靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 13 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G000979 |
Chr04 | NC_080390.1:13180612-13180619promoter 内 2075-2082 bp |
+ | 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 13182538-13187262(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G002305 |
Chr01 | NC_080387.1:39947608-39947615promoter 内 2072-2079 bp |
- | 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39941461-39945686(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G001975 |
Chr02 | NC_080388.1:35724085-35724092promoter 内 2068-2075 bp |
+ | 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 35719848-35722159(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr03G003300 |
Chr03 | NC_080389.1:51099387-51099394promoter 内 2064-2071 bp |
+ | 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51101324-51104625(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr04G001698 |
Chr04 | NC_080390.1:28073694-28073701promoter 内 2045-2052 bp |
- | 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28075650-28080607(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr05G000006 |
Chr05 | NC_080391.1:22715-22722promoter 内 2044-2051 bp |
- | 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24672-28103(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr01G004087 |
Chr01 | NC_080387.1:59273470-59273477promoter 内 2043-2050 bp |
+ | 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59275428-59277249(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G000872 |
Chr03 | NC_080389.1:9906873-9906880promoter 内 2026-2033 bp |
- | 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9908848-9909798(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr03G003629 |
Chr03 | NC_080389.1:54964486-54964493promoter 内 2025-2032 bp |
+ | 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54966462-54969699(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G000655 |
Chr03 | NC_080389.1:7272668-7272675promoter 内 2024-2031 bp |
- | 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7269520-7270698(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr04G002566 |
Chr04 | NC_080390.1:40976853-40976860promoter 内 2019-2026 bp |
+ | 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40978835-40980191(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G004955 |
Chr02 | NC_080388.1:71504616-71504623promoter 内 1991-1998 bp |
- | 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 71495321-71502613(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G002728 |
Chr02 | NC_080388.1:47196801-47196808promoter 内 1988-1995 bp |
- | 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47198814-47200452(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G003789 |
Chr02 | NC_080388.1:59529488-59529495promoter 内 1982-1989 bp |
+ | 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59531507-59532062(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G004458 |
Chr03 | NC_080389.1:62682441-62682448promoter 内 1982-1989 bp |
- | 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62675581-62680429(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G004706 |
Chr01 | NC_080387.1:65162703-65162710promoter 内 1962-1969 bp |
+ | 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 65164742-65166444(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr05G000754 |
Chr05 | NC_080391.1:5829967-5829974promoter 内 1956-1963 bp |
+ | 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5832012-5842242(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G002845 |
Chr01 | NC_080387.1:47022118-47022125promoter 内 1945-1952 bp |
- | 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47019019-47020069(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G001907 |
Chr01 | NC_080387.1:34151879-34151886promoter 内 1938-1945 bp |
- | 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34153942-34154646(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G003189 |
Chr02 | NC_080388.1:53048213-53048220promoter 内 1937-1944 bp |
+ | 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53050277-53053110(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr04G003748 |
Chr04 | NC_080390.1:53764810-53764817promoter 内 1935-1942 bp |
+ | 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53766876-53769333(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G005997 |
Chr01 | NC_080387.1:75558213-75558220promoter 内 1927-1934 bp |
+ | 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75552914-75556146(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr04G001418 |
Chr04 | NC_080390.1:23032996-23033003promoter 内 1925-1932 bp |
- | 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23030023-23030927(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G003631 |
Chr02 | NC_080388.1:57658935-57658942promoter 内 1923-1930 bp |
- | 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 57650555-57656864(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G000212 |
Chr01 | NC_080387.1:3723024-3723031promoter 内 1911-1918 bp |
+ | 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3725114-3727547(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G002577 |
Chr03 | NC_080389.1:40982322-40982329promoter 内 1904-1911 bp |
- | 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40984419-40987759(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr04G001984 |
Chr04 | NC_080390.1:32135858-32135865promoter 内 1896-1903 bp |
- | 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 32137963-32142732(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
SmilChr02G005595 |
Chr02 | NC_080388.1:75704114-75704121promoter 内 1888-1895 bp |
- | 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75694468-75702008(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G001111 |
Chr01 | NC_080387.1:22730615-22730622promoter 内 1883-1890 bp |
- | 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22726595-22728504(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr01G005903 |
Chr01 | NC_080387.1:74917986-74917993promoter 内 1874-1881 bp |
- | 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 74913834-74915866(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr03G003437 |
Chr03 | NC_080389.1:52733473-52733480promoter 内 1869-1876 bp |
- | 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52729843-52731348(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G001358 |
Chr02 | NC_080388.1:25405599-25405606promoter 内 1864-1871 bp |
- | 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25400788-25403469(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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Chr02 | NC_080388.1:9502735-9502742promoter 内 1859-1866 bp |
+ | 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9504877-9508027(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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Chr01 | NC_080387.1:48095614-48095621promoter 内 1858-1865 bp |
+ | 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48090316-48093478(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr03 | NC_080389.1:45381775-45381782promoter 内 1855-1862 bp |
+ | 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45383921-45386756(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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- | 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31465062-31466439(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr03 | NC_080389.1:44137501-44137508promoter 内 1843-1850 bp |
+ | 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 44139659-44140393(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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+ | 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9421132-9426053(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
SmilChr02G000685 |
Chr02 | NC_080388.1:10822145-10822152promoter 内 1810-1817 bp |
+ | 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10816903-10819961(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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- | 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42965984-42970670(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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- | 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 868080-869279(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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Chr01 | NC_080387.1:75504772-75504779promoter 内 1779-1786 bp |
- | 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75499257-75502557(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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+ | 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7309550-7325735(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAC |
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+ | 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 13892626-13894881(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 11019094-11019657(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCG |
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- | 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 63045233-63048540(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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CGGTCAAC |
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- | 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25172104-25174860(+) |
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- | 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50370020-50370616(-) |
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MP00071 |
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