转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 131 / 164 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G003206 Chr02 NC_080388.1:53201652-53201666promoter 内 3147-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53202506-53205087(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGTA
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42968645-42968659promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAAACTACCAACAA
SmilChr05G003426 Chr05 NC_080391.1:45493945-45493959promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45494925-45499294(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTTTCT
SmilChr07G003629 Chr07 NC_080393.1:42842004-42842018promoter 内 3020-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42842985-42844942(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAACCTACCACCGT
SmilChr01G005011 Chr01 NC_080387.1:68135947-68135961promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68136985-68137404(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAACCTACCCCTCT
SmilChr03G004572 Chr03 NC_080389.1:63621723-63621737promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63622764-63625818(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCATAGTTAGGTGAA
SmilChr01G000120 Chr01 NC_080387.1:2044608-2044622promoter 内 2906-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2043018-2043527(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGACCTACCAGCGC
SmilChr06G002959 Chr06 NC_080392.1:42389972-42389986promoter 内 2901-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42391072-42393776(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAAGGTAGGTATA
SmilChr04G003217 Chr04 NC_080390.1:49002565-49002579promoter 内 2865-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48993368-49001443(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACTTTTTC
SmilChr07G000042 Chr07 NC_080393.1:184479-184493promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 181448-183346(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCACTGG
SmilChr08G002042 Chr08 NC_080394.1:18241909-18241923promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18243065-18246929(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCCACAA
SmilChr01G004930 Chr01 NC_080387.1:67367758-67367772promoter 内 2823-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67365644-67366594(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCTTGTTAGGTGAC
SmilChr01G000926 Chr01 NC_080387.1:19642741-19642755promoter 内 2777-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19638550-19641531(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGGTCAA
SmilChr05G002075 Chr05 NC_080391.1:21686773-21686787promoter 内 2671-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21676812-21685457(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCCTACA
SmilChr01G000047 Chr01 NC_080387.1:744666-744680promoter 内 2666-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 738650-743345(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr03G002930 Chr03 NC_080389.1:46058175-46058189promoter 内 2666-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46053309-46056854(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTTTAA
SmilChr06G002958 Chr06 NC_080392.1:42389972-42389986promoter 内 2662-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42385067-42388647(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCTTTAA
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8079125-8079139promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8066534-8077772(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr02G001695 Chr02 NC_080388.1:31241052-31241066promoter 内 2633-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31238042-31239698(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGCAGGTAGGTAGT
SmilChr05G000306 Chr05 NC_080391.1:2324882-2324896promoter 内 2580-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2317421-2323475(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGATGGTAGGTTTC
SmilChr08G000087 Chr08 NC_080394.1:501399-501413promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 502850-505776(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATAAGTAGGTGGT
SmilChr05G001762 Chr05 NC_080391.1:17335519-17335533promoter 内 2509-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 17332551-17334041(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTTGGTGGGTGTC
SmilChr01G000042 Chr01 NC_080387.1:678563-678577promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 675412-677082(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr06G000541 Chr06 NC_080392.1:4516962-4516976promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4510855-4515389(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCTCCGA
SmilChr07G004205 Chr07 NC_080393.1:54200130-54200144promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54167414-54198539(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAAGTAGGTGTA
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12149953-12149967promoter 内 2356-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12147216-12148322(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr04G001156 Chr04 NC_080390.1:17070876-17070890promoter 内 2347-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 17067232-17069236(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTTGGTAGGTCAA
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2921101-2921115promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2917171-2919438(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAGGAGTAGGTGGT
SmilChr03G000154 Chr03 NC_080389.1:1677780-1677794promoter 内 2318-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1679463-1682183(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAGGAGTAGGTGGT
SmilChr06G000277 Chr06 NC_080392.1:1923983-1923997promoter 内 2245-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1917843-1922241(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACA
SmilChr07G000043 Chr07 NC_080393.1:182144-182158promoter 内 2238-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 183907-185313(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAGTGGTAGGTGTT
SmilChr05G001210 Chr05 NC_080391.1:10177907-10177921promoter 内 2188-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10179720-10180671(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTGGGTTTG
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:743632-743646promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494920-20494934promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr01G000882 Chr01 NC_080387.1:18767554-18767568promoter 内 2149-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18762721-18765716(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTTTAGTAGGTGTA
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