转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 130 / 134 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004582 Chr02 NC_080388.1:68303661-68303675promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68304687-68310878(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGGAAATGATTGA
SmilChr01G003561 Chr01 NC_080387.1:54213102-54213116promoter 内 2958-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54207776-54212073(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTGCTTA
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18038419-18038433promoter 内 2949-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18031757-18037381(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGAGAG
SmilChr01G004385 Chr01 NC_080387.1:62017956-62017970promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62019027-62019098(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATAAT
SmilChr03G002178 Chr03 NC_080389.1:33856334-33856348promoter 内 2907-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33857428-33859654(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATTATTACTTTT
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38322761-38322775promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAGGGTCATGATTAC
SmilChr01G002396 Chr01 NC_080387.1:41281664-41281678promoter 内 2824-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41279579-41280501(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTGAAAATGATTAA
SmilChr02G000495 Chr02 NC_080388.1:6834124-6834138promoter 内 2783-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6832840-6832920(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATTATTACTTTG
SmilChr03G000519 Chr03 NC_080389.1:5586095-5586109promoter 内 2774-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5582001-5584882(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATGAGATGATTAG
SmilChr02G004530 Chr02 NC_080388.1:67876445-67876459promoter 内 2751-2765 bp + 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67877695-67880252(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGTTATGATTAC
SmilChr03G001544 Chr03 NC_080389.1:19364860-19364874promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19366115-19368463(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTCACAATGATTGA
SmilChr02G002541 Chr02 NC_080388.1:44276132-44276146promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44263095-44274880(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTGTATTC
SmilChr01G002349 Chr01 NC_080387.1:40642755-40642769promoter 内 2731-2745 bp - 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40637857-40641499(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAGTTAATGATGAG
SmilChr02G001622 Chr02 NC_080388.1:30159202-30159216promoter 内 2719-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30155354-30157934(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAACTAATGATAAA
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4585026-4585040promoter 内 2714-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTATCATTACTCTA
SmilChr02G004011 Chr02 NC_080388.1:62431792-62431806promoter 内 2697-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62428456-62430502(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAGGAAATGATTGA
SmilChr02G003909 Chr02 NC_080388.1:61146217-61146231promoter 内 2690-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61141637-61144920(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGATATA
SmilChr02G002310 Chr02 NC_080388.1:40711901-40711915promoter 内 2653-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40713249-40717348(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATTAATGATGAG
SmilChr03G001706 Chr03 NC_080389.1:22651282-22651296promoter 内 2645-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22652638-22657573(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTTTGATGATTAG
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70088154-70088168promoter 内 2602-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCAAAATGATTAA
SmilChr02G000039 Chr02 NC_080388.1:477652-477666promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 479060-481138(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGGTAATGATGCT
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892358-7892372promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7893777-7896454(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTAATGATAGA
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65736448-65736462promoter 内 2574-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATAAT
SmilChr02G002300 Chr02 NC_080388.1:40598029-40598043promoter 内 2566-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40589959-40596608(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATCG
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48094916-48094930promoter 内 2549-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48090316-48093478(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATAACTTAC
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56322609-56322623promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56324065-56326253(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTATCACT
SmilChr02G004170 Chr02 NC_080388.1:64001689-64001703promoter 内 2529-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64003161-64003245(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATAAT
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53975488-53975502promoter 内 2490-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53976999-53978814(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAAAAATGATTAT
SmilChr02G004665 Chr02 NC_080388.1:69032344-69032358promoter 内 2439-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69033906-69034451(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTTTTTT
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46174221-46174235promoter 内 2438-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46175784-46176869(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTATAT
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14054425-14054439promoter 内 2392-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACGATCAATGATTAC
SmilChr01G001216 Chr01 NC_080387.1:24428555-24428569promoter 内 2368-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24430188-24435397(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGAAAAATGATTAT
SmilChr02G005252 Chr02 NC_080388.1:73657253-73657267promoter 内 2327-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73654315-73655593(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTAAGTCC
SmilChr01G003030 Chr01 NC_080387.1:49349003-49349017promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49350683-49353052(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCAGAAATGATTGC
SmilChr01G005395 Chr01 NC_080387.1:71220257-71220271promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71214442-71218585(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTATCACT
SmilChr01G005220 Chr01 NC_080387.1:69768961-69768975promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69765732-69767258(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTTTAAT
SmilChr03G002632 Chr03 NC_080389.1:41790480-41790494promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41787350-41788676(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTAAT
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SmilChr02G005599 Chr02 NC_080388.1:75709236-75709250promoter 内 2109-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75711128-75714339(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTCATTG
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57857200-57857214promoter 内 2105-2119 bp + 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAATAATGATTTT
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SmilChr02G000580 Chr02 NC_080388.1:8373834-8373848promoter 内 1924-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8368791-8371771(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGCAAATGATTGT
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SmilChr01G002546 Chr01 NC_080387.1:43553031-43553045promoter 内 1829-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43555203-43557647(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTCGTAATGATGTG