转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 124 / 134 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001131 Chr03 NC_080389.1:13060552-13060564promoter 内 3984-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13060569-13065688(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAGTAAGTCAACT
SmilChr02G005008 Chr02 NC_080388.1:71890029-71890041promoter 内 3982-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71890048-71893121(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAATAAGTCAATA
SmilChr03G001132 Chr03 NC_080389.1:13066381-13066393promoter 内 3969-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13066413-13071497(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAGTAAGTCAACT
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52345317-52345329promoter 内 3943-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52337701-52345271(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTCGTT
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10470909-10470921promoter 内 3928-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGTTGACTTAGGG
SmilChr02G004696 Chr02 NC_080388.1:69295317-69295329promoter 内 3923-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69295395-69295793(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTACAA
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62913988-62914000promoter 内 3886-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62910499-62913885(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATGTAAGTCAACA
SmilChr01G004687 Chr01 NC_080387.1:64930742-64930754promoter 内 3875-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64930269-64930628(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATGAAGTCAACA
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13516054-13516066promoter 内 3824-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTCATT
SmilChr01G004186 Chr01 NC_080387.1:60289910-60289922promoter 内 3769-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60290142-60296371(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTATTT
SmilChr01G004673 Chr01 NC_080387.1:64813994-64814006promoter 内 3691-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64814304-64815109(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTATTT
SmilChr01G005457 Chr01 NC_080387.1:71603458-71603470promoter 内 3628-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71600162-71603097(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATATAGTCAAAC
SmilChr01G001848 Chr01 NC_080387.1:33419798-33419810promoter 内 3492-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33420307-33422898(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTACTC
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62691254-62691266promoter 内 3470-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAATAAGTCAATA
SmilChr02G000840 Chr02 NC_080388.1:14237375-14237387promoter 内 3431-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14237945-14239455(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTAGTT
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9609076-9609088promoter 内 3361-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTAGTT
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55230342-55230354promoter 内 3273-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55231070-55233619(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATAAC
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64930742-64930754promoter 内 3271-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATGAAGTCAACA
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16368296-16368308promoter 内 3226-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16369071-16369810(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGGCAAGTCAACA
SmilChr02G000860 Chr02 NC_080388.1:14777390-14777402promoter 内 3175-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14764178-14776576(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTGAAGTCAACA
SmilChr02G000855 Chr02 NC_080388.1:14570990-14571002promoter 内 3159-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14556984-14570160(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTGAAGTCAACA
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63470554-63470566promoter 内 3125-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63471430-63473427(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTCGTT
SmilChr01G005058 Chr01 NC_080387.1:68496303-68496315promoter 内 3049-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 68497255-68498694(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTATAAC
SmilChr01G004111 Chr01 NC_080387.1:59627239-59627251promoter 内 3010-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59628230-59631003(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTGCTA
SmilChr02G002058 Chr02 NC_080388.1:37065195-37065207promoter 内 3004-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37062808-37064210(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AACTAAGTCAAAA
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10150361-10150373promoter 内 2999-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTAGTT
SmilChr02G002138 Chr02 NC_080388.1:38476716-38476728promoter 内 2961-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38477756-38480250(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTGGGC
SmilChr02G003379 Chr02 NC_080388.1:54918593-54918605promoter 内 2953-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54914167-54917557(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GATGAAGTCAAAA
SmilChr02G004697 Chr02 NC_080388.1:69295317-69295329promoter 内 2803-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69296515-69298752(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTACAA
SmilChr03G001326 Chr03 NC_080389.1:15522323-15522335promoter 内 2798-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15519601-15521132(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTATGC
SmilChr01G000361 Chr01 NC_080387.1:7425015-7425027promoter 内 2770-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7426246-7428349(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTGGTT
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25984018-25984030promoter 内 2682-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25985337-25988773(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGATGACTTTTCT
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10325861-10325873promoter 内 2654-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10327208-10331622(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGGTGACTTTTTT
SmilChr01G000257 Chr01 NC_080387.1:4919950-4919962promoter 内 2624-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4921327-4923894(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTACTC
SmilChr01G006056 Chr01 NC_080387.1:76031694-76031706promoter 内 2602-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76027185-76030307(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGTAAAGTCAATC
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