTAGGTGTG
SmilChr05G001285 Chr05 NC_080391.1:10998834-10998848promoter 内 2289-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 11000546-11003333(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr02G003925 Chr02 NC_080388.1:61327263-61327277promoter 内 1698-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 61329566-61330255(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr04G003705 Chr04 NC_080390.1:53383929-53383943promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 53376171-53381610(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCGACCTACCATATT
SmilChr02G003510 Chr02 NC_080388.1:56304117-56304131promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 56306523-56307767(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr02G005085 Chr02 NC_080388.1:72478406-72478420promoter 内 1565-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 72474431-72475984(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
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