转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 128 / 130 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001459 Chr03 NC_080389.1:17434245-17434257promoter 内 1994-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17430410-17432250(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr02G001843 Chr02 NC_080388.1:33646063-33646075promoter 内 1949-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33641703-33644023(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAGGAATATTAG
SmilChr02G004175 Chr02 NC_080388.1:64041900-64041912promoter 内 1918-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64039041-64039829(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATAAC
SmilChr03G000640 Chr03 NC_080389.1:7048837-7048849promoter 内 1892-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7043582-7046740(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTAA
SmilChr01G000234 Chr01 NC_080387.1:4398371-4398383promoter 内 1879-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4395398-4396261(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr03G001496 Chr03 NC_080389.1:18255947-18255959promoter 内 1821-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18253381-18253779(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAGGAATATTGT
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085145-62085157promoter 内 1755-1767 bp + 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATAAC
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54297882-54297894promoter 内 1731-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54300152-54302260(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATAAC
SmilChr01G003600 Chr01 NC_080387.1:54561639-54561651promoter 内 1729-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54563911-54565456(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGATATTCTCAC
SmilChr02G003716 Chr02 NC_080388.1:58760307-58760319promoter 内 1721-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58762587-58767017(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAATATTCTGTA
SmilChr01G002633 Chr01 NC_080387.1:44623052-44623064promoter 内 1675-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44619423-44620738(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTTGGAATATTGC
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61282339-61282351promoter 内 1666-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61277665-61280016(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATCAC
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33742174-33742186promoter 内 1618-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33738165-33739803(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAGGAATATTTA
SmilChr03G000391 Chr03 NC_080389.1:4306761-4306773promoter 内 1578-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4309184-4311474(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAGGAATATTTA
SmilChr03G001848 Chr03 NC_080389.1:25411754-25411766promoter 内 1576-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25414179-25415719(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CATATATTCTTAT
SmilChr02G003797 Chr02 NC_080388.1:59611572-59611584promoter 内 1550-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59607839-59609133(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAATATTCTGTA
SmilChr03G001927 Chr03 NC_080389.1:27048422-27048434promoter 内 1516-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27050907-27053391(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATAAACC
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7682118-7682130promoter 内 1395-1407 bp + 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57385637-57385649promoter 内 1379-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57388259-57389337(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTCGAATATTTT
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37465304-37465316promoter 内 1366-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTTATATTCTCTC
SmilChr01G001699 Chr01 NC_080387.1:31330870-31330882promoter 内 1347-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31333524-31337181(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAAGAATATGCA
SmilChr01G004527 Chr01 NC_080387.1:63461712-63461724promoter 内 1347-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63464366-63467673(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CCAAGATTCTTTT
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57856395-57856407promoter 内 1300-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTAGAATATTAG
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10096933-10096945promoter 内 1180-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10099754-10101707(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGATTCTTTG
SmilChr02G001572 Chr02 NC_080388.1:29145544-29145556promoter 内 1160-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29148385-29153062(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCGATATTCTTCT
SmilChr02G005156 Chr02 NC_080388.1:72926136-72926148promoter 内 1116-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72920166-72923263(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATAAC
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25982443-25982455promoter 内 1107-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25985337-25988773(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAATATTCCTTT
SmilChr01G000469 Chr01 NC_080387.1:9583080-9583092promoter 内 1059-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9586022-9587586(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCGATT
SmilChr02G002009 Chr02 NC_080388.1:36230769-36230781promoter 内 911-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36225917-36227691(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAAGAATAATCC
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61766011-61766023promoter 内 881-893 bp + 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61769131-61770352(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TCAGGAATATTTG
SmilChr01G005210 Chr01 NC_080387.1:69730770-69730782promoter 内 852-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69733919-69734530(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51469882-51469894promoter 内 830-842 bp + 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr02G002221 Chr02 NC_080388.1:39485318-39485330promoter 内 795-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39488524-39489384(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTGATATTCTCCT
SmilChr02G005287 Chr02 NC_080388.1:73896494-73896506promoter 内 758-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73892448-73893263(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATAAC
SmilChr01G004105 Chr01 NC_080387.1:59552801-59552813promoter 内 743-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59556059-59559717(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAATATTCCTAT
SmilChr01G004456 Chr01 NC_080387.1:62688151-62688163promoter 内 703-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62681442-62684865(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGAATATCGC
SmilChr02G003921 Chr02 NC_080388.1:61282339-61282351promoter 内 636-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61285704-61287386(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTGATATTCTCCT
SmilChr02G003463 Chr02 NC_080388.1:55919230-55919242promoter 内 633-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55922598-55931701(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGCATATTCTTAT
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SmilChr01G005219 Chr01 NC_080387.1:69759875-69759887promoter 内 282-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69763594-69764332(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTCAA
SmilChr02G001867 Chr02 NC_080388.1:33932655-33932667promoter 内 260-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33927216-33928926(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTTTATTCTTTT