转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 13 / 149 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000979 Chr04 NC_080390.1:13180612-13180619promoter 内 2075-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13182538-13187262(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002305 Chr01 NC_080387.1:39947608-39947615promoter 内 2072-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39941461-39945686(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G001975 Chr02 NC_080388.1:35724085-35724092promoter 内 2068-2075 bp + 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35719848-35722159(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr03G003300 Chr03 NC_080389.1:51099387-51099394promoter 内 2064-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51101324-51104625(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr04G001698 Chr04 NC_080390.1:28073694-28073701promoter 内 2045-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28075650-28080607(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr05G000006 Chr05 NC_080391.1:22715-22722promoter 内 2044-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24672-28103(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr01G004087 Chr01 NC_080387.1:59273470-59273477promoter 内 2043-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59275428-59277249(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9906873-9906880promoter 内 2026-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9908848-9909798(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr03G003629 Chr03 NC_080389.1:54964486-54964493promoter 内 2025-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54966462-54969699(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G000655 Chr03 NC_080389.1:7272668-7272675promoter 内 2024-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7269520-7270698(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr04G002566 Chr04 NC_080390.1:40976853-40976860promoter 内 2019-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40978835-40980191(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G004955 Chr02 NC_080388.1:71504616-71504623promoter 内 1991-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71495321-71502613(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G002728 Chr02 NC_080388.1:47196801-47196808promoter 内 1988-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47198814-47200452(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G003789 Chr02 NC_080388.1:59529488-59529495promoter 内 1982-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59531507-59532062(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G004458 Chr03 NC_080389.1:62682441-62682448promoter 内 1982-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62675581-62680429(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G004706 Chr01 NC_080387.1:65162703-65162710promoter 内 1962-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65164742-65166444(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr05G000754 Chr05 NC_080391.1:5829967-5829974promoter 内 1956-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5832012-5842242(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002845 Chr01 NC_080387.1:47022118-47022125promoter 内 1945-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47019019-47020069(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G001907 Chr01 NC_080387.1:34151879-34151886promoter 内 1938-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34153942-34154646(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G003189 Chr02 NC_080388.1:53048213-53048220promoter 内 1937-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53050277-53053110(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr04G003748 Chr04 NC_080390.1:53764810-53764817promoter 内 1935-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53766876-53769333(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G005997 Chr01 NC_080387.1:75558213-75558220promoter 内 1927-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75552914-75556146(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr04G001418 Chr04 NC_080390.1:23032996-23033003promoter 内 1925-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23030023-23030927(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G003631 Chr02 NC_080388.1:57658935-57658942promoter 内 1923-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57650555-57656864(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G000212 Chr01 NC_080387.1:3723024-3723031promoter 内 1911-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3725114-3727547(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G002577 Chr03 NC_080389.1:40982322-40982329promoter 内 1904-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40984419-40987759(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr04G001984 Chr04 NC_080390.1:32135858-32135865promoter 内 1896-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32137963-32142732(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr02G005595 Chr02 NC_080388.1:75704114-75704121promoter 内 1888-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75694468-75702008(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G001111 Chr01 NC_080387.1:22730615-22730622promoter 内 1883-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22726595-22728504(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G005903 Chr01 NC_080387.1:74917986-74917993promoter 内 1874-1881 bp - 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74913834-74915866(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G003437 Chr03 NC_080389.1:52733473-52733480promoter 内 1869-1876 bp - 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52729843-52731348(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25405599-25405606promoter 内 1864-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25400788-25403469(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr02G000631 Chr02 NC_080388.1:9502735-9502742promoter 内 1859-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9504877-9508027(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48095614-48095621promoter 内 1858-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48090316-48093478(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
SmilChr03G002872 Chr03 NC_080389.1:45381775-45381782promoter 内 1855-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45383921-45386756(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAC
SmilChr03G002062 Chr03 NC_080389.1:31462907-31462914promoter 内 1846-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31465062-31466439(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCG
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