转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 125 / 128 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G003465 Chr02 NC_080388.1:55938907-55938921promoter 内 2596-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55940312-55951864(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGACT
SmilChr07G002818 Chr07 NC_080393.1:28235749-28235763promoter 内 2555-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28232753-28234317(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGTCCACCGCCA
SmilChr01G004259 Chr01 NC_080387.1:60853284-60853298promoter 内 2480-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60854805-60856481(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGCCTG
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34399020-34399034promoter 内 2458-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34400563-34402953(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAAGGCCACCGCCC
SmilChr02G004439 Chr02 NC_080388.1:66763620-66763634promoter 内 2450-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66765171-66767613(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr04G002335 Chr04 NC_080390.1:37686810-37686824promoter 内 2436-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37688375-37691869(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr05G000915 Chr05 NC_080391.1:7258486-7258500promoter 内 2384-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7256398-7256883(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34399020-34399034promoter 内 2367-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34395602-34397400(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCCTTGG
SmilChr03G003292 Chr03 NC_080389.1:51035374-51035388promoter 内 2326-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51037049-51038148(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCAA
SmilChr04G001408 Chr04 NC_080390.1:22927487-22927501promoter 内 2312-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22924574-22925812(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACCGAGCCACCGCCG
SmilChr01G002837 Chr01 NC_080387.1:46961951-46961965promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46958115-46960227(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr03G003352 Chr03 NC_080389.1:51859581-51859595promoter 内 2260-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51854711-51857854(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGATAT
SmilChr04G001951 Chr04 NC_080390.1:31705870-31705884promoter 内 2248-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31707623-31710548(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGACCT
SmilChr01G004056 Chr01 NC_080387.1:58995774-58995788promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58997543-59001149(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGGCGTCACCGCCG
SmilChr01G000389 Chr01 NC_080387.1:8012735-8012749promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8008665-8010971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGAGTTCCACCGCCA
SmilChr04G003629 Chr04 NC_080390.1:52796820-52796834promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52789208-52795056(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4003081-4003095promoter 内 2219-2233 bp - 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4004863-4005674(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCAGCG
SmilChr07G002760 Chr07 NC_080393.1:27438066-27438080promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27434868-27436292(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATCTCCACCGCTT
SmilChr07G001326 Chr07 NC_080393.1:10199689-10199703promoter 内 2209-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10194134-10197911(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGGCGTCACCGCCG
SmilChr02G000729 Chr02 NC_080388.1:11838742-11838756promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11835444-11836937(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr03G003495 Chr03 NC_080389.1:53520626-53520640promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53514411-53518819(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCACCACCGCGA
SmilChr07G002910 Chr07 NC_080393.1:29492732-29492746promoter 内 2124-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29494609-29495284(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGGCA
SmilChr07G000442 Chr07 NC_080393.1:3094710-3094724promoter 内 2073-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3089603-3092796(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCAT
SmilChr04G003280 Chr04 NC_080390.1:49471603-49471617promoter 内 2071-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49473533-49475517(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCAGC
SmilChr08G003298 Chr08 NC_080394.1:34098675-34098689promoter 内 2036-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34095014-34096724(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGTGGCCA
SmilChr02G003239 Chr02 NC_080388.1:53661473-53661487promoter 内 2032-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53663442-53668441(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGTAGTGG
SmilChr07G001569 Chr07 NC_080393.1:12908296-12908310promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12910297-12910725(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCGCT
SmilChr02G000395 Chr02 NC_080388.1:4922155-4922169promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4888513-4920138(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr02G003495 Chr02 NC_080388.1:56179994-56180008promoter 内 1956-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56171950-56177963(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCAA
SmilChr05G002085 Chr05 NC_080391.1:21786907-21786921promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21779712-21784865(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGATAG
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52347347-52347361promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52337701-52345271(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGTCGA
SmilChr08G002207 Chr08 NC_080394.1:19988297-19988311promoter 内 1837-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19983337-19986147(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCACCACCGCTC
SmilChr03G002707 Chr03 NC_080389.1:43045574-43045588promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43042381-43043421(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCTTC
SmilChr03G003130 Chr03 NC_080389.1:48482182-48482196promoter 内 1779-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48484404-48487813(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCCTCCACCGCTG
SmilChr03G003131 Chr03 NC_080389.1:48482182-48482196promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48484418-48580668(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCCTCCACCGCTG
SmilChr02G000398 Chr02 NC_080388.1:4922155-4922169promoter 内 1748-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4917253-4919916(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
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SmilChr06G000142 Chr06 NC_080392.1:995087-995101promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 997437-1001380(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGCGCGCCACCGCCG
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SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69113854-69113868promoter 内 1521-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69116334-69125127(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCACCCACCGCCT
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SmilChr03G002998 Chr03 NC_080389.1:46800231-46800245promoter 内 1248-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46795834-46797492(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCAGCG
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