转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 125 / 136 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003292 Chr07 NC_080393.1:34687298-34687308promoter 内 2800-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34682889-34686107(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr03G001332 Chr03 NC_080389.1:15560575-15560585promoter 内 2789-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15559292-15559373(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr03G000354 Chr03 NC_080389.1:3971474-3971484promoter 内 2772-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3969357-3970255(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr03G001414 Chr03 NC_080389.1:16795339-16795349promoter 内 2772-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16796568-16796649(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr02G000414 Chr02 NC_080388.1:5256854-5256864promoter 内 2752-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5258103-5261633(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATGCTGAGCG
SmilChr03G004716 Chr03 NC_080389.1:64405147-64405157promoter 内 2727-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64401609-64403883(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr08G004403 Chr08 NC_080394.1:53714485-53714495promoter 内 2725-2735 bp + 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53711083-53713219(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAATG
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339617-22339627promoter 内 2710-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr07G004120 Chr07 NC_080393.1:52873636-52873646promoter 内 2662-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52874975-52878641(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr08G002776 Chr08 NC_080394.1:27476022-27476032promoter 内 2638-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27477385-27477960(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCT
SmilChr07G002199 Chr07 NC_080393.1:20229660-20229670promoter 内 2635-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20231026-20235360(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr08G001142 Chr08 NC_080394.1:9005597-9005607promoter 内 2609-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9006989-9012934(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr05G001453 Chr05 NC_080391.1:13276485-13276495promoter 内 2607-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13270434-13275101(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr03G000439 Chr03 NC_080389.1:4734643-4734653promoter 内 2600-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4731406-4733252(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCC
SmilChr01G005869 Chr01 NC_080387.1:74625917-74625927promoter 内 2578-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74623630-74624504(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr01G005011 Chr01 NC_080387.1:68135508-68135518promoter 内 2524-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68136985-68137404(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr01G003586 Chr01 NC_080387.1:54425241-54425251promoter 内 2514-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54426728-54426799(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29276898-29276908promoter 内 2504-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29278395-29284771(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr08G003395 Chr08 NC_080394.1:35781700-35781710promoter 内 2499-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35779422-35780208(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr03G004707 Chr03 NC_080389.1:64343244-64343254promoter 内 2494-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64344751-64348496(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr07G000941 Chr07 NC_080393.1:6723012-6723022promoter 内 2473-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6724540-6727605(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr08G002826 Chr08 NC_080394.1:28125520-28125530promoter 内 2473-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28127048-28129261(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr06G002611 Chr06 NC_080392.1:37544675-37544685promoter 内 2423-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37546253-37547565(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATGCTGAGCG
SmilChr05G003646 Chr05 NC_080391.1:48908365-48908375promoter 内 2401-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48904336-48906775(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCC
SmilChr07G003331 Chr07 NC_080393.1:35550572-35550582promoter 内 2398-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35547342-35548979(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr07G000954 Chr07 NC_080393.1:6852826-6852836promoter 内 2391-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6846323-6851226(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACCCTGAGCC
SmilChr05G001898 Chr05 NC_080391.1:19278432-19278442promoter 内 2373-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19274160-19276814(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCC
SmilChr04G003822 Chr04 NC_080390.1:54342322-54342332promoter 内 2371-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54343952-54347830(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCAGC
SmilChr07G003987 Chr07 NC_080393.1:50911620-50911630promoter 内 2344-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50913277-50920626(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr01G004039 Chr01 NC_080387.1:58815121-58815131promoter 内 2339-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58813397-58813469(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr02G002680 Chr02 NC_080388.1:46388714-46388724promoter 内 2296-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46384041-46387019(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr06G002672 Chr06 NC_080392.1:38645273-38645283promoter 内 2267-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38647007-38652275(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr05G003873 Chr05 NC_080391.1:52335784-52335794promoter 内 2261-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52331474-52334054(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr07G002305 Chr07 NC_080393.1:21327505-21327515promoter 内 2260-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21329246-21331388(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGCT
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64382375-64382385promoter 内 2214-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTA
SmilChr08G002070 Chr08 NC_080394.1:18565066-18565076promoter 内 2180-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18560281-18563255(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56178804-56178814promoter 内 2177-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCCC
SmilChr04G004140 Chr04 NC_080390.1:56178804-56178814promoter 内 2163-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56180642-56181443(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGCCTGAGCC
SmilChr05G004254 Chr05 NC_080391.1:56326344-56326354promoter 内 2158-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56328187-56331674(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGAT
SmilChr01G003587 Chr01 NC_080387.1:54425241-54425251promoter 内 2142-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54427100-54458869(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCA
SmilChr08G003436 Chr08 NC_080394.1:36666511-36666521promoter 内 2139-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36660710-36664659(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGAG
SmilChr02G002083 Chr02 NC_080388.1:37414164-37414174promoter 内 2127-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37404704-37412300(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCC
SmilChr01G004200 Chr01 NC_080387.1:60476034-60476044promoter 内 2109-2119 bp + 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60477926-60482479(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCT
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1210561-1210571promoter 内 2061-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1205391-1208631(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr08G002071 Chr08 NC_080394.1:18565066-18565076promoter 内 2017-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18567050-18569091(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCT
SmilChr05G002014 Chr05 NC_080391.1:20902512-20902522promoter 内 2003-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20896865-20900524(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGA
SmilChr03G001508 Chr03 NC_080389.1:18442172-18442182promoter 内 1971-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18444202-18444960(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCGCTGAGGG
SmilChr03G001831 Chr03 NC_080389.1:25086512-25086522promoter 内 1968-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25088545-25089437(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGCT
SmilChr03G004732 Chr03 NC_080389.1:64479794-64479804promoter 内 1960-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64481835-64483162(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATTCAGCGCC
SmilChr04G000863 Chr04 NC_080390.1:10935785-10935795promoter 内 1940-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10926879-10933734(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TAGGCTGAGCC