转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 134 / 140 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12918849-12918858promoter 内 3161-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12919689-12925466(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr04G000496 Chr04 NC_080390.1:5418821-5418830promoter 内 3116-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5408334-5417945(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr03G000852 Chr03 NC_080389.1:9737040-9737049promoter 内 3095-3104 bp - 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9733194-9736143(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr01G001794 Chr01 NC_080387.1:32812111-32812120promoter 内 3076-3085 bp + 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32813036-32817226(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr01G001509 Chr01 NC_080387.1:28924831-28924840promoter 内 3049-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28925783-28929363(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr03G003640 Chr03 NC_080389.1:55077436-55077445promoter 内 3017-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55078420-55079692(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12974099-12974108promoter 内 2990-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr03G001121 Chr03 NC_080389.1:12918849-12918858promoter 内 2990-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12913771-12917847(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr04G000384 Chr04 NC_080390.1:3912692-3912701promoter 内 2864-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3909915-3911564(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGC
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70981276-70981285promoter 内 2848-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70973790-70980132(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr02G001737 Chr02 NC_080388.1:31946676-31946685promoter 内 2844-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31944839-31945528(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr01G001905 Chr01 NC_080387.1:34144481-34144490promoter 内 2792-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34145690-34147238(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr02G004116 Chr02 NC_080388.1:63456149-63456158promoter 内 2740-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63457410-63457976(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr03G003175 Chr03 NC_080389.1:49200286-49200295promoter 内 2649-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49201638-49202376(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr04G000784 Chr04 NC_080390.1:9648390-9648399promoter 内 2616-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9649775-9652324(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4849307-4849316promoter 内 2596-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4850712-4851596(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr01G001235 Chr01 NC_080387.1:24769587-24769596promoter 内 2563-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24771025-24771847(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGC
SmilChr02G004524 Chr02 NC_080388.1:67827669-67827678promoter 内 2549-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67824127-67826226(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGC
SmilChr02G002783 Chr02 NC_080388.1:47913235-47913244promoter 内 2529-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47911401-47911772(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60070324-60070333promoter 内 2517-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60067055-60068849(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr02G001599 Chr02 NC_080388.1:29823777-29823786promoter 内 2516-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29825262-29827982(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr02G002847 Chr02 NC_080388.1:48639769-48639778promoter 内 2481-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48637027-48638258(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr01G001683 Chr01 NC_080387.1:31043958-31043967promoter 内 2445-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31038720-31042411(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr02G004988 Chr02 NC_080388.1:71755294-71755303promoter 内 2244-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71752724-71753546(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr02G001738 Chr02 NC_080388.1:31946676-31946685promoter 内 2232-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31948445-31952967(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr02G001401 Chr02 NC_080388.1:26594986-26594995promoter 内 2229-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26591744-26593223(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:186123-186132promoter 内 2163-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 183631-184294(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr03G000597 Chr03 NC_080389.1:6623870-6623879promoter 内 2151-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6620388-6622029(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GATAATCTGT
SmilChr02G003308 Chr02 NC_080388.1:54347154-54347163promoter 内 2119-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54342393-54345281(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr01G004002 Chr01 NC_080387.1:58410672-58410681promoter 内 2063-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58412610-58415919(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGC
SmilChr03G002700 Chr03 NC_080389.1:42963640-42963649promoter 内 2038-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42965603-42969421(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr02G004226 Chr02 NC_080388.1:64476369-64476378promoter 内 2005-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64478365-64486743(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTATC
SmilChr01G001232 Chr01 NC_080387.1:24769587-24769596promoter 内 1984-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24762242-24767579(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13550558-13550567promoter 内 1953-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13552606-13552949(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCCGATTCTC
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30119695-30119704promoter 内 1943-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30116256-30117646(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGC
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