转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 125 / 149 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001569 Chr06 NC_080392.1:17140892-17140902promoter 内 1233-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17136675-17138134(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCAAA
SmilChr07G001818 Chr07 NC_080393.1:15601375-15601385promoter 内 1218-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15604158-15606753(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGGCAGCTGGT
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6535564-6535574promoter 内 1192-1202 bp + 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6527470-6532765(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAG
SmilChr04G000800 Chr04 NC_080390.1:9881802-9881812promoter 内 1169-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9884634-9888506(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr02G004506 Chr02 NC_080388.1:67605344-67605354promoter 内 1160-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67601581-67602513(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAG
SmilChr07G000004 Chr07 NC_080393.1:3197-3207promoter 内 1137-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6061-6782(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGTT
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57027450-57027460promoter 内 1075-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCTA
SmilChr03G002959 Chr03 NC_080389.1:46359408-46359418promoter 内 1010-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46354258-46356427(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8035898-8035908promoter 内 953-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr02G000360 Chr02 NC_080388.1:4640360-4640370promoter 内 888-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4643473-4647673(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCTA
SmilChr04G004124 Chr04 NC_080390.1:56099519-56099529promoter 内 887-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56091060-56096415(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCG
SmilChr06G002056 Chr06 NC_080392.1:27079506-27079516promoter 内 878-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27082629-27083252(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCG
SmilChr04G003499 Chr04 NC_080390.1:51407483-51407493promoter 内 850-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51410634-51412683(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGGCAGCTGGT
SmilChr07G001397 Chr07 NC_080393.1:10849167-10849177promoter 内 830-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10852338-10853114(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65183826-65183836promoter 内 823-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65174032-65180658(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGTT
SmilChr04G000112 Chr04 NC_080390.1:982551-982561promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 976610-979359(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45469296-45469306promoter 内 787-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45472510-45477828(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr04G004134 Chr04 NC_080390.1:56157156-56157166promoter 内 773-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56152353-56153938(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr04G000436 Chr04 NC_080390.1:4625810-4625820promoter 内 752-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4619364-4622571(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCAAA
SmilChr02G004722 Chr02 NC_080388.1:69470772-69470782promoter 内 736-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69460615-69467517(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCTA
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34685514-34685524promoter 内 409-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34689106-34692549(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTGAGCTGTCT
SmilChr03G004059 Chr03 NC_080389.1:59551582-59551592promoter 内 387-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59539744-59547978(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr07G000959 Chr07 NC_080393.1:6916764-6916774promoter 内 374-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6905168-6913147(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAG
SmilChr03G001997 Chr03 NC_080389.1:29649595-29649605promoter 内 361-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29653235-29657533(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCTA
SmilChr04G002399 Chr04 NC_080390.1:38535763-38535773promoter 内 359-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38539405-38544239(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCTA
SmilChr01G005415 Chr01 NC_080387.1:71375123-71375133promoter 内 339-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71369824-71371471(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr04G000801 Chr04 NC_080390.1:9894478-9894488promoter 内 333-343 bp + 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9889715-9890820(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGTT
SmilChr06G000660 Chr06 NC_080392.1:5810188-5810198promoter 内 274-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5805804-5806471(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTGAGCTGTCT
SmilChr06G003218 Chr06 NC_080392.1:44946302-44946312promoter 内 274-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44950029-44952565(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGTT
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50697266-50697276promoter 内 265-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50690724-50693540(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAG
SmilChr03G000032 Chr03 NC_080389.1:406173-406183promoter 内 230-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 399639-402412(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCAAA
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1104296-1104306promoter 内 220-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCG
SmilChr04G000114 Chr04 NC_080390.1:982551-982561promoter 内 216-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 986336-987355(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCAAA
SmilChr06G002539 Chr06 NC_080392.1:36418908-36418918promoter 内 196-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36414205-36415113(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTGGCTGTCA
SmilChr04G002927 Chr04 NC_080390.1:45537616-45537626promoter 内 168-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45541449-45544972(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAG
SmilChr05G001957 Chr05 NC_080391.1:20048176-20048186promoter 内 129-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20044209-20044314(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr05G001958 Chr05 NC_080391.1:20056979-20056989promoter 内 126-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20053009-20053114(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr07G002912 Chr07 NC_080393.1:29516819-29516829promoter 内 117-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29520703-29522625(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAG
SmilChr05G002919 Chr05 NC_080391.1:35144694-35144704promoter 内 86-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35148609-35152114(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTGAGCTGTCT
SmilChr05G003081 Chr05 NC_080391.1:38941354-38941364promoter 内 3-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38945352-38945457(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TAGAGCTGTCT
SmilChr02G001400 Chr02 NC_080388.1:26577173-26577183promoter 内 1922-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26579252-26582728(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATT
SmilChr04G004159 Chr04 NC_080390.1:56271123-56271133promoter 内 464-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 56274660-56278615(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATT
SmilChr02G000985 Chr02 NC_080388.1:17339217-17339227promoter 内 3886-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17339332-17339801(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr05G002980 Chr05 NC_080391.1:36334894-36334904promoter 内 3862-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36333557-36334765(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr05G002564 Chr05 NC_080391.1:28810005-28810015promoter 内 3770-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28810236-28812665(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr05G002676 Chr05 NC_080391.1:30236156-30236166promoter 内 3762-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30236395-30243411(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCCC
SmilChr05G003101 Chr05 NC_080391.1:39421356-39421366promoter 内 3680-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39421677-39422706(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATC
SmilChr01G004604 Chr01 NC_080387.1:64023838-64023848promoter 内 3653-3663 bp + 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64020290-64023500(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATC
SmilChr07G003288 Chr07 NC_080393.1:34642544-34642554promoter 内 3580-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34640181-34642133(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr04G004158 Chr04 NC_080390.1:56271123-56271133promoter 内 3552-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56271572-56274371(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATT