转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 128 / 164 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G002565 Chr04 NC_080390.1:40973372-40973386promoter 内 3483-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40966533-40972868(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGACAGGTAGGTTAG
SmilChr01G002261 Chr01 NC_080387.1:39422183-39422197promoter 内 3465-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39417632-39421661(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCTAA
SmilChr04G000603 Chr04 NC_080390.1:6826618-6826632promoter 内 3383-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6827236-6830037(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATATACC
SmilChr05G003879 Chr05 NC_080391.1:52441010-52441024promoter 内 3358-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52441653-52446039(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCCCACT
SmilChr05G003848 Chr05 NC_080391.1:51959974-51959988promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51960635-51963407(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCCCACT
SmilChr08G000432 Chr08 NC_080394.1:3100201-3100215promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3100874-3102069(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTATTAGGTGAG
SmilChr01G003886 Chr01 NC_080387.1:57174705-57174719promoter 内 3317-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57175389-57181511(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCTCCTACCAACAC
SmilChr03G003612 Chr03 NC_080389.1:54780105-54780119promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54777917-54779343(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTCTTG
SmilChr08G001276 Chr08 NC_080394.1:10167316-10167330promoter 内 3200-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10168117-10168721(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACGCATT
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:179006-179020promoter 内 3025-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 179982-182569(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCAACTACCAACAT
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3018357-3018371promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCTAA
SmilChr03G002970 Chr03 NC_080389.1:46497397-46497411promoter 内 2877-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46498521-46502501(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGGTGTTAGGTGAT
SmilChr04G000674 Chr04 NC_080390.1:7650644-7650658promoter 内 2862-2876 bp - 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7651783-7655599(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCAACTACCAACAC
SmilChr03G003595 Chr03 NC_080389.1:54588819-54588833promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54584497-54587666(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTCTTG
SmilChr07G002329 Chr07 NC_080393.1:21595851-21595865promoter 内 2823-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21597029-21597228(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACTCCCTC
SmilChr08G002077 Chr08 NC_080394.1:18671518-18671532promoter 内 2787-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18672732-18677749(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATATACC
SmilChr03G001979 Chr03 NC_080389.1:28722162-28722176promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28723384-28731521(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGTTGCC
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72894074-72894088promoter 内 2750-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72892765-72892837(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACTCCGTC
SmilChr06G002540 Chr06 NC_080392.1:36424140-36424154promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36418599-36422885(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGGTGTTAGGTGAT
SmilChr07G004736 Chr07 NC_080393.1:60232864-60232878promoter 内 2704-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60223975-60231581(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAGGGTAGGTTGA
SmilChr03G004074 Chr03 NC_080389.1:59695713-59695727promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59697060-59697653(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCATCAG
SmilChr04G001479 Chr04 NC_080390.1:24219666-24219680promoter 内 2642-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24221025-24221546(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAGAGGTAGGTCGA
SmilChr05G000398 Chr05 NC_080391.1:2994980-2994994promoter 内 2576-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2996405-2997368(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCAAGTG
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50902655-50902669promoter 内 2574-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50894465-50901242(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGACCTACCACTAC
SmilChr03G000616 Chr03 NC_080389.1:6812528-6812542promoter 内 2555-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6809784-6811096(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAGAGGTAGGTTTG
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30694955-30694969promoter 内 2511-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCCATCG
SmilChr08G001493 Chr08 NC_080394.1:12077036-12077050promoter 内 2472-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12078565-12082612(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTAAAAG
SmilChr07G001572 Chr07 NC_080393.1:12966394-12966408promoter 内 2451-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12959426-12964858(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCAAC
SmilChr05G001384 Chr05 NC_080391.1:12406784-12406798promoter 内 2421-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12408364-12409517(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTTT
SmilChr05G001385 Chr05 NC_080391.1:12416231-12416245promoter 内 2421-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12417811-12418964(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTTT
SmilChr02G002007 Chr02 NC_080388.1:36206324-36206338promoter 内 2344-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36207981-36211427(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGGTGTTAGGTGAT
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74722491-74722505promoter 内 2313-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGAGGTAGGTTTA
SmilChr07G003287 Chr07 NC_080393.1:34632972-34632986promoter 内 2313-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34610493-34631298(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGGGGTAGGTTGT
SmilChr08G000373 Chr08 NC_080394.1:2570530-2570544promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2572232-2572679(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr08G000374 Chr08 NC_080394.1:2592843-2592857promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2594545-2595099(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAGCGGTAGGTGGT
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49421964-49421978promoter 内 2284-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49416026-49420261(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGCGGTAGGTGAT
SmilChr08G002488 Chr08 NC_080394.1:23785785-23785799promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23787517-23789223(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCGGAGTAGGTGTG
SmilChr02G003841 Chr02 NC_080388.1:60133634-60133648promoter 内 2163-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60135472-60136046(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTGATG
SmilChr06G001953 Chr06 NC_080392.1:24199324-24199338promoter 内 2158-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24196005-24197495(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCTCCTACCAACCA
SmilChr02G003747 Chr02 NC_080388.1:59125733-59125747promoter 内 2133-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59127601-59130370(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATAAAAT
SmilChr03G002102 Chr03 NC_080389.1:32568318-32568332promoter 内 2099-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32565460-32566430(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTTT
SmilChr08G001173 Chr08 NC_080394.1:9382408-9382422promoter 内 2064-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9379040-9380485(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGTTGGT
SmilChr04G001557 Chr04 NC_080390.1:25774666-25774680promoter 内 2048-2062 bp + 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25769628-25772727(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGACCTACCTCTGA
SmilChr05G000043 Chr05 NC_080391.1:214408-214422promoter 内 1992-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 205148-212413(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTTGCA
SmilChr07G003964 Chr07 NC_080393.1:50441311-50441325promoter 内 1961-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50437842-50439285(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTGGTAGTTGCC
SmilChr05G002444 Chr05 NC_080391.1:26929089-26929103promoter 内 1950-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26919557-26927052(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCAACTACCAACAT
SmilChr08G002741 Chr08 NC_080394.1:27021947-27021961promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27017783-27019905(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTTTAA
SmilChr02G004637 Chr02 NC_080388.1:68833123-68833137promoter 内 1916-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 68830047-68831052(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCATAAG
SmilChr08G002230 Chr08 NC_080394.1:20381574-20381588promoter 内 1906-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20371302-20379493(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGCTGGTAGGTATC
SmilChr03G000289 Chr03 NC_080389.1:3283524-3283538promoter 内 1886-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3278701-3281423(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCCCACT