转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 137 / 138 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005337 Chr02 NC_080388.1:74223611-74223624promoter 内 776-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74216479-74220399(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr01G001800 Chr01 NC_080387.1:32918733-32918746promoter 内 735-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32914803-32915480(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76278692-76278705promoter 内 601-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76282092-76285016(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G005748 Chr01 NC_080387.1:73557276-73557289promoter 内 572-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73560705-73564959(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76818642-76818655promoter 内 529-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76822114-76825762(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21006377-21006390promoter 内 473-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21001451-21002862(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTTTAGGTAATT
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070607-77070620promoter 内 434-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 77064432-77067053(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr02G001098 Chr02 NC_080388.1:19797131-19797144promoter 内 414-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19800718-19802970(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACTGTAGGTATAG
SmilChr02G003400 Chr02 NC_080388.1:55150229-55150242promoter 内 214-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55140322-55146455(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTTTTAGGTATCT
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27143767-27143780promoter 内 164-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCATACCTATTTTT
SmilChr01G005739 Chr01 NC_080387.1:73506975-73506988promoter 内 127-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73510849-73513232(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76480241-76480254promoter 内 88-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76484154-76486020(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr02G001684 Chr02 NC_080388.1:31077020-31077033promoter 内 42-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31070324-31073074(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCGAAAATC
SmilChr03G000121 Chr03 NC_080389.1:1308571-1308584promoter 内 3926-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1308646-1313469(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTGATAGGTATGT
SmilChr02G004331 Chr02 NC_080388.1:65589986-65589999promoter 内 3888-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65584992-65589886(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCTTTAGGTACAT
SmilChr02G002497 Chr02 NC_080388.1:43412026-43412039promoter 内 3777-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43407786-43411815(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGATACCTAAAACC
SmilChr01G003127 Chr01 NC_080387.1:50097567-50097580promoter 内 3460-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50092005-50097039(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGTACCTAATGGA
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65873283-65873296promoter 内 3404-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65868832-65872699(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCATACCTAAAGAC
SmilChr02G000638 Chr02 NC_080388.1:9669794-9669807promoter 内 3317-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9664075-9669123(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCTAACTAACTTA
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2920118-2920131promoter 内 3308-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2917171-2919438(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCATTAGGTAGCT
SmilChr01G000395 Chr01 NC_080387.1:8117217-8117230promoter 内 3256-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8117962-8120106(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTGTTTAGGTAACT
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38956888-38956901promoter 内 3154-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGATACCTAAAATG
SmilChr01G005469 Chr01 NC_080387.1:71679068-71679081promoter 内 2997-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71674685-71678077(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAAAGAA
SmilChr01G005470 Chr01 NC_080387.1:71690406-71690419promoter 内 2975-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71686096-71689393(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAAAGAA
SmilChr01G002646 Chr01 NC_080387.1:44770718-44770731promoter 内 2955-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44771764-44773241(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTTTAGGTATTT
SmilChr01G000795 Chr01 NC_080387.1:17229128-17229141promoter 内 2847-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17225327-17227987(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCATACCTATCATG
SmilChr01G002099 Chr01 NC_080387.1:37032072-37032085promoter 内 2701-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37029265-37030785(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTTGTAGGTATAT
SmilChr02G005256 Chr02 NC_080388.1:73664942-73664955promoter 内 2513-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73663374-73663467(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTACCTAAAACA
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21553770-21553783promoter 内 2461-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21549798-21552243(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTATACCTAAAGTA
SmilChr02G005255 Chr02 NC_080388.1:73664942-73664955promoter 内 2385-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73663258-73663339(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTACCTAAAACA
SmilChr03G001961 Chr03 NC_080389.1:28108058-28108071promoter 内 2360-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28109699-28110847(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAACTC
SmilChr02G004181 Chr02 NC_080388.1:64129547-64129560promoter 内 2288-2301 bp - 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64119947-64127847(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTTTTAGGTAATA
SmilChr02G002708 Chr02 NC_080388.1:46949183-46949196promoter 内 2231-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46945602-46947426(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTAGTTACAA
SmilChr03G000693 Chr03 NC_080389.1:7736506-7736519promoter 内 2034-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7738473-7743080(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTAAACAT
SmilChr02G003662 Chr02 NC_080388.1:58007848-58007861promoter 内 1803-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58010046-58016971(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATAG
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72493098-72493111promoter 内 1669-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTTTAGGTATTT
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SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72853126-72853139promoter 内 1180-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72849507-72850318(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTGATAGGTATGT
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3661280-3661293promoter 内 1179-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATACCTATCACA
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SmilChr02G002482 Chr02 NC_080388.1:43207880-43207893promoter 内 351-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43211530-43214311(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTTACCTAAACAC