转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 126 / 128 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G003092 Chr06 NC_080392.1:43779940-43779954promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43774304-43777180(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGATGG
SmilChr05G000894 Chr05 NC_080391.1:7072644-7072658promoter 内 1220-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7075425-7078319(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr05G004179 Chr05 NC_080391.1:55700468-55700482promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55703277-55705843(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGCCCT
SmilChr08G002409 Chr08 NC_080394.1:22872772-22872786promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22875605-22878436(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGTGGCCA
SmilChr05G003413 Chr05 NC_080391.1:45329844-45329858promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45322544-45326992(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGTTCCACCGACT
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43045574-43045588promoter 内 1132-1146 bp + 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43048443-43049618(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAAGCACCACCGCCG
SmilChr02G003069 Chr02 NC_080388.1:51552186-51552200promoter 内 1120-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51555067-51558637(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGACACTG
SmilChr03G003410 Chr03 NC_080389.1:52441724-52441738promoter 内 1083-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52436007-52438820(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr05G004177 Chr05 NC_080391.1:55700468-55700482promoter 内 1077-1091 bp - 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55694135-55697558(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGGCTCCACCGCCA
SmilChr03G001750 Chr03 NC_080389.1:23742458-23742472promoter 内 1035-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23736896-23739506(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr02G004438 Chr02 NC_080388.1:66753935-66753949promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66756936-66758245(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCTGTGT
SmilChr03G003120 Chr03 NC_080389.1:48364483-48364497promoter 内 992-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48360971-48361488(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGTGGCTG
SmilChr04G000514 Chr04 NC_080390.1:5642617-5642631promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5645670-5657433(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCCCCACCGCCG
SmilChr07G003515 Chr07 NC_080393.1:40175616-40175630promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40167343-40172566(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGCCGAGG
SmilChr08G002151 Chr08 NC_080394.1:19359850-19359864promoter 内 911-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19362940-19396201(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCCTC
SmilChr04G003665 Chr04 NC_080390.1:53101842-53101856promoter 内 845-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53095125-53098700(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCATCACCGCCT
SmilChr04G001993 Chr04 NC_080390.1:32231670-32231684promoter 内 841-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32234830-32236495(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCGTCACCGCCG
SmilChr02G003337 Chr02 NC_080388.1:54598871-54598885promoter 内 805-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54602067-54605264(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGTGGCTG
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58203115-58203129promoter 内 762-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGCAAA
SmilChr07G003696 Chr07 NC_080393.1:44486761-44486775promoter 内 756-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44490006-44496683(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGAGGCAT
SmilChr01G005115 Chr01 NC_080387.1:68928168-68928182promoter 内 734-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68919466-68924915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr04G003217 Chr04 NC_080390.1:49004734-49004748promoter 内 696-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48993368-49001443(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCTTGC
SmilChr03G002835 Chr03 NC_080389.1:44865643-44865657promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44860683-44862302(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr05G001247 Chr05 NC_080391.1:10594650-10594664promoter 内 636-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10598015-10601637(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCAG
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33444205-33444219promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33438179-33440852(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCCTCCACCGCTT
SmilChr05G001290 Chr05 NC_080391.1:11041406-11041420promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11044831-11050923(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACCTCCACCGCCC
SmilChr01G002465 Chr01 NC_080387.1:42335921-42335935promoter 内 564-578 bp + 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42339358-42340635(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCTCCACCGCGA
SmilChr01G006098 Chr01 NC_080387.1:76454888-76454902promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 76458380-76459888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTACCACCACCGCCC
SmilChr07G002649 Chr07 NC_080393.1:25665219-25665233promoter 内 491-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25659899-25661723(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCATCCACCGACA
SmilChr04G000451 Chr04 NC_080390.1:4782979-4782993promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4786540-4800066(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCGGTGGAGGAGG
SmilChr05G003147 Chr05 NC_080391.1:40221408-40221422promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40224983-40225652(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr04G002158 Chr04 NC_080390.1:34646601-34646615promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34641264-34643038(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr01G004055 Chr01 NC_080387.1:58995774-58995788promoter 内 414-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58984815-58992201(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGCCTG
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5205595-5205609promoter 内 348-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5209248-5209817(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCCCCACCGCCG
SmilChr03G002061 Chr03 NC_080389.1:31396527-31396541promoter 内 305-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31400223-31405967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCACCACCGCAG
SmilChr04G003446 Chr04 NC_080390.1:50980035-50980049promoter 内 247-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50971642-50976295(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGATCGCGG
SmilChr04G000533 Chr04 NC_080390.1:5904146-5904160promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5907911-5921541(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGCTCCACCGCGA
SmilChr02G003093 Chr02 NC_080388.1:51796172-51796186promoter 内 213-227 bp + 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51789092-51792398(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGCCGACGA
SmilChr05G002246 Chr05 NC_080391.1:24133163-24133177promoter 内 203-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24125645-24129379(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr04G001808 Chr04 NC_080390.1:29562204-29562218promoter 内 194-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29566011-29569111(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTTCCACCGTCG
SmilChr07G002726 Chr07 NC_080393.1:26723716-26723730promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26727539-26731834(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGGCTCCACCGCCA
SmilChr01G002415 Chr01 NC_080387.1:41528972-41528986promoter 内 167-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41532806-41533526(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAATCACCACCGCCG
SmilChr07G004400 Chr07 NC_080393.1:56640203-56640217promoter 内 144-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56644060-56646294(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGGTGC
SmilChr07G001036 Chr07 NC_080393.1:7565919-7565933promoter 内 91-105 bp + 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7561547-7562023(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCAA
SmilChr02G001736 Chr02 NC_080388.1:31933717-31933731promoter 内 69-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31937649-31939943(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGCAGG
SmilChr07G001978 Chr07 NC_080393.1:17381976-17381990promoter 内 59-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17375426-17378048(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr01G005130 Chr01 NC_080387.1:69101690-69101704promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69096784-69097760(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAAAAGCCACCGCCG
SmilChr01G004704 Chr01 NC_080387.1:65141856-65141870promoter 内 53-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65145804-65147888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGTCACCGCCC
SmilChr05G003971 Chr05 NC_080391.1:53515443-53515457promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53503955-53511500(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATTA
SmilChr04G003384 Chr04 NC_080390.1:50389812-50389826promoter 内 43-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50380709-50385868(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGCCT