转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 129 / 133 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45416908-45416916promoter 内 2123-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr01G003354 Chr01 NC_080387.1:52296678-52296686promoter 内 2121-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52291283-52294806(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9765404-9765412promoter 内 2111-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9762111-9763522(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75595897-75595905promoter 内 2076-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75597822-75602866(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr04G001201 Chr04 NC_080390.1:18400292-18400300promoter 内 2057-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18402236-18412053(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr03G000289 Chr03 NC_080389.1:3283433-3283441promoter 内 1983-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3278701-3281423(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G000836 Chr01 NC_080387.1:18056283-18056291promoter 内 1949-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18058335-18060262(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G003522 Chr03 NC_080389.1:53829679-53829687promoter 内 1944-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53831736-53836179(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr02G000585 Chr02 NC_080388.1:8419687-8419695promoter 内 1911-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8421777-8425584(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G002723 Chr03 NC_080389.1:43235338-43235346promoter 内 1860-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 43237479-43237874(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr03G004396 Chr03 NC_080389.1:62153000-62153008promoter 内 1855-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62155146-62159512(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr03G001761 Chr03 NC_080389.1:24027012-24027020promoter 内 1836-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 24029177-24030433(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16022814-16022822promoter 内 1809-1817 bp - 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr04G002240 Chr04 NC_080390.1:36185256-36185264promoter 内 1798-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36172901-36183061(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G003905 Chr02 NC_080388.1:61128694-61128702promoter 内 1797-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61122350-61126498(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G003088 Chr02 NC_080388.1:51763775-51763783promoter 内 1710-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51760407-51761492(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr01G003041 Chr01 NC_080387.1:49397422-49397430promoter 内 1686-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49399737-49402649(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G003174 Chr01 NC_080387.1:50543415-50543423promoter 内 1653-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50545763-50553870(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr02G005182 Chr02 NC_080388.1:73115168-73115176promoter 内 1649-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73110085-73112824(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G000455 Chr01 NC_080387.1:9258025-9258033promoter 内 1642-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9247288-9255674(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr04G002251 Chr04 NC_080390.1:36469068-36469076promoter 内 1618-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36471451-36473569(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G000890 Chr03 NC_080389.1:10162963-10162971promoter 内 1615-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 10165349-10166841(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G004364 Chr03 NC_080389.1:61857932-61857940promoter 内 1599-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61860334-61865240(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70276081-70276089promoter 内 1552-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr02G001740 Chr02 NC_080388.1:31984224-31984232promoter 内 1536-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31979120-31981767(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G000429 Chr01 NC_080387.1:8586624-8586632promoter 内 1525-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8589100-8590420(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31909435-31909443promoter 内 1503-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31911933-31916492(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr04G001431 Chr04 NC_080390.1:23347525-23347533promoter 内 1493-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23343883-23345025(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr01G005373 Chr01 NC_080387.1:70954251-70954259promoter 内 1463-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70956789-70962209(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G000365 Chr01 NC_080387.1:7557413-7557421promoter 内 1393-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7560021-7567150(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69210275-69210283promoter 内 1388-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69207208-69207670(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr02G004490 Chr02 NC_080388.1:67406100-67406108promoter 内 1344-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67402140-67403451(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51442617-51442625promoter 内 1284-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51433922-51439908(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr03G001289 Chr03 NC_080389.1:15113489-15113497promoter 内 1284-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15116206-15119938(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 AACACGTGC
SmilChr01G003481 Chr01 NC_080387.1:53368739-53368747promoter 内 1282-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53363761-53366028(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGTT
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