转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 133 / 134 下载 TSV

上一页 133 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000682 Chr01 NC_080387.1:15103064-15103076promoter 内 2094-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15097749-15101169(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCGATTTA
SmilChr01G002557 Chr01 NC_080387.1:43701841-43701853promoter 内 2062-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43698739-43699914(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCACTAG
SmilChr01G001271 Chr01 NC_080387.1:25410229-25410241promoter 内 2014-2026 bp - 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25402670-25408254(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTTTGGATAACT
SmilChr01G004836 Chr01 NC_080387.1:66487682-66487694promoter 内 1982-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66489701-66500904(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTATGGATAATC
SmilChr02G000382 Chr02 NC_080388.1:4785970-4785982promoter 内 1975-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4780702-4783956(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTA
SmilChr02G004228 Chr02 NC_080388.1:64491849-64491861promoter 内 1955-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64489743-64489815(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCA
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56724632-56724644promoter 内 1903-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTTATGGATAATT
SmilChr01G003941 Chr01 NC_080387.1:57744757-57744769promoter 内 1830-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57746928-57753052(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACTTAT
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37718557-37718569promoter 内 1773-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37713921-37716341(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAACCAT
SmilChr02G004714 Chr02 NC_080388.1:69404104-69404116promoter 内 1737-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69406368-69407424(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGACATGATAAGG
SmilChr01G006025 Chr01 NC_080387.1:75822899-75822911promoter 内 1706-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75825194-75830311(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCGATTTA
SmilChr01G003940 Chr01 NC_080387.1:57744757-57744769promoter 内 1637-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57740197-57742405(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATAAGTGATAAGG
SmilChr02G003846 Chr02 NC_080388.1:60217823-60217835promoter 内 1635-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60211654-60215469(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCAGCTG
SmilChr03G002057 Chr03 NC_080389.1:31330311-31330323promoter 内 1616-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31332696-31333860(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCCTGGATAAGC
SmilChr02G002885 Chr02 NC_080388.1:49163980-49163992promoter 内 1367-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49159389-49161358(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCAGCAT
SmilChr02G002975 Chr02 NC_080388.1:50271637-50271649promoter 内 1322-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50274316-50276218(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCAGCAT
SmilChr02G003149 Chr02 NC_080388.1:52521999-52522011promoter 内 1216-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52517472-52519226(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATAAGTGATAAGG
SmilChr01G003007 Chr01 NC_080387.1:49109977-49109989promoter 内 1133-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49112845-49115842(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTATGGATAATC
SmilChr01G000229 Chr01 NC_080387.1:4271495-4271507promoter 内 1077-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4268096-4268583(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTCCTGATAAGG
SmilChr01G000191 Chr01 NC_080387.1:3277206-3277218promoter 内 1008-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3280199-3282033(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGGTGGATAACA
SmilChr01G001836 Chr01 NC_080387.1:33290732-33290744promoter 内 997-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33293736-33296848(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTCAT
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54199269-54199281promoter 内 954-966 bp - 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54190962-54196234(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGGTTGATAAGG
SmilChr03G001277 Chr03 NC_080389.1:14946735-14946747promoter 内 910-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14949826-14953038(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTATGGATAATC
SmilChr02G002293 Chr02 NC_080388.1:40466642-40466654promoter 内 892-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40461289-40463545(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAGAAA
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66336420-66336432promoter 内 843-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAGTGGATAATT
SmilChr02G004227 Chr02 NC_080388.1:64491849-64491861promoter 内 838-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64488626-64488698(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCA
SmilChr02G004339 Chr02 NC_080388.1:65635074-65635086promoter 内 795-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65638280-65639667(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCAACAT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50853522-50853534promoter 内 690-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGCGAGATAAGG
SmilChr02G003586 Chr02 NC_080388.1:57037920-57037932promoter 内 677-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57031731-57034608(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCCTGGATAAGC
SmilChr03G002473 Chr03 NC_080389.1:39187948-39187960promoter 内 646-658 bp - 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39191303-39193092(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCGCTC
SmilChr01G004835 Chr01 NC_080387.1:66487682-66487694promoter 内 598-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66481641-66484291(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATAAA
SmilChr03G002336 Chr03 NC_080389.1:36847043-36847055promoter 内 591-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36842803-36843645(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CAGTTGGATAAGT
SmilChr02G000051 Chr02 NC_080388.1:689949-689961promoter 内 578-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 693372-694268(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTTTATCCACAAC
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50304631-50304643promoter 内 541-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCACCC
SmilChr02G001070 Chr02 NC_080388.1:19055883-19055895promoter 内 409-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19059475-19059868(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTCCTGGATAAGC
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