转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 132 / 139 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001324 Chr01 NC_080387.1:26299609-26299620promoter 内 542-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26303068-26311748(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGCCGG
SmilChr03G004261 Chr03 NC_080389.1:61098498-61098509promoter 内 484-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61102015-61108363(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCAGGACGTGGG
SmilChr03G002183 Chr03 NC_080389.1:33932659-33932670promoter 内 460-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33936200-33938043(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGGGACGTGGA
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67198738-67198749promoter 内 441-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67185667-67195189(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCCAGG
SmilChr02G004288 Chr02 NC_080388.1:65217973-65217984promoter 内 406-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 65213280-65214389(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGGGACGTGGG
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:630210-630221promoter 内 397-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACGTCATCA
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35259158-35259169promoter 内 387-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCCCGC
SmilChr04G001879 Chr04 NC_080390.1:30702596-30702607promoter 内 371-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30698489-30698977(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCACGTCAGAT
SmilChr03G003859 Chr03 NC_080389.1:57682280-57682291promoter 内 312-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57678022-57678602(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGAT
SmilChr04G002945 Chr04 NC_080390.1:45785566-45785577promoter 内 256-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45789311-45796067(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCTCGTCAGCA
SmilChr03G000121 Chr03 NC_080389.1:1304883-1304894promoter 内 238-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1308646-1313469(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACGTCATCA
SmilChr03G001791 Chr03 NC_080389.1:24443566-24443577promoter 内 208-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24447359-24450249(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCCCGC
SmilChr04G003350 Chr04 NC_080390.1:50116246-50116257promoter 内 177-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50120070-50121412(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGCCGG
SmilChr03G002807 Chr03 NC_080389.1:44533543-44533554promoter 内 143-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44527081-44529696(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGTTGACGTGCT
SmilChr03G001198 Chr03 NC_080389.1:13810528-13810539promoter 内 85-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13814444-13815013(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGGCGG
SmilChr02G004971 Chr02 NC_080388.1:71606489-71606500promoter 内 76-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71598285-71602575(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCACGTCATCA
SmilChr03G001805 Chr03 NC_080389.1:24663053-24663064promoter 内 66-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24666988-24675013(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGGGACGTGGA
SmilChr01G005624 Chr01 NC_080387.1:72714791-72714802promoter 内 51-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72718741-72722620(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCCCAG
SmilChr01G000969 Chr01 NC_080387.1:20533290-20533301promoter 内 18-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20528323-20529318(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCACGTCAGAT
SmilChr04G000915 Chr04 NC_080390.1:11908105-11908116promoter 内 1612-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 11903946-11905727(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCCACG
SmilChr02G000799 Chr02 NC_080388.1:13385579-13385590promoter 内 202-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 13379253-13381791(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCCTCC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5088116-5088127promoter 内 3825-3836 bp + 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 5085337-5087951(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTTAA
SmilChr03G003421 Chr03 NC_080389.1:52543550-52543561promoter 内 3609-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 52543942-52546964(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71028774-71028785promoter 内 3050-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 71029725-71030812(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGTGGACGTGGT
SmilChr03G003420 Chr03 NC_080389.1:52542970-52542981promoter 内 2912-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 52539660-52541892(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTAAA
SmilChr03G001923 Chr03 NC_080389.1:26995969-26995980promoter 内 2080-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 26997890-27000023(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGAGGACGTGGT
SmilChr02G003670 Chr02 NC_080388.1:58096124-58096135promoter 内 1913-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 58092009-58094047(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
SmilChr02G003669 Chr02 NC_080388.1:58085693-58085704promoter 内 1910-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 58081509-58083613(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
SmilChr04G000025 Chr04 NC_080390.1:271122-271133promoter 内 1754-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 264758-268886(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCCACC
SmilChr02G003671 Chr02 NC_080388.1:58097557-58097568promoter 内 1568-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 58099990-58102023(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTAAA
SmilChr01G000921 Chr01 NC_080387.1:19474089-19474100promoter 内 1273-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 19476817-19479987(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGCTCA
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62688697-62688708promoter 内 913-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 62691785-62695137(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGAGACGTGGA
SmilChr01G001741 Chr01 NC_080387.1:32088979-32088990promoter 内 709-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 32092271-32093782(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCCTCC
SmilChr02G000722 Chr02 NC_080388.1:11621198-11621209promoter 内 173-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 11615294-11617381(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCCACG
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3017285-3017296promoter 内 3969-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3016743-3017264(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTAAGACGTGGA
SmilChr03G003152 Chr03 NC_080389.1:48880196-48880207promoter 内 3952-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48879391-48880158(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTTTT
SmilChr01G001613 Chr01 NC_080387.1:30263743-30263754promoter 内 3941-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30259574-30263694(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAGGACGTGGT
SmilChr02G000547 Chr02 NC_080388.1:7586968-7586979promoter 内 3940-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7580826-7586918(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
SmilChr02G001950 Chr02 NC_080388.1:35186857-35186868promoter 内 3925-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35186933-35203320(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCTAAC
SmilChr01G004434 Chr01 NC_080387.1:62433367-62433378promoter 内 3883-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62433485-62434688(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAAAGACGTGGG
SmilChr01G004043 Chr01 NC_080387.1:58842199-58842210promoter 内 3867-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58842333-58846746(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTTTA
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40599206-40599217promoter 内 3861-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40593257-40599077(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCCACG
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SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22713187-22713198promoter 内 3846-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22710281-22713043(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAGGACGTGGT
SmilChr04G000822 Chr04 NC_080390.1:10317893-10317904promoter 内 3828-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10318066-10323022(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGGGGACGTGGT
SmilChr01G001949 Chr01 NC_080387.1:34720310-34720321promoter 内 3796-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34720515-34720586(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
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SmilChr01G005131 Chr01 NC_080387.1:69108410-69108421promoter 内 3782-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69108629-69110085(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTTACACGTGGC
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SmilChr03G001848 Chr03 NC_080389.1:25413939-25413950promoter 内 3761-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25414179-25415719(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGAGGACGTGGA