转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 128 / 134 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40301181-40301193promoter 内 3170-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40302012-40303908(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAGATCT
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69531110-69531122promoter 内 3169-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr02G001705 Chr02 NC_080388.1:31360385-31360397promoter 内 3167-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31361219-31369495(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr01G006124 Chr01 NC_080387.1:76751909-76751921promoter 内 3162-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76750274-76751082(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCGAAATA
SmilChr01G006122 Chr01 NC_080387.1:76746351-76746363promoter 内 3160-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76744716-76745522(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCGAAATA
SmilChr03G002464 Chr03 NC_080389.1:39083534-39083546promoter 内 3150-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39084385-39090529(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr02G003422 Chr02 NC_080388.1:55433328-55433340promoter 内 3125-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55428480-55432464(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCCTTCG
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36536159-36536171promoter 内 3123-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36537037-36545350(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGTGGGATAAGA
SmilChr02G001815 Chr02 NC_080388.1:33004325-33004337promoter 内 3108-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33005218-33010452(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr01G003326 Chr01 NC_080387.1:51938726-51938738promoter 内 3075-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51939652-51942423(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCACAT
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20208996-20209008promoter 内 3070-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20209927-20213471(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr01G002163 Chr01 NC_080387.1:37671826-37671838promoter 内 3067-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37672760-37675854(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr01G000109 Chr01 NC_080387.1:1858918-1858930promoter 内 3066-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1854835-1857995(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr03G000383 Chr03 NC_080389.1:4279259-4279271promoter 内 3020-3032 bp + 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4277112-4278290(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCACACA
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52992392-52992404promoter 内 2996-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr01G002640 Chr01 NC_080387.1:44690113-44690125promoter 内 2983-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44679049-44689107(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3518854-3518866promoter 内 2976-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATCCTT
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4234544-4234556promoter 内 2953-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4235592-4237346(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCAGAGATAAGG
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6829291-6829303promoter 内 2918-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATCGTA
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2320428-2320440promoter 内 2913-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2321516-2326040(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTATGGATAACA
SmilChr03G001771 Chr03 NC_080389.1:24173995-24174007promoter 内 2908-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24175088-24176313(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr03G000337 Chr03 NC_080389.1:3819703-3819715promoter 内 2904-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3820800-3827343(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGTGGGATAAGA
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17262671-17262683promoter 内 2878-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17263794-17268668(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr02G000625 Chr02 NC_080388.1:9344832-9344844promoter 内 2870-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9342466-9343713(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATGTGGATAATT
SmilChr02G002729 Chr02 NC_080388.1:47207395-47207407promoter 内 2859-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47205786-47206265(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49187916-49187928promoter 内 2841-2853 bp + 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49189076-49192507(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr02G001301 Chr02 NC_080388.1:24138391-24138403promoter 内 2832-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24135664-24137234(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr02G002570 Chr02 NC_080388.1:44714263-44714275promoter 内 2825-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44715439-44715512(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACAAT
SmilChr03G001235 Chr03 NC_080389.1:14265001-14265013promoter 内 2823-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14266179-14266935(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATTTA
SmilChr01G002444 Chr01 NC_080387.1:42026303-42026315promoter 内 2817-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42027487-42027560(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
SmilChr03G000241 Chr03 NC_080389.1:2857993-2858005promoter 内 2803-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2855374-2856807(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAATGTGATAAGG
SmilChr02G001559 Chr02 NC_080388.1:28867082-28867094promoter 内 2794-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28868289-28869132(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCATTTT
SmilChr02G000697 Chr02 NC_080388.1:11091952-11091964promoter 内 2785-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11093168-11094617(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCATTAT
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1159903-1159915promoter 内 2782-2794 bp - 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAATGTGATAAGG
SmilChr02G000266 Chr02 NC_080388.1:3436630-3436642promoter 内 2745-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3437886-3447368(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGTGGGATAAGA
SmilChr02G002477 Chr02 NC_080388.1:43151807-43151819promoter 内 2719-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43153089-43160224(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAATC
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