转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 135 / 152 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003377 Chr04 NC_080390.1:50332541-50332559promoter 内 780-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50327168-50329338(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAAAATGGTTGGAGACA
SmilChr04G002175 Chr04 NC_080390.1:35139358-35139376promoter 内 713-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35142646-35146257(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTAAGGTGGTTGCTGTCT
SmilChr04G002015 Chr04 NC_080390.1:32680639-32680657promoter 内 709-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32676374-32677365(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTTCCAACTAATTTGAT
SmilChr04G001184 Chr04 NC_080390.1:17983777-17983795promoter 内 666-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17987112-17989627(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTTCAACCACCAGCAA
SmilChr04G000876 Chr04 NC_080390.1:11114048-11114066promoter 内 649-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11117400-11120160(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGGATTGGTTGGAAATT
SmilChr02G005418 Chr02 NC_080388.1:74643495-74643513promoter 内 637-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74637606-74640149(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGTCGGTTGGAGGCT
SmilChr01G002812 Chr01 NC_080387.1:46668594-46668612promoter 内 620-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46663315-46665231(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACAACCTTTTT
SmilChr04G003590 Chr04 NC_080390.1:52322469-52322487promoter 内 587-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52325883-52336260(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATTTGGTGGTTGACTCTT
SmilChr02G003878 Chr02 NC_080388.1:60839642-60839660promoter 内 583-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60843060-60846333(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATTCCAACAACCAACAG
SmilChr04G003280 Chr04 NC_080390.1:49470113-49470131promoter 内 581-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49473533-49475517(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGATGTCAACCACTGTCGT
SmilChr02G001422 Chr02 NC_080388.1:26823210-26823228promoter 内 558-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26826653-26827854(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGTCCAACCACAATAAT
SmilChr02G005536 Chr02 NC_080388.1:75397199-75397217promoter 内 535-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75400665-75404228(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTTCCAACAAATTCTCC
SmilChr04G003837 Chr04 NC_080390.1:54409299-54409317promoter 内 473-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54404811-54405789(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCGCAGTGGTTGAGCATA
SmilChr05G001066 Chr05 NC_080391.1:8809306-8809324promoter 内 405-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8803609-8805728(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCAAACAACCACCTCTGT
SmilChr01G004060 Chr01 NC_080387.1:59031888-59031906promoter 内 384-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59027906-59028289(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTGGCAACCACTCCTTC
SmilChr03G003647 Chr03 NC_080389.1:55236534-55236552promoter 内 293-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55240242-55241327(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCGCCATCTT
SmilChr04G003502 Chr04 NC_080390.1:51426529-51426547promoter 内 272-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51421059-51422818(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTACACAACCACCAATCT
SmilChr02G003121 Chr02 NC_080388.1:52220400-52220418promoter 内 269-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52224132-52225238(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGGAGTGGTTGTCATCG
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3010703-3010721promoter 内 258-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3014446-3015135(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATGGTGGTTGTACCTT
SmilChr03G000425 Chr03 NC_080389.1:4626256-4626274promoter 内 240-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4630017-4632066(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCTTTTAACCACCTCTTC
SmilChr02G003134 Chr02 NC_080388.1:52363636-52363654promoter 内 237-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52357494-52359890(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGAGGTGGTGGAGCAGC
SmilChr01G006050 Chr01 NC_080387.1:76015195-76015213promoter 内 232-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76010308-76011444(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGTAGTGGTTGTGATTC
SmilChr01G003817 Chr01 NC_080387.1:56533034-56533052promoter 内 228-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56527129-56529279(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGAGATGGTTGGCAAGT
SmilChr01G001132 Chr01 NC_080387.1:23005807-23005825promoter 内 184-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23009624-23010725(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTATGAT
SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3885680-3885698promoter 内 181-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3889500-3892927(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAAACCAACCACAACATC
SmilChr02G000148 Chr02 NC_080388.1:1976595-1976613promoter 内 156-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1980440-1981591(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAGCGGTGGTTGTGTATC
SmilChr01G003915 Chr01 NC_080387.1:57426289-57426307promoter 内 154-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57430136-57434206(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTGAGTGGTTGAGATTT
SmilChr05G001892 Chr05 NC_080391.1:19226534-19226552promoter 内 142-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19230393-19231467(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGAGGTGGTGGGCGTTG
SmilChr04G003588 Chr04 NC_080390.1:52322469-52322487promoter 内 134-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52317441-52318620(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAGTCAACCACCAAATC
SmilChr05G000570 Chr05 NC_080391.1:4275021-4275039promoter 内 118-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4278904-4284600(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATATTGGTTGGAAGGA
SmilChr05G000387 Chr05 NC_080391.1:2907843-2907861promoter 内 117-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2911727-2914144(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTTAGTGGTTGCGGTAT
SmilChr04G003745 Chr04 NC_080390.1:53743864-53743882promoter 内 111-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53747754-53748552(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTAGCCAACCACACTTTT
SmilChr01G004360 Chr01 NC_080387.1:61794598-61794616promoter 内 106-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61789442-61790721(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAATCAACCACCATATC
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44586116-44586134promoter 内 105-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44581122-44582238(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGGGGTGGTTGTTACAT
SmilChr02G001553 Chr02 NC_080388.1:28838118-28838136promoter 内 102-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28829532-28834237(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACAATTGGTTGGAATAA
SmilChr02G000363 Chr02 NC_080388.1:4662804-4662822promoter 内 95-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4658293-4658916(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCAAGTGGTTGCAACAG
SmilChr02G004949 Chr02 NC_080388.1:71441118-71441136promoter 内 40-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71429678-71437175(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTCTCCAACCATTTTTTT
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