转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 122 / 161 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000782 Chr05 NC_080391.1:6101128-6101142promoter 内 3478-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6098239-6100619(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACACACCGACAAAA
SmilChr03G002319 Chr03 NC_080389.1:36552591-36552605promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36550814-36552025(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATCGTCGGCACAAT
SmilChr06G002301 Chr06 NC_080392.1:33244771-33244785promoter 内 3382-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33241591-33244166(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCTGCCGACTTCA
SmilChr04G002224 Chr04 NC_080390.1:35964382-35964396promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35965048-35967050(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTGTCGGCCCGCA
SmilChr07G001039 Chr07 NC_080393.1:7618598-7618612promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7614746-7617946(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCTCAAG
SmilChr07G004150 Chr07 NC_080393.1:53332295-53332309promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53333090-53334437(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGGCCGACAAAT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28659008-28659022promoter 内 3167-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28653686-28658188(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGGCCGACAGAG
SmilChr07G000209 Chr07 NC_080393.1:1333778-1333792promoter 内 3140-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1329631-1332931(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGATGCCGACGACC
SmilChr08G002735 Chr08 NC_080394.1:26976314-26976328promoter 内 3083-3097 bp - 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26975338-26975410(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGTCGGCTTATC
SmilChr02G004914 Chr02 NC_080388.1:71125295-71125309promoter 内 2989-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71126307-71126386(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTAGTGCCGACGAAG
SmilChr03G000213 Chr03 NC_080389.1:2476949-2476963promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2477975-2485676(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACTGTCGGCCATCC
SmilChr05G000648 Chr05 NC_080391.1:4902030-4902044promoter 内 2929-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4903102-4904866(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGCTGCCGACTCCG
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53800607-53800621promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53801712-53804937(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGGGGCCGACAAAG
SmilChr03G003355 Chr03 NC_080389.1:51865617-51865631promoter 内 2838-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51866780-51873414(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCCCACC
SmilChr03G002346 Chr03 NC_080389.1:36993001-36993015promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36987825-36991813(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCTGCCGACTCTA
SmilChr03G001026 Chr03 NC_080389.1:11979491-11979505promoter 内 2759-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11975015-11978263(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGTGTCGGCTCGAC
SmilChr01G004983 Chr01 NC_080387.1:67889364-67889378promoter 内 2726-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67882168-67888103(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCGAGCCGACAGCG
SmilChr06G002346 Chr06 NC_080392.1:34151740-34151754promoter 内 2715-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34146560-34150468(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGAGTCGGCAGTAG
SmilChr07G001951 Chr07 NC_080393.1:16985843-16985857promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16983713-16984535(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTGTCGGTTGCAG
SmilChr05G002842 Chr05 NC_080391.1:33766927-33766941promoter 内 2671-2685 bp - 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33764585-33765611(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCCCAAG
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51982435-51982449promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTGTCGGCTTTGG
SmilChr07G001952 Chr07 NC_080393.1:16985843-16985857promoter 内 2621-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16987223-16987303(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCAACCGACAAGT
SmilChr06G001210 Chr06 NC_080392.1:12385359-12385373promoter 内 2569-2583 bp + 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12386791-12389513(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGTCGGCGTTCA
SmilChr03G001813 Chr03 NC_080389.1:24750787-24750801promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24752299-24755588(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGAAGCCGACATAA
SmilChr03G002503 Chr03 NC_080389.1:39872800-39872814promoter 内 2478-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39865434-39871291(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCGAGCCGACAAAG
SmilChr06G001100 Chr06 NC_080392.1:11072617-11072631promoter 内 2440-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11069408-11071070(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATTACCGACAAAG
SmilChr04G000067 Chr04 NC_080390.1:599042-599056promoter 内 2439-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 600604-619869(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGAGGCCGACAACG
SmilChr07G002100 Chr07 NC_080393.1:19105645-19105659promoter 内 2426-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19107220-19109037(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCGTCGGCACCTT
SmilChr06G002327 Chr06 NC_080392.1:33670780-33670794promoter 内 2384-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33662077-33669177(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTTACCGACAAAA
SmilChr04G003282 Chr04 NC_080390.1:49494529-49494543promoter 内 2372-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49496158-49498946(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGGGGCCGACAGAA
SmilChr07G000371 Chr07 NC_080393.1:2524772-2524786promoter 内 2332-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2526441-2528632(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGCTGTCGACAAAT
SmilChr03G003354 Chr03 NC_080389.1:51865617-51865631promoter 内 2331-2345 bp + 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51862361-51863961(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTGGGCCGACACCT
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66828636-66828650promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66825406-66826944(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGTGCAAT
SmilChr04G001148 Chr04 NC_080390.1:16925569-16925583promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16927317-16927945(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGCTGCCGACTGCC
SmilChr08G002296 Chr08 NC_080394.1:21463903-21463917promoter 内 2133-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21459883-21462049(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTCAACCGACAAAT
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