转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 133 / 141 下载 TSV

上一页 133 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002039 Chr08 NC_080394.1:18196126-18196140promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18190188-18193511(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTTACCGACAACC
SmilChr08G003328 Chr08 NC_080394.1:34567050-34567064promoter 内 1364-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34569687-34570513(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAAGTCGGTGGAGA
SmilChr07G003659 Chr07 NC_080393.1:43652423-43652437promoter 内 1310-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43655114-43661099(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGGCGGTGGACC
SmilChr07G003678 Chr07 NC_080393.1:44243054-44243068promoter 内 1276-1290 bp + 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44236411-44240343(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACCACCGACTAAA
SmilChr02G003023 Chr02 NC_080388.1:50912937-50912951promoter 内 1275-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50915663-50918547(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTTCG
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7287297-7287311promoter 内 1267-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCCACCGCCAGTA
SmilChr01G005131 Chr01 NC_080387.1:69105883-69105897promoter 内 1255-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69108629-69110085(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAAGTCGGTGGAGA
SmilChr08G003846 Chr08 NC_080394.1:44812688-44812702promoter 内 1201-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44815488-44818643(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCGTCGGTGTGAG
SmilChr02G003757 Chr02 NC_080388.1:59225126-59225140promoter 内 1197-1211 bp - 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59219112-59222336(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTCGAAA
SmilChr05G003382 Chr05 NC_080391.1:44800042-44800056promoter 内 1132-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44802911-44805925(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACTATT
SmilChr02G001720 Chr02 NC_080388.1:31648413-31648427promoter 内 1102-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31651312-31654382(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GACGGTCGGTGGAGG
SmilChr01G003804 Chr01 NC_080387.1:56428976-56428990promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56422122-56426058(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGCGGCGGTGGAAC
SmilChr08G001251 Chr08 NC_080394.1:9939520-9939534promoter 内 1066-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9927765-9936599(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGCGACCGACAAGT
SmilChr03G002476 Chr03 NC_080389.1:39212648-39212662promoter 内 1047-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39215602-39221150(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCCACCGTCATCG
SmilChr05G002174 Chr05 NC_080391.1:23164812-23164826promoter 内 1029-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23159425-23161854(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGCCGCCC
SmilChr06G002873 Chr06 NC_080392.1:41553032-41553046promoter 内 1027-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41556006-41557967(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTCGGCGGTGGACG
SmilChr06G001958 Chr06 NC_080392.1:24398625-24398639promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24394546-24395628(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGTGGCCGACAACA
SmilChr04G000593 Chr04 NC_080390.1:6613632-6613646promoter 内 978-992 bp - 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6616655-6632838(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCCACCGACCACA
SmilChr08G002656 Chr08 NC_080394.1:26043550-26043564promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26036495-26040519(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCCACCGACTAAA
SmilChr07G002715 Chr07 NC_080393.1:26619521-26619535promoter 内 938-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26612754-26616472(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACTATT
SmilChr02G002310 Chr02 NC_080388.1:40710136-40710150promoter 内 888-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40713249-40717348(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCAGCCGACAACA
SmilChr07G002262 Chr07 NC_080393.1:20821942-20821956promoter 内 887-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20816555-20818842(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATGGTCGGTGGTGG
SmilChr05G002068 Chr05 NC_080391.1:21535488-21535502promoter 内 877-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21538612-21541460(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTGTCGGTTCGGT
SmilChr08G001198 Chr08 NC_080394.1:9656498-9656512promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9650913-9653351(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCTGTCGGTTCAGC
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26263203-26263217promoter 内 837-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26266367-26267052(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCCACGC
SmilChr02G003809 Chr02 NC_080388.1:59721536-59721550promoter 内 771-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59715822-59718320(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCGTCGGTGAGAA
SmilChr02G002404 Chr02 NC_080388.1:41962605-41962619promoter 内 758-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41955374-41959376(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTTCG
SmilChr02G000137 Chr02 NC_080388.1:1856951-1856965promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1860202-1861492(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACTTGA
SmilChr08G003950 Chr08 NC_080394.1:47276028-47276042promoter 内 692-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47279337-47280834(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAAGTCGGTGGAGA
SmilChr08G002669 Chr08 NC_080394.1:26206877-26206891promoter 内 685-699 bp - 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26200189-26203575(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAAGTCGGTGGAGA
SmilChr07G001538 Chr07 NC_080393.1:12506653-12506667promoter 内 675-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12509979-12517865(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCGACCGACATCA
SmilChr01G003185 Chr01 NC_080387.1:50604919-50604933promoter 内 648-662 bp + 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50608272-50610918(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAAGTCGGTGGAGA
SmilChr04G001887 Chr04 NC_080390.1:30812660-30812674promoter 内 564-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30816097-30817013(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTAACACCGACAAGT
SmilChr08G000694 Chr08 NC_080394.1:5167612-5167626promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5160734-5164186(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGACAACCGACAACA
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1753098-1753112promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1745405-1749659(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACTTGA
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