转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 123 / 162 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002333 Chr05 NC_080391.1:25227372-25227386promoter 内 2412-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25228961-25230122(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAGCAGGAGCCAAAG
SmilChr02G002055 Chr02 NC_080388.1:36944089-36944103promoter 内 2391-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36945699-36946691(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTGGAAAGCCAAAT
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75954525-75954539promoter 内 2376-2390 bp + 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGTGGCTTTTAGCC
SmilChr07G002347 Chr07 NC_080393.1:21806047-21806061promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 21801855-21804396(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTAAAAAGCCAAAA
SmilChr08G003935 Chr08 NC_080394.1:47041209-47041223promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47042923-47043854(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTTAAT
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57530708-57530722promoter 内 2257-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCGTGC
SmilChr04G001660 Chr04 NC_080390.1:27563518-27563532promoter 内 2243-2257 bp - 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27565276-27583680(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTAAAAAGCCAAAA
SmilChr08G003198 Chr08 NC_080394.1:32805053-32805067promoter 内 2239-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 32801308-32803305(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGCTGGCTTTTCTGC
SmilChr04G001406 Chr04 NC_080390.1:22882953-22882967promoter 内 2191-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22884763-22888039(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTATTGGTG
SmilChr01G002337 Chr01 NC_080387.1:40554332-40554346promoter 内 2177-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40547927-40552522(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAGGAAAAGCCAGCG
SmilChr04G002577 Chr04 NC_080390.1:41137347-41137361promoter 内 2164-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41139184-41143763(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCGTGC
SmilChr06G001069 Chr06 NC_080392.1:10582309-10582323promoter 内 2155-2169 bp - 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10579069-10580477(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCACGGCTTTTGTGG
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10211993-10212007promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10208037-10210149(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TACAAAAAGCCACGC
SmilChr01G004912 Chr01 NC_080387.1:67131245-67131259promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67133110-67133968(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTAAAAAGCCAAAA
SmilChr04G003760 Chr04 NC_080390.1:53858890-53858904promoter 内 2098-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53854661-53857001(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAGCAAAAGCCAGTG
SmilChr05G001162 Chr05 NC_080391.1:9765913-9765927promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9767830-9773437(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCGTGC
SmilChr02G003776 Chr02 NC_080388.1:59445707-59445721promoter 内 2080-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59441556-59443800(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTTATA
SmilChr08G003503 Chr08 NC_080394.1:37585059-37585073promoter 内 2068-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37580970-37583140(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGGAAAAGCCAGTG
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820937-2820951promoter 内 2067-2081 bp + 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2817805-2819017(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCAAAAAGGCCAAAT
SmilChr04G001924 Chr04 NC_080390.1:31345783-31345797promoter 内 2055-2069 bp + 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31343198-31343851(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCAAAAAGCCGAAA
SmilChr02G003777 Chr02 NC_080388.1:59445707-59445721promoter 内 2052-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59447656-59449556(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATAAAAAGCCAAAA
SmilChr07G001115 Chr07 NC_080393.1:8273298-8273312promoter 内 1981-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8269897-8271292(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACTGGCTTTTCCTT
SmilChr02G002054 Chr02 NC_080388.1:36944089-36944103promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36939842-36942057(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTTTCCAGT
SmilChr04G000500 Chr04 NC_080390.1:5463336-5463350promoter 内 1877-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5465460-5466367(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAAGCTGAAA
SmilChr08G001195 Chr08 NC_080394.1:9616823-9616837promoter 内 1871-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9613624-9614707(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTTAAT
SmilChr01G001688 Chr01 NC_080387.1:31104759-31104773promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 31101606-31102606(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTGTAGAGCCAAAT
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47317139-47317153promoter 内 1799-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTTGGCTTTTAGCC
SmilChr02G000698 Chr02 NC_080388.1:11121469-11121483promoter 内 1706-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11114974-11119188(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGTTGGCTTCTCTGG
SmilChr06G000536 Chr06 NC_080392.1:4484995-4485009promoter 内 1691-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4474124-4482699(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAGGAAAAGCCAGCG
SmilChr05G002364 Chr05 NC_080391.1:25814404-25814418promoter 内 1672-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25816733-25818356(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGGGAAAAGCCAGGC
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9878155-9878169promoter 内 1524-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9880632-9885394(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGTGGCTTTTAGCC
SmilChr07G003149 Chr07 NC_080393.1:33401684-33401698promoter 内 1517-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33389761-33399214(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATCAAAAGCCAGGC
SmilChr03G000858 Chr03 NC_080389.1:9815544-9815558promoter 内 1513-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9798326-9813070(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTGAATAGCCAAAT
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38958545-38958559promoter 内 1496-1510 bp - 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACTGGCTTTTGCTA
SmilChr05G002441 Chr05 NC_080391.1:26903438-26903452promoter 内 1462-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26905977-26907403(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCACAAAAGCCGTGC
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