转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 137 / 151 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55228119-55228131promoter 内 1050-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55231070-55233619(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAG
SmilChr03G002563 Chr03 NC_080389.1:40837888-40837900promoter 内 1037-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40832043-40834936(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCATT
SmilChr02G004947 Chr02 NC_080388.1:71417238-71417250promoter 内 1006-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 71411893-71414255(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTCCT
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15469557-15469569promoter 内 967-979 bp + 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15472591-15473370(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGCCTACCTGC
SmilChr01G001549 Chr01 NC_080387.1:29479917-29479929promoter 内 956-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29472855-29476884(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTATGTAGGTAAT
SmilChr05G000789 Chr05 NC_080391.1:6175226-6175238promoter 内 955-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6171582-6172192(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATTGTAGGTACC
SmilChr04G000204 Chr04 NC_080390.1:1823115-1823127promoter 内 889-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1818353-1820015(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACATAT
SmilChr01G004663 Chr01 NC_080387.1:64738050-64738062promoter 内 789-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64733668-64734850(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACATAC
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45060127-45060139promoter 内 749-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGTGAGGTAAA
SmilChr03G004720 Chr03 NC_080389.1:64430036-64430048promoter 内 686-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64420713-64426733(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCTTTA
SmilChr02G005512 Chr02 NC_080388.1:75245633-75245645promoter 内 662-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 75239169-75242306(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAGGAGGTAAA
SmilChr03G000615 Chr03 NC_080389.1:6812528-6812540promoter 内 637-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6808133-6809176(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTTTG
SmilChr02G003992 Chr02 NC_080388.1:62218791-62218803promoter 内 605-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62222187-62223521(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACATAC
SmilChr04G003669 Chr04 NC_080390.1:53134852-53134864promoter 内 544-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53130248-53131407(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACATAC
SmilChr04G000101 Chr04 NC_080390.1:915344-915356promoter 内 509-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 911003-911864(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGTAGGTTCA
SmilChr01G000681 Chr01 NC_080387.1:15039416-15039428promoter 内 181-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15043236-15043949(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAGTAGGTACT
SmilChr02G005290 Chr02 NC_080388.1:73904684-73904696promoter 内 112-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 73898662-73900807(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACATAC
SmilChr02G000644 Chr02 NC_080388.1:9729012-9729024promoter 内 45-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 9724364-9725068(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACGCC
SmilChr02G002258 Chr02 NC_080388.1:40012588-40012600promoter 内 3712-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 3 40010445-40012311(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTTGTAGGTACA
SmilChr02G003527 Chr02 NC_080388.1:56421208-56421220promoter 内 2960-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 2 56422249-56426658(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTGTT
SmilChr04G002365 Chr04 NC_080390.1:38129130-38129142promoter 内 3855-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38129276-38147538(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACAAAC
SmilChr04G000959 Chr04 NC_080390.1:12735948-12735960promoter 内 3808-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12736141-12739004(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAATTAGGTAAT
SmilChr04G003692 Chr04 NC_080390.1:53311617-53311629promoter 内 3783-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53311835-53320488(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAATG
SmilChr01G003575 Chr01 NC_080387.1:54328147-54328159promoter 内 3642-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54324326-54327800(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCGAT
SmilChr03G003008 Chr03 NC_080389.1:46917942-46917954promoter 内 3360-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46918583-46920381(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTGA
SmilChr04G000607 Chr04 NC_080390.1:6868153-6868165promoter 内 3203-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6868951-6871715(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAAAC
SmilChr04G000442 Chr04 NC_080390.1:4701952-4701964promoter 内 3178-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4691260-4701141(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTATTTTC
SmilChr02G005604 Chr02 NC_080388.1:75748856-75748868promoter 内 2768-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75739543-75747635(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAGGTAGGCGGT
SmilChr02G001622 Chr02 NC_080388.1:30159215-30159227promoter 内 2708-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30155354-30157934(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAAATAGGTAAA
SmilChr03G001865 Chr03 NC_080389.1:25795386-25795398promoter 内 2688-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25793320-25794085(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGTGAGGTAAA
SmilChr01G004215 Chr01 NC_080387.1:60548907-60548919promoter 内 2551-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60550357-60556955(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACAATAGGTAAG
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13447820-13447832promoter 内 2408-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACAAAC
SmilChr03G002132 Chr03 NC_080389.1:33214052-33214064promoter 内 2405-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33208351-33212468(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTGTAGGTAAT
SmilChr03G002623 Chr03 NC_080389.1:41634981-41634993promoter 内 2342-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41630946-41633334(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCCAT
SmilChr04G003152 Chr04 NC_080390.1:48124298-48124310promoter 内 2296-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 48126003-48134453(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCGTG
SmilChr01G004212 Chr01 NC_080387.1:60548907-60548919promoter 内 2232-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60545745-60547150(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTGTT
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SmilChr01G005749 Chr01 NC_080387.1:73566218-73566230promoter 内 1933-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 73568286-73572523(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACGATAGGTAAA
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SmilChr01G004877 Chr01 NC_080387.1:66868393-66868405promoter 内 901-913 bp + 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66871493-66876814(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCGAT