转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 134 / 144 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005407 Chr01 NC_080387.1:71332632-71332644promoter 内 676-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71327720-71329319(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAGTTGACTGAT
SmilChr03G004475 Chr03 NC_080389.1:62868282-62868294promoter 内 674-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62860215-62864967(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr02G003804 Chr02 NC_080388.1:59660368-59660380promoter 内 670-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59663699-59667162(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAAAC
SmilChr02G001763 Chr02 NC_080388.1:32369516-32369528promoter 内 618-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32372899-32374214(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATGTTGACTGTG
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35214815-35214827promoter 内 595-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATTT
SmilChr01G004565 Chr01 NC_080387.1:63726329-63726341promoter 内 509-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63722107-63722849(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr03G004399 Chr03 NC_080389.1:62183156-62183168promoter 内 495-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62186662-62190383(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr03G004043 Chr03 NC_080389.1:59431264-59431276promoter 内 475-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59424271-59427750(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAACAG
SmilChr04G002416 Chr04 NC_080390.1:38779259-38779271promoter 内 469-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38772355-38775739(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGCAGTCAACAGT
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30574436-30574448promoter 内 468-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCTGTTGACTGTA
SmilChr01G002174 Chr01 NC_080387.1:37821251-37821263promoter 内 454-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37814595-37817716(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGATTTGACTTTC
SmilChr03G003971 Chr03 NC_080389.1:58750920-58750932promoter 内 423-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58743127-58747354(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCATTGACTTCC
SmilChr03G002060 Chr03 NC_080389.1:31367333-31367345promoter 内 421-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31370913-31376747(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGAAGTCAATGAT
SmilChr01G005079 Chr01 NC_080387.1:68673550-68673562promoter 内 397-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68666714-68669958(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAATGCA
SmilChr02G005576 Chr02 NC_080388.1:75616142-75616154promoter 内 382-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75619761-75623495(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGTTTTGACTTTT
SmilChr04G001359 Chr04 NC_080390.1:22059813-22059825promoter 内 357-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22063457-22068584(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAAAGTCAAATCA
SmilChr04G000455 Chr04 NC_080390.1:4818692-4818704promoter 内 352-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4822341-4824826(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCGAGTCAACCCC
SmilChr02G005260 Chr02 NC_080388.1:73683196-73683208promoter 内 342-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73686855-73688340(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATGAGTCAACTGA
SmilChr03G004553 Chr03 NC_080389.1:63485387-63485399promoter 内 292-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63489096-63492937(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATTT
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174646-48174658promoter 内 282-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr03G004550 Chr03 NC_080389.1:63485387-63485399promoter 内 238-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63476045-63481636(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr03G004369 Chr03 NC_080389.1:61890026-61890038promoter 内 201-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61893826-61897206(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr03G004402 Chr03 NC_080389.1:62198271-62198283promoter 内 194-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62202078-62204871(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr04G003072 Chr04 NC_080390.1:47275464-47275476promoter 内 182-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47267863-47271657(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAACAA
SmilChr02G001147 Chr02 NC_080388.1:20867865-20867877promoter 内 178-190 bp - 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20871688-20874281(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATTTGACTTTT
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4572872-4572884promoter 内 136-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAAACCC
SmilChr04G002269 Chr04 NC_080390.1:36748163-36748175promoter 内 136-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36741782-36744310(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTGTTTGACTTTT
SmilChr02G000873 Chr02 NC_080388.1:15054556-15054568promoter 内 118-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15058439-15063644(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATTT
SmilChr03G004480 Chr03 NC_080389.1:62907438-62907450promoter 内 111-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62911328-62912410(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAATTT
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69776155-69776167promoter 内 36-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69780120-69781536(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAAGTCAAACAA
SmilChr01G001472 Chr01 NC_080387.1:28494226-28494238promoter 内 20-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28487620-28490257(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACATTGACTTCG
SmilChr04G001347 Chr04 NC_080390.1:21833264-21833276promoter 内 3882-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 21829499-21833157(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTAGTCAACTAC
SmilChr04G002390 Chr04 NC_080390.1:38416854-38416866promoter 内 3064-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 38414320-38415929(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTAAA
SmilChr01G004722 Chr01 NC_080387.1:65420678-65420690promoter 内 3040-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 65418099-65419729(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAGTTGACTAAA
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71447359-71447371promoter 内 2745-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 3 71443087-71446115(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTAGTCAACTAC
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