转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 139 / 143 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003423 Chr04 NC_080390.1:50823432-50823443promoter 内 1134-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50817578-50820576(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr08G002839 Chr08 NC_080394.1:28268705-28268716promoter 内 1126-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28260688-28265841(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGGAGCTGTCAT
SmilChr07G001103 Chr07 NC_080393.1:8135108-8135119promoter 内 1115-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8129002-8132233(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTA
SmilChr01G001484 Chr01 NC_080387.1:28626002-28626013promoter 内 1101-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28628902-28631945(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCC
SmilChr02G004025 Chr02 NC_080388.1:62532451-62532462promoter 内 1029-1040 bp - 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62535423-62536604(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATCAGCTGTTAG
SmilChr04G001215 Chr04 NC_080390.1:18931336-18931347promoter 内 1017-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18925717-18928363(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr04G002913 Chr04 NC_080390.1:45341933-45341944promoter 内 1013-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45344921-45345025(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr05G003798 Chr05 NC_080391.1:51304196-51304207promoter 内 937-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51298542-51301143(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCCG
SmilChr04G002095 Chr04 NC_080390.1:33783566-33783577promoter 内 934-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33776798-33780510(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGTT
SmilChr05G003806 Chr05 NC_080391.1:51369886-51369897promoter 内 934-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51364232-51366830(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCCG
SmilChr01G004036 Chr01 NC_080387.1:58774281-58774292promoter 内 928-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58777354-58779040(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GTTCAAGCTGTA
SmilChr07G001731 Chr07 NC_080393.1:14727107-14727118promoter 内 901-912 bp - 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14721586-14724018(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTAACAGCTGAT
SmilChr03G003529 Chr03 NC_080389.1:53906652-53906663promoter 内 884-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53909769-53909904(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGGAGCTGTCAT
SmilChr04G000275 Chr04 NC_080390.1:2536786-2536797promoter 内 860-871 bp - 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2533575-2533656(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCT
SmilChr08G002577 Chr08 NC_080394.1:25103202-25103213promoter 内 849-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25099955-25100061(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr03G003537 Chr03 NC_080389.1:53971569-53971580promoter 内 845-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53974725-53977434(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTGAAC
SmilChr06G002706 Chr06 NC_080392.1:39061154-39061165promoter 内 833-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39064322-39069066(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGCAGCTGTCCA
SmilChr02G004326 Chr02 NC_080388.1:65543816-65543827promoter 内 830-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65546987-65548788(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAG
SmilChr01G005012 Chr01 NC_080387.1:68144294-68144305promoter 内 828-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68139956-68141132(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGCAGCTGTCTT
SmilChr08G000278 Chr08 NC_080394.1:1908931-1908942promoter 内 821-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1896144-1905762(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr04G000277 Chr04 NC_080390.1:2536786-2536797promoter 内 764-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2540023-2543906(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAA
SmilChr05G003967 Chr05 NC_080391.1:53421532-53421543promoter 内 759-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53411086-53418301(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATCAGCTGTTAG
SmilChr03G002439 Chr03 NC_080389.1:38735767-38735778promoter 内 727-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38739041-38739967(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr04G002914 Chr04 NC_080390.1:45341933-45341944promoter 内 695-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45345239-45345334(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr03G003910 Chr03 NC_080389.1:58198098-58198109promoter 内 614-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58192431-58194722(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGACAGCTGCT
SmilChr05G000839 Chr05 NC_080391.1:6639201-6639212promoter 内 612-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6634128-6635823(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATT
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36618770-36618781promoter 内 557-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr08G003500 Chr08 NC_080394.1:37564826-37564837promoter 内 537-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37559635-37561373(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14220020-14220031promoter 内 439-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14213891-14216469(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCT
SmilChr04G002915 Chr04 NC_080390.1:45341933-45341944promoter 内 398-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45345536-45345640(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr04G003914 Chr04 NC_080390.1:54857372-54857383promoter 内 390-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54860983-54863021(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr02G001139 Chr02 NC_080388.1:20557971-20557982promoter 内 350-361 bp + 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20561622-20562869(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCCG
SmilChr04G000670 Chr04 NC_080390.1:7572702-7572713promoter 内 342-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7566103-7569054(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TAAACAGCTGGG
SmilChr07G002371 Chr07 NC_080393.1:22014275-22014286promoter 内 303-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22017973-22018823(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGCAGCTGTAAA
SmilChr05G003513 Chr05 NC_080391.1:46936486-46936497promoter 内 268-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46940219-46950484(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCCC
SmilChr08G002668 Chr08 NC_080394.1:26181109-26181120promoter 内 210-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26175276-26177329(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr08G000666 Chr08 NC_080394.1:4927873-4927884promoter 内 62-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4920869-4923945(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCCAGCTGTTCC
SmilChr04G001706 Chr04 NC_080390.1:28195408-28195419promoter 内 28-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28199381-28202166(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTAACAGCTGAT
SmilChr03G003120 Chr03 NC_080389.1:48365456-48365467promoter 内 22-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48360971-48361488(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAG
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29936929-29936940promoter 内 3688-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 29928157-29936627(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGAGCTGTCAG
SmilChr03G004692 Chr03 NC_080389.1:64291094-64291105promoter 内 1148-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 64285803-64288252(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTACC
SmilChr02G000687 Chr02 NC_080388.1:10875408-10875419promoter 内 3969-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10875440-10876560(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTA
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10231855-10231866promoter 内 3929-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10231927-10233018(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTA
SmilChr02G001195 Chr02 NC_080388.1:21987128-21987139promoter 内 3903-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21987226-21988501(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAAACAGCTGGG
SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54464023-54464034promoter 内 3902-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54458988-54463935(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGGTCAC
SmilChr05G003274 Chr05 NC_080391.1:42532051-42532062promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42532157-42532263(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCTT
SmilChr02G003245 Chr02 NC_080388.1:53711104-53711115promoter 内 3874-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53710091-53710988(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTCAA
SmilChr04G000591 Chr04 NC_080390.1:6611407-6611418promoter 内 3854-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6609468-6611271(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGAACAGCTGGG
SmilChr04G002732 Chr04 NC_080390.1:42974063-42974074promoter 内 3846-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42974218-42975671(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTA
SmilChr05G004301 Chr05 NC_080391.1:56716780-56716791promoter 内 3824-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56716957-56720601(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGGTATA