转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 13 / 119 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001913 Chr01 NC_080387.1:34271319-34271328promoter 内 3493-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 34267156-34270820(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54762559-54762568promoter 内 3470-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27705090-27705099promoter 内 3455-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 27705636-27708347(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G000193 Chr02 NC_080388.1:2412207-2412216promoter 内 3437-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2412771-2413870(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G001124 Chr02 NC_080388.1:20368660-20368669promoter 内 3339-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20369322-20370405(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003537 Chr01 NC_080387.1:53996067-53996076promoter 内 3307-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 53991101-53995382(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G001288 Chr02 NC_080388.1:23722132-23722141promoter 内 3287-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 23720890-23721427(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G002424 Chr02 NC_080388.1:42214302-42214311promoter 内 3259-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 42215044-42219166(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G004798 Chr01 NC_080387.1:66196416-66196425promoter 内 3241-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 66197176-66199139(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30311134-30311143promoter 内 3163-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 30308143-30310305(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003471 Chr01 NC_080387.1:53251347-53251356promoter 内 3152-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 53252196-53253778(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G001869 Chr01 NC_080387.1:33682370-33682379promoter 内 3113-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 33680262-33681491(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72751114-72751123promoter 内 3049-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 72746687-72750171(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38725414-38725423promoter 内 2889-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 38726526-38737738(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45156898-45156907promoter 内 2768-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 45158131-45159911(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7354207-7354216promoter 内 2690-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 7344787-7352905(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G001296 Chr01 NC_080387.1:25827730-25827739promoter 内 2582-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 25825694-25826320(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G004399 Chr01 NC_080387.1:62121967-62121976promoter 内 2505-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 62123463-62125691(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467031-49467040promoter 内 2497-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G000346 Chr02 NC_080388.1:4510002-4510011promoter 内 2482-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 4507986-4508492(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33568655-33568664promoter 内 2377-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G001894 Chr01 NC_080387.1:34055326-34055335promoter 内 2364-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 34056963-34060942(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45058603-45058612promoter 内 2276-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003965 Chr01 NC_080387.1:58094099-58094108promoter 内 2274-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 58095826-58097367(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44997994-44998003promoter 内 2273-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 44995205-44996275(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003560 Chr01 NC_080387.1:54208629-54208638promoter 内 2250-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 54203024-54206887(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4672595-4672604promoter 内 2090-2099 bp - 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 4670000-4670693(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G005633 Chr01 NC_080387.1:72776576-72776585promoter 内 2053-2062 bp + 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 72769177-72774637(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G003854 Chr01 NC_080387.1:56815090-56815099promoter 内 2011-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56817080-56818981(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G001549 Chr01 NC_080387.1:29478903-29478912promoter 内 1973-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 29472855-29476884(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57918980-57918989promoter 内 1956-1965 bp - 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 57921025-57976435(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
SmilChr01G006019 Chr01 NC_080387.1:75778762-75778771promoter 内 1921-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 75780842-75781189(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr02G002952 Chr02 NC_080388.1:50066518-50066527promoter 内 1905-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 50062262-50064431(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G003255 Chr01 NC_080387.1:51253897-51253906promoter 内 1709-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 51256189-51261192(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21893541-21893550promoter 内 1601-1610 bp - 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 21887929-21891150(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AAATGATTGG
SmilChr01G006027 Chr01 NC_080387.1:75832389-75832398promoter 内 1532-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 75834858-75837255(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATTT
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