转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 131 / 136 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001862 Chr04 NC_080390.1:30346641-30346651promoter 内 2782-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30342269-30345432(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACTC
SmilChr07G003032 Chr07 NC_080393.1:31359265-31359275promoter 内 2744-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31360522-31370000(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr02G000046 Chr02 NC_080388.1:633671-633681promoter 内 2729-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 634943-638254(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTG
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72043444-72043454promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAG
SmilChr06G001941 Chr06 NC_080392.1:23835980-23835990promoter 内 2704-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23831066-23834693(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCT
SmilChr05G000009 Chr05 NC_080391.1:41188-41198promoter 内 2697-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42492-46716(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGTA
SmilChr03G003836 Chr03 NC_080389.1:57514608-57514618promoter 内 2683-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57515926-57518698(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr03G003838 Chr03 NC_080389.1:57522454-57522464promoter 内 2656-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57523799-57526567(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr08G003785 Chr08 NC_080394.1:43684726-43684736promoter 内 2557-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43686170-43690544(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCT
SmilChr08G004090 Chr08 NC_080394.1:49600392-49600402promoter 内 2444-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49579959-49598845(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr03G003839 Chr03 NC_080389.1:57526458-57526468promoter 内 2405-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57528054-57530559(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr07G002433 Chr07 NC_080393.1:22726878-22726888promoter 内 2390-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22724583-22725277(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr05G003486 Chr05 NC_080391.1:46341615-46341625promoter 内 2388-2398 bp - 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46343228-46344065(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr05G003944 Chr05 NC_080391.1:53198618-53198628promoter 内 2332-2342 bp - 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53200287-53202113(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr03G003846 Chr03 NC_080389.1:57571557-57571567promoter 内 2215-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57573343-57575305(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr05G002726 Chr05 NC_080391.1:31374773-31374783promoter 内 2197-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31365220-31372979(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr05G003471 Chr05 NC_080391.1:46098399-46098409promoter 内 2195-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46095987-46096603(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr01G000447 Chr01 NC_080387.1:9146968-9146978promoter 内 2185-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9140781-9145162(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAT
SmilChr04G001748 Chr04 NC_080390.1:28790394-28790404promoter 内 2181-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28792214-28793231(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAG
SmilChr05G000037 Chr05 NC_080391.1:164647-164657promoter 内 2166-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 166482-170355(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCGA
SmilChr07G001947 Chr07 NC_080393.1:16881739-16881749promoter 内 2162-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16877673-16879910(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20136882-20136892promoter 内 2161-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAG
SmilChr05G001441 Chr05 NC_080391.1:13162600-13162610promoter 内 2158-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13158898-13160767(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAG
SmilChr06G002556 Chr06 NC_080392.1:36752701-36752711promoter 内 2116-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36754586-36755135(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr02G002865 Chr02 NC_080388.1:48818855-48818865promoter 内 2082-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48813301-48816946(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTTCAGCGCA
SmilChr02G003077 Chr02 NC_080388.1:51694973-51694983promoter 内 2017-2027 bp - 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51691094-51692999(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCCGA
SmilChr04G000730 Chr04 NC_080390.1:8639165-8639175promoter 内 1996-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8636091-8637170(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGG
SmilChr02G002172 Chr02 NC_080388.1:38952896-38952906promoter 内 1994-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38948107-38950899(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCA
SmilChr04G000580 Chr04 NC_080390.1:6464346-6464356promoter 内 1963-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6451186-6462318(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGTCAGCGCA
SmilChr05G001030 Chr05 NC_080391.1:8446831-8446841promoter 内 1935-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8448897-8455607(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGTA
SmilChr04G004055 Chr04 NC_080390.1:55715521-55715531promoter 内 1911-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55707735-55713441(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
SmilChr01G003703 Chr01 NC_080387.1:55412435-55412445promoter 内 1869-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55408889-55410313(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC
SmilChr07G000761 Chr07 NC_080393.1:5341565-5341575promoter 内 1869-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5343697-5344548(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGAC
SmilChr01G001611 Chr01 NC_080387.1:30258890-30258900promoter 内 1863-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30255606-30256762(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGA
SmilChr06G000316 Chr06 NC_080392.1:2290350-2290360promoter 内 1856-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2286434-2288215(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACTCAGCGTA
SmilChr03G002097 Chr03 NC_080389.1:32418873-32418883promoter 内 1842-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32421032-32421138(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAACA
SmilChr03G000102 Chr03 NC_080389.1:1134385-1134395promoter 内 1808-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1136578-1142278(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCA
SmilChr04G004025 Chr04 NC_080390.1:55500329-55500339promoter 内 1793-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55502537-55503403(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AAGGCTGAGCC
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SmilChr04G000435 Chr04 NC_080390.1:4615835-4615845promoter 内 1771-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4611475-4613615(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
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SmilChr02G000734 Chr02 NC_080388.1:11911621-11911631promoter 内 1759-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11913863-11914708(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCACA
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SmilChr01G004694 Chr01 NC_080387.1:64987272-64987282promoter 内 1736-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64989537-64990530(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCT
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SmilChr03G002894 Chr03 NC_080389.1:45651158-45651168promoter 内 1694-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45653465-45665544(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAT